世宗考慮再三，雖認為必須按照“有嫡立嫡無嫡立長”的禮儀來決定太子地位，但自己寵愛的是三子朱載圳的母親，愛屋及烏，想立的自然是三子，加上覺得道士的話不無道理，正好以這個為借口，索性不再立太子。
當時的形勢對朱載垕極為不利，不光是自己的弟弟朱載圳四處活動，爭立太子，就連當時權傾朝野的內閣首輔嚴嵩對載也相當冷淡，還經常拖欠朱載應得的歲賜，世宗對嚴嵩言聽計，而世宗、裕王父子經常不能見麵，如果嚴嵩感到裕王是威脅，一切變化都可能發生。有一次，嚴世藩問朱載重的侍讀官高拱、陳以勤說：“聽說裕王殿下對家父有些不滿意，是不是真的啊？”陳以勤急中生智，從容地辯解道：“嚴閣老格外看待殿下，殿下也常說，隻有嚴閣老才算得上社稷之臣。請問您是從哪聽來的殿下不滿之言？”
事情總算有了轉機，公元1561年，世宗留朱載垕在京，而把朱載圳打發回封地去，顯示出了傳位於朱載星垕訊號。一年後，嚴嵩下台，代替他的是徐階，徐階則為朱載垕在世宗麵前多方圓承，拚命維護朱載裏的地位。後來朱載圳於公元1565年病死，載垕已成為唯一的皇位繼承人，從此不再擔心廢立問題。公元1566年，已經30歲的朱載垕終於熬到了即位稱帝的那一天，世宗因服食丹藥而中毒身亡，朱載垕即位，是為明穆宗。
穆宗即位後，立即將引起朝野怨聲不止的世宗弊政大部分廢止。例如將蠱惑世宗煉丹求仙的道士逮捕下獄、停止所有的齋醮活動和廟觀、宮殿的工程、禁止采買香蠟、珠寶、綢緞等例外采買等民憤極大的活動，並起用因上疏言事被罷撤、拘囚的海瑞等官員，免除全國百姓當年的一半田賦和拖欠的賦稅。這些措施一出，群臣號啕感激，百姓競相稱頌，一時大得民心。經過一番初步治理，朝政有了一番新氣象。
但穆宗本來就是個無所作為的皇帝，即位之後想著的還是及時行樂，他為此做了一番布置。穆宗將親信的大臣徐階、李春芳、高拱、郭樸留任內閣，又將即位前的心腹張居正、陳以勤授予內閣大學士的要職，參與內閣機要大事，再就是把親信的太監黃錦、王本、馮保、曹憲、李芳等人都安置在要害部位：經過這一番布置後，穆宗就玩了個大撒把，把日常朝政都推給內閣，連對大臣的操縱、協調的責任也統統放棄，準備躲在後宮縱情聲色，及時行樂。但不久，他就發現自己的如意算盤落空了，大臣們互相傾軋，鬧得他在統治的6年中就從來沒有享過一天平靜。
首先就是內閣中最重要的兩位大學士徐階和高拱之間的爭鬥。其實兩人間並沒有什麼仇恨，而且挑起這場爭鬥的還是因為高拱的小心眼。徐階把高拱舉薦為內閣大學士，在當時來說，徐階就可以算是恩師了，所以在很多方麵忽略了高拱機敏練達的卓越能力，以及位居高官後要求平等處事的自尊心，依然把高拱當作後生晚輩對待，高拱自然心生芥蒂。後來高拱因為在世宗病危時回家，結果遭到吏科給事中胡應嘉彈劾，雖說是“有驚無險”，但高拱偏偏認為是胡應嘉的同鄉徐階指使。後來徐階在草擬世宗遺詔的時候，竟然冷落了高拱，因此高拱便有了一腔怨恨。
在後來的一場爭鬥中，高拱雖把曾經彈劾他的胡應嘉給扳倒，將其革職，但卻受到與胡應嘉同為言官的大臣們的紛紛彈劾。穆宗到沒有被幾個言官所打動，還安慰了高拱，可朝廷中對高拱氣勢洶洶的彈劾，弄得高拱苦悶不已。高拱便找到徐階幫忙，但遭到徐階的拒絕，高拱馬上把多年的怨恨連帶著對言官們的憤怒，統統撒到徐階身上，指使親信揭發徐階的弟弟和三個兒子都是橫行鄉裏的大惡霸，有憑有據。這更激怒唯徐階之命是從的言官們，他們將矛頭一齊對準高拱，彈劾更是接連不斷，逼得高拱隻得辭職不幹，徐階取得了勝利。