沒想到，哈達部的首領孟格布祿在葉赫部的威逼利誘下，竟然想反戈一擊，努爾哈赤勃然大怒，親率大軍攻陷哈達城，生擒哈達首領孟格布祿。此戰受到與哈達關係密切的明王朝的重視，於是命令努爾哈赤恢複哈達部。努爾哈赤深知自己的實力還無法與強大的明朝抗衡，於是恢複了哈達部，但是到了公元1601年，還是將其滅亡。
隨後，努爾哈赤於公元1607年派人化裝成商人潛入輝發城，裏應外合，一舉攻滅輝發。公元1611年，努爾哈赤攻滅扈倫回部。並於公元1619年剿滅葉赫部，從而將海西女真收歸自己麾下。在此期間，努爾哈赤還使用征伐與招撫兩種手段，將東海女真各部統一。
公元1616年，努爾哈赤稱帝，建立後金。隨後將大部分精力用於發展後金的社會生產上。
努爾哈赤首先發展的是農業，將遊牧的女真各部組織起來，進行屯田，並擴大衣耕範圍，使建州大片荒蕪之地得到開墾。他還非常注重發展手工業，建立了能夠煉鐵、采礦並製作精良兵器的作坊。在此基礎上，努爾哈赤與漢族地區積極展開貿易，以彌補建州經濟上的欠缺。
努爾哈赤對女真政權作的重要貢獻便是建立八旗製度和創製滿文。八旗製度的雛形是女真部落的狩獵組織，後來成為女真貴族發動掠奪戰爭的工具，但一直都是臨時性的組織。努爾哈赤把它改造為常設的社會組織形式，公元1601年，他以黃白紅藍四色旗為標誌，後來隨著兵力的不斷增加，又增設了鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四色旗，從而建立了八旗製度。八旗製度是一種軍民一體、軍政合一的社會組織形式，它的實行，提高了女真的戰鬥力，也促進了滿族社會的發展。創製和頒行滿文，是滿族文化發展史上的一個裏程碑。滿文主要是參照蒙文，結合女真語言拚讀成句，從而完成了滿文的創製。這加強了滿族內部和滿漢人民之間的文化交流，也進一步促進了滿族社會的封建化。
後來努爾哈赤與明軍作戰，占領了遼河流域。努爾哈赤便將都城於公元1625年遷到沈陽，以便鞏固對遼河流域的統治，並推行了“計丁授田”和“按丁編莊”
製度，將遼河流域荒廢的土地分給後金士兵，並將所有被俘獲的漢人奴隸編人田莊，使莊田變為官田。這標誌著後金初步完成了由奴隸製向封建製的轉變。努爾哈赤還與蒙古各部互相交好，對蒙古各部實行以撫為主的政策，為日後統一蒙古諸部奠定了基礎。
努爾哈赤與明朝之間的戰爭是從公元1618年開始的，這一年的春天，努爾哈赤在精心準備後，率領眾軍民，祭祖告天，宣讀了“七大恨”誓詞，宣布伐明。這“七大恨”是“一恨是無端殺我父祖；二恨是撕毀盟約，出兵助葉赫；三恨是明軍連年入境掠奪，並扣使臣11人，逼我殺10人換取；四恨是將原許配於我的葉赫之女改嫁給蒙古；五恨是發兵驅逐我部所統的三地民眾，不讓三地民眾種田收割；六恨是我奉天征討葉赫時，明偏信葉赫之言，遣使對我辱罵；七恨是明逼我把所俘虜的哈達人退還，結果被葉赫所掠取。”這“七大恨”之第一恨，隻能算是努爾哈赤個人的恩怨，其他六恨盡是些芝麻大小的事情，努爾哈赤隻不過是為了伐明而選擇一個很好的借口罷了。宣布完誓詞後，努爾哈赤又申明軍紀，然後率大軍南下攻明。
努爾哈赤的目標首先便是明朝的軍事要塞和互市的重要場所，位於臨渾河邊的撫順城。努爾哈赤智取撫順，又將前來援救的明軍全殲，繳獲了大量武器輜重，隨後又智取清河城。殺死守將和軍民萬餘人。明朝當朝皇帝，昏庸不堪的朱翊鈞坐立不安，派明軍10萬人分四路進攻赫圖阿拉城。明軍各路大都行動遲緩，隻有明將杜鬆一路按時趕到了薩爾滸。
在敵我軍事力量懸殊的形勢下，努爾哈赤決定發揮後金軍隊運動作戰能力強的優勢，采取集中優勢兵力消滅的戰略手段，設計包圍並全殲了薩爾滸的明軍，明軍主將杜鬆也力戰而死。隨後又策馬北上，殲滅消極防守的北路明軍，僅有主將馬林及等少數人逃脫。之後，努爾哈赤聽說另外兩支明軍同時從東、南兩個方向逼近赫圖阿拉，為避免與兩支明軍同時交戰，努爾哈赤又心生一計，將繳獲的杜鬆令箭讓明軍降卒去催促東路軍前來作戰。然後將東路軍誘進埋伏圈，一舉全殲，其主將劉鋌也力竭身亡。得知另外三路大軍被殲滅的消息，膽小怯弱的南路軍統帥李如柏帶著士兵落荒而逃。