馮保被抄後，朱翊鈞下一步就會將矛頭對準張居正了。這也是出於樹立自己的權威，達到總攬朝綱的原因，但還沒有找到借口。這時，恰有大臣彈劾張居正14條罪狀，朱翊鈞立即抓住了這個機會。於是在張居正死後一年，朱翊鈞下令追奪張居正的上柱國、大師榮銜，文忠公諡，並罷其兩子的官職，隨後對對張家進行查抄。
查抄的結果，卻隻得黃金一萬餘兩、白銀十幾萬兩，算不上什麼巨富。欽差覺得不好向朱翊鈞交代，於是把張居正的長子張敬修抓來拷問，張敬修受不住皮肉之苦，信口說還有30多萬兩銀子，分藏在別人家裏，結果那些人家也受牽連，被查抄。不久張敬修投河自盡，張家的慘狀也今朝野驚悸，於是大臣們上疏請求從寬處理，朱翊鈞才下詔留空宅一所、田10頃，贍養張居正的母親。
在對張居正和馮保清算報複之後，朱翊鈞終於洋洋自得地親政了。但這個從小就受到張居正嚴格教育的皇帝，卻因為那段中規中矩的學習生活，產生了嚴重的逆風心理。張居正曾勸他做的都不做，張居正執行的政策他統統廢除，全然不管這些措施是否是真對國家有利。
於是被張居正蘋除的冗官冗費恢複了，皇室的生活用度也大大地增加。而張居正千辛萬苦地教育朱翊鈞，希望他成為一代明君，朱翊鈞也反著來，日夜縱酒作樂，動輒大醉，醉後必怒，怒了則要胡亂打人，宮女、中官稍不留意，就要遭杖責，重的常被打死。他還逐漸學會了抽大煙，玩花鳥。最後就連日講、經筵和早朝等也是三天打魚，兩天曬網，到後來索性以“聖體違和”為由，停止了日講和早朝，於是大臣們就很難再見到這個當朝皇帝，於是便紛紛上疏勸諫。朱翊鈞見了大多大臣們的上疏，煩也煩死了，幹脆把不理朝政公開化，從公元1590年起，到死都不再臨朝，大臣的章奏，他的批示、諭旨，全靠內監傳達。甚至連郊祀等禮儀，也不親自參加，而讓別人代替。直到公元1615年因要解決自己寵愛的鄭貴妃的“梃擊案”，這才召見過一次群臣。朱翊鈞的反叛心理是越來越突出，張居正專權期間，提拔了大批的官員，朱翊鈞便將這些官員大多免職，之後也不再進補。到公元1602年，官員短缺的現象已令人震驚。
中央九卿要員中空缺一半，有的衙署竟無一人。到公元1612年時，內閣僅剩下葉向高一人，六卿僅有趙煥一人，都察院連續八年沒有領導，全國半數以上的府沒有知府，而新科文武進士及教職數千人，卻待命在京無人管。更讓人哭笑不得的是公元1617年的一天早晨，官員們上朝的時候，發現有100多個人在長安門外聚集，圍成圈跪著號哭，上前詢問，回答說是鎮撫司所管犯人的家屬，因“衙門裏沒有主事的官，好長時間犯人不得判決，隻在那裏耗著，人都快死光了！”
朱翊鈞是幸運的，因為在他即位後的那段時間，中國已出現資本主義的萌芽。商品經濟迅猛發展，城市更加繁華，物產日益豐富，貿易往夾也急劇增加。大量的錢財搜集上來，使得這個本來就貪財好貨、縱情酒色的朱翊鈞更是放開手腳，極盡鋪張浪費之能事。為給他的皇子辦冠婚禮，朱翊鈞竟然花費了相當於今天4億人民幣的銀兩。為買稱心的珠寶，一次就花掉相當於20多億人民幣的白銀。在朱翊鈞的帶動下，朝廷興起一股奢靡之風，不久就將國庫掏空了。為了繼續維持龐大的花銷，朱翊鈞竟然搬出了當年張居正開源節流的做法，“節流”當然沒有必要，而“開源”則是個好辦法。於是.他以空前的熱情，開始了斂聚錢財的活動。
萬曆最初想到的“開源”的點子，首先就是讓官吏向他“進奉”，把進奉財物的多少，作為衡量官吏是否效忠皇上的標準。他平白無故地把太監拖來拷問，兜一陣圈子後，就要他們獻金銀珠寶。頭腦靈活立即獻上的，當即釋放，執迷不悟的，就往死裏打。這樣搜刮上來的錢財畢竟為數不多，朱翊鈞於是又將手伸向百姓，他借口乾清、坤寧兩宮被燒需要大筆款子修建，抽調大批太監，充當“礦監”、“稅使”，分派到全國各地，搜刮民脂民膏。這就是十分有名的“采榷之禍”。萬曆皇帝對錢財的奇貪，前無古人。當時征稅的對象，不僅是商人、土地所有者，就連官吏、農工等也都成了征稅的對象，凡是涉及房屋、車船、米、麥、雞、豬、牛、馬等等，沒有一樣不納稅。
但稅使要同礦監比起來，可真是小巫見大巫了。礦監們都是些不學無術的閹貨，根本就不懂什麼勘探，而是隨便指鹿為馬，不論田園房屋，隻要看好就可以敲詐一筆。有的還借口找礦，到處挖掘墳墓，搜取金銀陪葬品。