康熙，因吳三桂是三藩之亂的禍首而製訂重點打擊吳三桂的策略，隨後便派大軍前往平叛。在清軍的打擊下，吳三桂終於拋棄了其“反清複明”的遮羞布，匆匆忙忙地於公元1678年春，在衡陽演出了登基稱帝的醜劇，改國號為周，不久便在四麵楚歌中中風死去。其子吳世繼承皇位。
公元1680年，康熙下令清軍分三路攻入雲南，逼迫走投無路的吳世王茸服毒自殺。公元1681年，清軍在蕩平三藩餘孽後，完成了平定三藩的大業。28歲的康熙感慨萬千，欣然命筆，寫了《滇平》一詩慶賀：
“洱海昆池道路難，捷書夜半到長安。
末矜幹羽三苗格，乍喜征輸六詔寬。
天末遠收金馬隘，軍中新解鐵衣寒。
回思幾載焦勞意，此日方同萬國歡。”
平定三藩後，康熙又把精力放在收複台灣上。
自公元1584年始，台灣就被荷蘭殖民者趁明朝國勢衰敗、軍備廢弛之機占領。公元1622年，抗清將領鄭成功收複被荷蘭人霸占了38年的台灣，並以此為根據地，繼續反清鬥爭。同年，身患重病的鄭成功因兒子鄭經在部屬的擁立下自稱為王，並率兵反對鄭成功而溘然長逝。此後，鄭經盤踞台灣，經常對沿海一帶進行燒殺搶掠，已經背棄了鄭成功抗清複明的初衷。公元1681年，鄭經死去，其幼子鄭克爽在馮錫範的擁立下，殺掉鄭經長子，即位為王，台灣政局頓時動蕩不安。
康熙接受了福建總督姚啟聖的建議，趁鄭氏內亂之機，決定用武力收複台灣。康熙又一次力排眾議，任命鄭成功舊部施琅為福建水師提督，負責攻台事宜。施琅到任後，立即著手訓練水師，在屢次推後攻台時間後，於公元1683年夏全殲鄭氏主力，攻占澎湖，逼迫台灣鄭氏不得不獻表投降。公元1683年農曆8月13日，台灣回到祖國的懷抱。當統一台灣的捷報傳到北京時，正值中秋佳節，康熙望眼長空皎月，喜於全國各族團聚，揮毫寫下《中秋日聞海上捷音》一詩：
“萬裏扶桑早掛弓，水犀軍指島門空。
來庭豈為修文德，柔遠初非黷武功。
牙帳受降秋色外，羽林奏捷月明中。
海隅久念蒼生困，耕鑿從今九壤同。”
台灣回歸後，康熙又接受了施琅的建議，排斥放棄台灣和將台灣賜給荷蘭人的主張，決定在台灣設立台灣府和台灣、鳳山、諸羅三縣，並向台灣派駐官兵。康熙的正確決策，維護了祖國領土的完整和統一，促進和加強了台灣與大陸的聯係和台灣經濟、文化的迅速發展。
兩戰雅克薩平定噶爾丹
正當康熙用兵平定三藩、統一台灣的時候，野心勃勃的沙俄侵略者接二連三地侵擾我國黑龍江流域一帶。
他們在雅克薩一帶建立侵略的橋頭堡，試圖想把中國領土並入沙俄版圖。
沙俄的侵略，是康熙的心腹大患，在平定三藩後，康熙決心著手解決東北問題，他在養心殿裏開始研究俄國的地理和語言，並於公元1682年春前往盛京祭祀祖陵，親自巡視了東北地區，視察邊防情況。開始了武裝抗俄的準備。公元1683年，康熙任命薩布素為黑龍江將軍，到璦琿等地進行軍事防禦。公元1685年，在多次照會沙俄，一再表示和平解決邊界問題未果的情況下，康熙命都統彭春、副都統郎坦、班達爾沙、黑龍江將軍薩布素等率兵分水陸兩路進攻雅克薩。沙俄侵略者在走投無路的情況下被迫投降。降敵離去後，清軍徹底摧毀了雅克薩城堡，然後撤回璦琿。
不久，沙俄托爾津等殘匪趁清軍主動撤回之際，從莫斯科調來大炮，糾合了尼布楚方麵的援軍卷土重來，又竄回雅克薩。麵對侵略者的這種行為，康熙再次派薩布素等人統率清軍，於公元1686年春向雅克薩進發，經過三個月激戰，清軍打死了包括沙俄侵略頭目托爾布津在內的大部分侵略軍，迫使剩下的100多個殘兵敗將不得不放下武器，同清政府談判。
公元1689年夏，在清政府做了讓步的情況下，雙方簽訂了《中俄尼布楚條約》。這個條約在法律上確定了中俄東段的邊界，明確了黑龍江和烏蘇裏江流域包括庫頁島在內的廣大地區都是中國的領土。中國收回了被沙俄侵占的一部分領土，製止了沙俄對黑龍江流域的進一步侵略，使東北邊疆獲得了相對比較安全的邊境。