但一場天災所引起的農民起義，又給這個剛登基的皇帝帶來了麻煩。公元1465年，荊襄地區的流民由於大旱，加上賦稅徭役過重，於是起義反明，一年之後被裝備精良、人多勢眾的官軍鎮壓。這時，廣西境內大藤峽的瑤民又宣布起義，朱見深隻得再派大軍前往鎮壓，在大藤峽一帶擊潰瑤民，殘酷地鎮壓了起義。以後來見深又鎮壓了荊襄山區人民起義，派兵擊退了北方蒙古連續對西北河套地區的進攻。朝野因此對朱見深大為讚許。
正當朝野內外對朱見深的讚揚之聲四起的時候，一個女人卻迷住了朱見深，將剛有起色的大明王朝，重又拉入深淵。這個人就是萬貴妃，原名萬貞兒。
萬貞兒是孫太後宮中的使女，朱見深出生後，孫太後命令萬貞兒伺候這個將來的太子。萬貞兒雖是女人，卻頗有心計，她非常清楚這個繈褓中的嬰兒將會是大明王朝的皇帝，因此費盡心機，盡心盡力地伺候這個小她17歲的朱見深。萬貞兒還是有幾分本事，一來二去，竟然將來見深迷得神魂顛倒，等到順利繼承大統後，朱見深竟將其封為貴妃，這一年，朱見深18歲，而萬貴妃35歲。朱見深對於這個從小就在她的懷中長大的萬貴妃，既有夫妻之情，也有母子之愛，反而對親生母親周太後倒有了些生分。萬貞兒成為貴妃後，首先就將位居正宮僅32天的吳皇後逼得被打入冷宮，之後更加有恃無恐，後來被立為皇後的王氏秉性恬淡，凡事退讓，隻是名義上的皇後而已。從此，萬貴妃借朱見深對自己的寵愛，搜羅了大批太監和奸佞之人為自己的嘍囉。這些人依仗萬貴妃的勢力，頤指氣使，驕橫跋扈，內外大臣敢怒而不敢言，朱見深也因為愛屋及烏，對他們任意放縱。
有了這個萬貴妃，朱見深再無治國之心，而是與萬貴妃肆意享樂，大肆揮霍，盡情歌舞，連早朝也很少前去，大臣們紛紛上書勸諫，朱見深根本不予理睬。萬貴妃由於年齡已過生育之期，並不能給朱見深孕育龍種，但為了獨享專寵，橫行六宮，對懷孕的後宮妃子大加迫害，采取毒殺、墮胎等辦法，使得朱見深日思暮想的皇子一直沒有出生。直到公元1474年，才有一個太監悄悄告訴朱見深，有一個來自廣西的宮女紀氏，已經替他生了一個兒子。朱見深便在大臣們的建議下，將這個兒子交給皇太後周氏撫養，並將其立為太子。萬貴妃見此情況，索性讓各個妃嬪多生幾個皇子，以與太子爭寵。於是一時間，皇宮內生龍子的喜訊接連不斷，短短幾年中，後宮的嬪妃就為朱見深生下了11個兒子。
萬貴妃嫌自己深居後宮，不能控製宮外局勢，因此又找來一個閹貨以作外應，這個人就是汪直。汪直被萬貴妃推薦給朱見深後，很快得到重用，並被授命成立並掌管新的特務機構西廠。
在朱見深的支持下，汪直結黨營私，屢屢製造駭人聽聞的冤獄，到後來朝中公卿大臣，一遇到他都像避瘟神似地改道而行，沒人敢招惹是非。大臣們不滿汪直的胡作非為，便上書朱見深請求處罰他。朱見深不得不撤掉西廠，但讓汪直暫避風頭，令他回禦馬監再操舊業。
沒過多久，朱見深就接到了汪直黨羽對汪直的吹捧，說汪直公正無私，建議恢複西廠。對汪直念念不忘的朱見深立即順水推舟，恢複西廠，讓汪直官複原職。汪直從此更是飛揚跋扈，但大臣們還是一直沒有放棄勸諫。但也不再像上一次扳倒汪直那樣直接進言，而是旁敲側擊，從側麵提示朱見深，朱見深也漸漸地對汪直產生了懷疑。
公元1479年的秋天，朱見深終於讓汪直巡視邊疆，以此來試探汪直，而汪直卻不明究理，沿途接受邊官的討好，奢侈鋪張到了驚人的地步，還將對自己不敬的兵部侍郎馬文升加上了擾邊的罪名，把他貶戍邊城。此事被人密奏給朱見深知道，朱見深終於有了疏遠之心，兩年後，朱見深連連拒絕了汪直要求回京的要求，隻是召還了跟隨他的官吏。大臣們非常明白，這是朱見深疏遠汪直的信號，於是紛紛上疏，揭批汪直，請求撤銷西廠。
朱見深終於下定決心，將汪直及其黨羽罷官驅逐，並撤銷了西廠。
大臣們歡欣鼓舞，擊掌相慶，認為革新朝政，恢複明朝前期繁榮的機會已經來到。可令他們大跌眼鏡的是，朱見深又寵信了新的太監梁芳，外加一個無恥的僧人繼曉。朱見深在消滅汪直的勢力後，再也沒有振作起來，整日求道煉丹，以求延長壽命，要不就是終日沉溺於房事，身體更是江河日下。太監梁芳便向來見深推薦了一個對房中之術很有研究的僧人，名叫繼曉。繼曉在指導朱見深行房中術的同時，還為朱見深自製了一些春藥，從而得到朱見深的寵信。朱見深從此深居宮中，隨意讓太監傳旨，任命和尚、道士、番僧、優伶、工臣等人為官，總數多達3令人。因這些人不學無術，所以被稱為“傳奉官”。朝中多了這些疊紙老虎嚇人的“傳奉官”，政務更是混亂不堪，因此大臣們又繼續勸諫，終於迫使朱見深擺脫梁芳、繼曉的控製，下詔將已封為國師的繼曉革職為民，斥罷傳奉官5餘人。