仇士良依仗武宗乃自己擁立，更加猖獗，甚至對武宗也指手劃腳。他勸武宗賜楊貴妃、陳王成美死，隨後，凡文宗所寵幸者，無論樂工，還是內侍，或誅，或貶，相繼皆被除去。知樞密劉弘逸、薛季陵有寵於文宗，宰相楊嗣複、李玨又非擁立武宗之人，仇士良便以此為由，建議將劉弘逸、薛季陵賜死，將楊嗣複、李玨罷相後，又將楊貶為湖南觀察使，將李貶為桂管觀察使。
然而，仇士良並未就此罷休。他屢勸武宗除掉楊嗣複、李玨、終於說服了武宗，遣中使前去二人貶所將其誅之。戶部尚書杜驚，急忙飛馬報知宰相李德裕說：“天子年少，新即位，茲事不宜手滑。”李德裕與另外兩名宰相奏請赦免楊、李二人，並在延英殿上與武宗百般力爭，才使楊、李二人免遭毒手。
武宗剛毅果斷，喜怒不形於色，對於仇士良，他“內實嫌之，陽示尊寵”武宗任命李德裕為相，就是要排斥專權幹政的仇士良。仇士良覺察武宗對他疏遠以後，免不了非常懊悔。萬沒料到，自己費盡心機擁立的皇帝，竟然如此冷淡自己。他不甘心就這樣衰敗下去，企圖扭轉危局。在他看來，他之所以陷於被動地位，關鍵在於宰相李德裕既得寵，又得利。如果能夠除掉李德裕，就可架空武宗，也就能穩固他把持朝政的地位。於是，仇士良精心策劃了鼓動禁軍鬧事的陰謀。會昌二年（842年）四月，仇士良聽說李德裕正準備草製赦書，減禁軍衣糧及馬芻粟，並於丹鳳樓宣赦，便當眾揚言：“如此，至日，軍士必於樓前喧嘩！”並在禁軍中大肆張揚，以激起禁軍怨憤，說：“審有是，樓前可爭。”這是露骨地煽動禁軍圍攻李德裕，伺機擴大事態，造成兵變之勢，威逼武宗鏟除李德裕。李德裕審時度勢，看穿了仇士良的陰謀，急速請求武宗召見，在延英殿向武宗麵奏了這一危急形勢。武宗大怒，立即派中使諭神策軍說：“赦令自朕意，宰相何豫？爾渠敢是？”風波頓息，仇士良的陰謀未能得逞。
這次失敗，使仇士良非常“惶惑不自安”。他看出，皇權已固，相權已穩，他權傾朝野之日已無望複來；另外，他自知作惡多端，武宗疏談，臣吏怨恨，說不定何時就會大禍臨頭。於是，他便以病為名請求辭職。武宗將其罷為內侍監，知省事。接著，他又請求告老還鄉，武宗亦未挽留，“詔可”。不久，病死。時為會昌三年（843年）。次年，有人告發仇士良，並在其家中搜出兵器數千，武宗下詔“削其爵，籍其家”。
仇士良乃一宦官，不過是皇帝的內侍而已。宦官利用常年侍奉皇帝的便利條件，按自己的意願影響皇帝的事並不罕見。但是，仇士良已不滿足於奴才影響主子，而是個蓄意弄權幹政的陰謀家。仇士良在宮中侍奉六主，擁立二帝，專權二十餘年。他上挾天子，下淩宰相，並對公卿大臣肆意殺戮，可謂惡貫滿盈。
仇士良之所以能夠如此貪暴，一方麵在於他掌握禁軍的兵權，另一方麵在於他弄權有術。他曾對宦官朋黨傳授“以固權寵之術”說：“天子不可令閑，常宜以奢靡娛其耳目，使日新月盛，無暇更及他事，然後吾輩可以得誌。慎勿使之讀書，親近儒生，彼見前代興亡，心知憂懼，則吾輩疏斥矣。”仇士良的這段自白，是他醜惡嘴臉的一幅絕妙的自畫像。