那些不滿但又不敢得罪魏忠賢的大臣們看出了端倪，於是一個個跳出來，上疏彈劾魏黨。朱由檢見有大臣支持，便展開了對付魏黨的行動。朱由檢先是解決了幾個魏黨首要分子，切斷了魏忠賢的左右臂膀，然後下詔公布魏忠賢的罪行，宣布本應將魏忠賢斬首以謝天下，但念先帝還未出殯，所以暫時安置於鳳陽，將客魏家產籍沒，冒封的爵位革除，子孫人等俱到充軍邊遠。魏忠賢在途中上吊自殺於旅舍；客氏被打死。隨後，客魏兩家子孫人等皆被斬首。
之後，朱由檢又一鼓作氣，下令逮捕了魏忠賢的主要爪牙“五虎”和“五彪”，交法司議罪，並親自選拔了4批共132個給事中、禦史。這些新進言官以清除魏黨為己任，言路漸趨清明，朱由檢因此了解到更多的真實情況。對被魏忠賢害死、削奪的官員，該平反的平反，該起用的起用。
朱由檢即位後，自奉節儉。由於國家財政困難，他多次減少皇室的開支。皇帝和後妃的衣服本來是穿一次就要換，朱由檢覺得這樣太浪費，於是親自帶頭穿漿洗過的舊衣。為他講課的大臣曾看到過他襯衣袖口磨爛，吊著線頭。宮中舊有的金銀器皿皆摒而不用，也不再製造新的，到最後，許多金銀製品都拿到銀作局化掉充餉了。朱由檢有時晚上看奏章到深夜，肚子餓了就讓太監拿幾個零錢去買點宵夜。還遣散了宮中的大批宮女。
朱由檢的勤政超過任何帝王，工作起來不分晝夜。
平時，白天在文華殿批閱章奏，接見群臣，晚上在乾清宮看章奏，軍情緊急時他連續幾晝夜不休息。朱由檢沒有特殊的嗜好，吃穿用住，概不講究，聲色犬馬統不沾身。
有一次，他正在批奏章，忽然聞到一股特殊的香味，隨之覺得血液沸騰，陽興思春。他覺得奇怪，仔細搜索殿內，最後發現一個小太監坐在大殿角落裏，香味是從他手中的那炷香中發出的。經過盤問，才知道這是宮中舊規，那香是特殊秘方配製的。朱由檢立即讓內侍毀掉秘方，再也不許製造使用。朱由檢的嬪妃很少，這與曆代君王奪天下女兒以自奉的情況比較起來，堪稱天壤之別。
在對滿族政權的“遼事”方麵，朱由檢不顧東林黨人的反對，毅然起用曾對魏忠賢有過頌美活動的袁崇煥，任命他為兵部尚書兼右副都禦史督師薊遼兼督登萊天津軍務，實際上將整個對金防務交給了他。朱由檢起初非常信任這個以驍勇善戰著稱的袁崇煥，袁崇煥也真給他爭氣，打了很多漂亮仗。
公元1629年10月，率領幾十萬後全軍，從龍井關、大安口繞到河北，直撲明朝京城北京。袁崇煥得到情報，立即帶著明軍趕到北京，和後全軍隊展開激戰。後金軍哭然進攻北京，引起了全城震動。此時，一些魏忠賢的餘黨散布謠言，說這次後金兵繞道進京，完全是袁崇煥引進來的。率領後金軍隊南下的皇太極見這個戰場上的老冤家又來作對，於是利用在北京城下俘獲的兩個太監，在營中廣泛散布與袁督師有約在先，哀督師讓路讓我們來打北京的消息，並故意讓這兩個太監昕到，然後放了他們。太監回到宮內便把這個消息報告了朱由檢。朱由檢聽後，深信不疑，於是逮捕了袁崇煥，並命孫承宗接替袁崇煥的職務。兩個月後，後金軍隊終於退去，朱由檢於是下令將袁崇煥淩遲處死，從而自毀了長城。
這時，明末農民起義軍也呈燎原之勢，陝西義軍王嘉胤、張獻忠、李自成、羅汝才等部逐漸發展壯大，戰敗而降，降後又反，弄得前往鎮壓的明軍心力交瘁，無力將農民起義鎮壓下去。農民起義從局部問題變成了明廷的心腹之患。