慈禧於途中命奕劻、李鴻章為全權大臣，與列強議和，同時將戰爭責任推到義和團身上，下達了痛剿義和團的諭令。經過幾個月的反複交涉，除參加侵略的俄、英、美、日、德、法、意、奧八國外，又加比利時、西班牙和荷蘭共同擬定議和大綱十二條。慈禧見沒有將她列為禍首，也沒有要她歸政光緒，如獲大赦。當日電覆，原則上照允，並發布上諭，要“量中華之物力，結與國之歡心”，為盡快達成和議，全部接受了列強提出的條件。1901年9月7日，奕劻、李鴻章代表清廷與十一個帝國主義國家簽訂了空前屈辱的《辛醜條約》。慈禧完全屈服了，清廷成了洋人的朝廷。
在和議未成之前，光緒二十六年十二月初十日（1901年1月29日），慈禧於西安發布了實行變法的上諭，此為清末新政之始。全文如下：
世有萬古不易之常經，無一成不變之治法。窮變通久，見於大《易》。損益可知，著於《論語》。蓋不易者三綱五常，昭然如日星之照世。而可變者令甲令乙，不妨如琴瑟之改弦。伊古以來，代有興革。即我朝列祖列宗，因時立製，屢有異同。入關以後，已殊沈陽之時。