康熙在收複雅克薩之後，立即著手平定噶爾丹。噶爾丹在沙俄侵略者的支持下，四處吞並其他蒙古各部，於公元1688年向喀爾喀蒙古發動突然襲擊，喀爾喀蒙古的宗教首領哲布尊丹巴毅然拒絕了沙俄的威逼利誘，率喀爾喀蒙古回歸了祖國。噶爾丹便以追擊喀爾喀為名，於公元1690年南攻到內蒙古地區，其前鋒還曾打到離北京僅有900裏的地方。
麵對要不要平叛的問題，朝廷內部又發生了激烈的爭論。反對康熙出征的人在朝廷內占大多數。康熙則認為噶爾丹一日不除，邊陲便一日不寧，隻有平定叛亂，才能鞏固國家的統一。公元1690年，康熙親自率軍親征，在離古北口400餘裏的烏蘭布通與噶爾丹相遇。噶爾丹用萬頭駱駝俯伏於地，在駝背上搭上箱垛，蓋上濕氈，布下“駝城”防線，進行頑抗。清軍用火炮擊破駝城，噶爾丹一敗塗地，好不容易才突出重圍。噶爾丹敗逃後仍賊心不死，又與沙俄勾結再度叛亂。公元1696年，康熙決定再次親征噶爾丹，在茫茫沙漠中，康熙寫下了《瀚海》一詩，記述其行軍過程：
“四月天山路，今朝瀚海行。
積沙流絕塞，落日度連營。
戰伐因聲罪，馳驅為息兵。
敢雲黃屋重，辛苦事親征。”
此次親征，又在昭莫多取得了決定性的勝利，噶爾丹率幾十名親兵狼狽逃走。公元1697年，康熙第三次親征，終於平定了為時10年的噶爾丹叛亂。粉碎了沙俄分裂中國的陰謀，鞏固了西北邊疆。
整頓吏治發展生產
康熙在進行統一大業的同時，為了國家的長治久安，他非常注意整頓吏治，廣攬人才，並在此基礎上發展經濟，製訂了一係列符合當時生產發展的措施。
康熙對貪官汙吏勒索壓榨百姓的行為是深惡痛絕，他十分注重對官僚隊伍的整治，尤其是特別注意處理腐敗的高級官僚。他曾經將貪汙成性的山西巡撫穆爾賽、湖廣總督蔡毓榮等人處以嚴刑，並將有包庇行為的大學士勒滿洪等人處以降級的處罰。
在懲治貪官的同時，康熙也大力頌揚清官廉吏，非常信任被康熙自己譽為“天下廉吏第一”的於成龍等人，還賜給於成龍“高行清粹”四個大字。
為了爭取民心，鞏固清王朝的統治，康熙對漢族曆史傳統和儒家文化非常尊重，他南巡時就曾多次親自拜祭明太祖的陵墓，並親筆題寫了“治隆唐宋”的匾額，掛在陵殿前。他還親自到孔廟祭祀，對孔子後人大施行恩寵。除了進行正常的科舉考試以外，康熙還特別設立了“博學鴻詞科”，千方百計地吸引明朝遺老和各種人才參政。公元1679年所進行的體仁閣考試，康熙親自閱卷，並對不願意為官的漢族學者非常遷就，即便他們為不想被錄取而故意寫些不同文理的文章，康熙也加以錄用，並封為翰林學士，負責編修明史。通過這些方法，確實讓其中部分文人放棄了反清立場。
同時，康熙也對漢人十分猜疑，在他統治時期，就曾發生多起文字獄。
盡管如此，康熙還是召集了大批人才，共同為發展社會生產作出了貢獻。康熙在經濟發展方麵所施行的一係列措施，也是非常切實可行的。
公元1669年，康熙就下令廢止代表農奴製生產方式的圄地，但受到鼇拜等人的阻止，成效甚微。康熙又於公元1685年第二次下令禁止圈地，使大批土地回到農民手中。同時，康熙采取了獎勵墾荒的措施，而且還規定新開土地不準圈占，還發布命令，承認部分中小地主和農民對明代廢藩土地的所有權，即改為“更名田”，自己開墾的土地歸自己所有。康熙還十分注意邊遠地區的開墾，鼓勵人民前往雲南、四川、貴州等地開荒。在康熙獎勵墾荒政策的推動下，在他統治期間，全國耕地由527萬頃增加到851萬頃。與此同時，康熙又下令減輕賦稅，對賦稅製度進行重大改革，規定全國賦稅以康熙五十年為準，以後所增人口不再多征，稱為“盛世滋丁，永不加賦”。康熙末年，在四川、廣東等省又實行“攤丁入畝”、“丁隨地起”的辦法，後來推廣到全國。
康熙恢複和發展生產的另一項主要措施，就是興修水利，治理黃河、淮河和運河。自明末以來，由於頻繁的戰爭，黃河長年失修，到康熙初年造成嚴重水患。黃、淮二河泛濫後，洪水便倒灌運河，使得漕運受阻。為了根治黃河，變水害為水利，康熙任命水利專家靳輔等為河道總督，用疏通和築堤相結合的辦法治理黃河，恢複黃淮故道“好黃、淮一帶在此後較長一段時間內，免除了水患的威脅，同時漕運也得以恢複。”康熙本人對水利和測量學也很有研究，三十年的治河過程中，他曾六次南巡，視察河工，逐漸成為一名治河專家。從第三次南巡後，治理黃河的工程基本上是由他親自設計實施。