小和卓下令屠殺了他的全部家屬。
叛亂發生後，伊犁將軍派遣副都統阿道敏為招撫使，率兵丁百餘人，偕同鄂對前往安撫。小和卓霍集占將阿道敏及其隨員全部殺害。鄂對僥幸死裏逃生。
乾隆二十三年初，清廷任命雅爾哈善為靖逆將軍，以額敏和卓等為參讚大臣，以鄂對為前導，率軍萬餘人，進討大小和卓。此行選精兵良將，延精忠入選做了將軍的隨從。郭羅那留駐塔爾巴哈台，沒有參加南征。因為在平定準噶爾貴族叛亂時，他在參與清剿善後事務中，偷梁換柱，移花接木，甚至瞞天過海，私自接受了三處田莊，五溝畜群並截留了三個叛匪的家眷和奴婢，暗自築起個人的小王國。如今，金屋藏嬌，妻妾成群，正春宵一刻勝千金，在綾羅帳中消受不盡哩，哪裏還有心思奔赴疆場，冒風弄險呀！
“那皇帝就不管嗎？”延子發不滿地質問。
“傻娃，天高皇帝遠，皇帝能知誰人清官誰個貪！官官相護，遮遮掩掩，大事化小，小事化了，是常有的事。有幾個貪官汙吏是揭出來的？為啥過些年就要改朝換代？就是那些貪官汙吏害人太甚，積怨太多太深，官逼民反，民不得不反呀！”張梅生深惡痛絕地插言道。
狂風吼叫，黃沙迷天。夜裏，星月慘淡；白天，太陽昏暗。
“巴圖爾汗國”旗號在枯枝黃葉中搖曳。白帽回回奔走呼號，揚眉吐氣。被蒙騙裹脅的各族信教群眾拿起各式武器，雲集於汗國旗幟下。大和卓沾沾自喜，小和卓瘋狂無比，歇斯底裏地呼喊：“我的汗國！”
“白山派的天下！”他們隨意封官許願，肆意焚燒擄掠。白山派人物盡皆當官，激起黑山派信徒的普遍不滿。
庫車、阿克蘇、葉爾羌等地的告急文書紛紛報遞京師，雪片似的飛落在乾隆帝的禦案上。
新命的靖逆將軍雅爾哈善和副都統順德納星夜奔赴庫車。
五月，清軍萬餘圍攻庫車城。守城叛匪漸漸不敵。
大小和卓恐慌不安。
清軍大營，庫車的阿奇木伯克鄂對正色進言：“雅爾哈善將軍，再聽我一言，快派一支人馬，堵截叛匪的逃路吧，不使漏網，一舉殲滅，豈不更好！要不，我帶隊去，機不可失，時不再來呀！將軍。”
“你懂個啥？區區一個伯克。怎樣打仗，是將軍的事，你做好向導就是了，別隻管囉嗦。你不看正攻在緊要三關麼？破了城，還怕他插翅飛了？”副都統順德納代雅爾哈善批駁道。
“將軍，拒聽忠告，你會後悔的！”鄂對惋惜不已，近似哀求道。
“不聽不聽！”雅爾哈善甩袖出營而去，順德納也隨之出營。
待鄂對追出大營，找到陣前參讚大臣額敏和卓時，城已攻破。
撲入城中的，衝出城的，魚龍混雜，難以辨認，難以計數。雅爾哈善和順德納見狀洋洋得意。
清理戰俘時，大小和卓無蹤無影。據查，方從知情人口中得知，大小和卓率殘部親隨四百餘騎逃往阿克蘇而去。
雅爾哈善悵然若失，沉默不語。順德納卻辯解說：“官軍初戰告捷，能克一城，也算功德不小。走了和卓，無傷大局，量他躲了初一，躲不過十五。”
額敏嗟歎不已。鄂對悵恨不語，搖晃著腦袋踱來踱去。雅爾哈善情緒低落，恍惚不定。
庫車戰報遞入京師，乾隆帝為眼睜睜失去一舉全殲叛亂頭目的戰機勃然大怒，擲諜報於地，親筆禦批：
“雅爾哈善，剛愎拒諫，貽誤戰機，罪不可恕，斬，以儆效尤。副都統順德納降三級，發屯田處聽用。由定邊將軍兆惠領兵進剿。”
雅爾哈善接旨，聽到“斬”字，暈倒在地。
且說大小和卓如漏網之魚，急急竄入阿克蘇，網羅叛軍，脅迫民眾，糾集四千餘人，企圖再入庫車，報複清軍。尚不及庫車城下，參讚大臣額敏聞訊帶領一支人馬，將途中叛軍一鼓擊潰。官軍乘勝追擊。叛軍慌不擇路，四散逃命。大和卓波羅泥都帶親隨遁往喀什噶爾。小和卓霍集占帶親信逃往阿克蘇，沿途丟盔撂甲，灰溜溜，活像喪家之犬。好不容易逃到阿克蘇城下，滿心歡喜，仿佛到了家，可以放膽歇息歇息了。不承想，四門緊閉，阿克蘇民眾拒不開城。霍集占被冷落得心像貓兒抓，望著城樓，咬牙切齒，眼裏充滿了血，掉頭再奔葉爾羌。
八月，兆惠率軍抵達阿克蘇。阿克蘇阿奇木伯克霍集斯和毛拉阿舒爾開門出迎，呈表歸附。未發一箭，不傷一卒。
九月，兆惠派鄂對赴和田招撫。經鄂對四處奔走，苦口婆心說服和田脫離大小和卓，歸降清軍。
接著，兆惠率三軍飛抵葉爾羌城下。佯攻數日，於十月五日夜拔營撤離。十月六日清晨，小和卓發兵出擊，兆惠終於誘敵出城，回兵於城郊，雙方激戰在一起。