康熙即位之初，朝政主要由孝莊太後和四位大臣負責管理。但孝莊太後將更多的精力放到指導康熙學習為政上，大權落在了四位顧命大臣的手中。
在四位顧命大臣中，四朝元老索尼年老體弱，雖身為首輔，卻因病而很少管理朝政。鼇拜是鑲黃旗人，是清朝開國元勳費英東的侄子，憑借著顯赫的門第和卓著的戰功爬到了現在的位置。鼇拜野心勃勃，又善於玩弄權術。生性怯懦的遏必隆又唯鼇拜的馬首是瞻，隻有蘇克薩哈敢與鼇拜對著幹，但他資曆淺，又與索尼素有嫌隙，常在四位顧命大臣中處於孤立無援的境地。因而大權逐漸落到一心想獨攬朝政的鼇拜手中。
鼇拜獨攬朝政後，又搜羅了大學士班布爾善、吏部尚書噶褚哈、工部尚書濟世等親信。於是朝政為其把持，康熙也逐漸被架空。鼇拜也漸漸專橫跋扈，甚至將反對圈地的蘇納海等三位大臣處死，後來又誣陷蘇克薩哈，在大殿上瞪目揮臂，硬是逼著年少的康熙下詔將蘇克薩哈處死。這時的鼇拜，儼然就是個假皇帝。
鼇拜及其黨羽的肆意妄為，對一心想有所作為的康熙來講，無疑是他親政過程中最大的障礙。但康熙深知鼇拜黨羽眾多，加上他是武將出身，有一身好武藝，曾號稱是八旗第一勇士，因此，如不周密策劃，非但不能除掉鼇拜，反而可能會禍及自身。因此，親政後的康熙首先把鼇拜封為一等公，使其放鬆了警惕，隨後又以陪自己練武為名，從各王府選擇了一批子弟做他的侍衛，組成善撲營。然後借下棋為名，與索尼的兒子，自己的叔丈人索額圖製訂了擒拿鼇拜的方案。同時，又將鼇拜的黨羽以各種理由遣出京城辦差，於是，抓捕鼇拜的時機漸漸成熟了。這天，康熙詔鼇拜單獨進宮議事，鼇拜來到宮中後，仍想像往常一樣故伎重演、大發淫威，結果康熙一聲令下，早就候在一旁的年少侍衛們一擁而上，七手八腳地將鼇拜給捆起來，這個橫行數年的權臣頓時作了階下囚。
隨後，康熙宣讀了鼇拜的30條罪狀，但念其曾搭救清太宗皇太極有功，赦免了他的死罪，將其永遠圈禁。
康熙又乘勝追擊，一舉剿滅了鼇拜的黨羽，將濟世等罪大惡極的人處死，其餘人等分別按罪行輕重處以革職降級流放等處罰。與此同時，又為蘇克薩哈、蘇納海等人平反昭雪，蘇克薩哈的後人承襲其爵位。然後康熙對各級官員徹底調換，將鼇拜的餘黨一一清除，並下達了《聖諭十六條》，一舉奠定了康熙自己在大臣們心目中的地位。
平定三藩
鏟除鼇拜以後，康熙麵對的是一個百廢待興的國家。
當時的清王朝，雖除台灣以外，基本上掃除了前明殘餘勢力，統一了全國。但南有盤踞在雲南、廣東和福建的前明降將平西王吳三桂、平南王尚可喜和靖南王耿精忠三藩，東有鄭成功後裔盤踞在台灣，西有企圖分裂祖國的噶爾丹，北邊還有沙皇俄國在虎視眈眈。內政上又有河務、漕運等弊病存在。內，比外患，16歲的康熙雖躊躇滿誌，但也不免有些擔心。經過一番深思熟慮後，康熙和大臣們商訂，先解決三藩問題，而後再言其他。
身為明朝降將的三藩，曾經為清兵入關立下過汗馬功勞，但被封為藩王後，一直手握重兵，對清朝的中央集權是極大的威脅。尤其是平西王吳三桂，他事明叛明，降清後又心懷異誌。鎮守雲南後，吳三桂在藩地擴充實力，自行征稅、開礦、鑄錢，與西藏互市茶馬，並在朝廷各要害部門安插進自己的死黨，而且他推薦的稱為“西選”的官員遍及天下，還將兒子吳應熊以被召為額駙（駙馬）為名進入京城，負責為父親打點朝中重臣，搜集情報。
加緊準備叛亂的同時，吳三桂怕露出馬腳，遂大興土木、搜羅美女，做出一副胸無大誌的樣子來。
這時，平南王尚可喜囚年老多病，便於公元1673年上書朝廷，要求回老家遼東養老。早有撤藩打算的康熙趁機命令撤掉尚可喜的藩地，並準備撤掉另外兩藩。
消息傳來，吳三桂和耿精忠都驚恐不安，為試探朝廷的意圖，便假意上書要求撤藩。沒想到，康熙也加以同意，並派欽差前往督促辦理撤藩事宜。
見此情況，吳三桂遂聯合耿精忠、尚可喜的兒子尚之信，於公元1673年冬樹起“興明討虜”的旗幟，發動叛亂。吳三桂自稱“天下都招討兵馬大元帥”，其安插在各地的黨羽也紛紛響應，一時戰火燃遍了大半個中國。