為此，牛頓開始重讀逍遙學派的《物理學》。他利用所有的空閑時間，勤奮耕耘了另外兩章。他又感覺這些還遠遠不夠，他又開始閱讀福西厄斯的《修辭學》和關於倫理學的著作。
從1661年進入劍橋大學三一學院起，一直到1664年，牛頓在這裏度過了四年的難忘時光。
在這四年的時光中，牛頓的學識有了很大的進步，他由對科學的懵懂，逐漸站到了他那個時代的前列，雖有不足，但非一般人可比。
隻要通過最後一次考試，他就能如願拿到學士學位，他和幾百位學士學位的候選人，參加了有幾百年曆史的學位考試。這是他拿到學位之前的最後一次障礙。
終於，牛頓在1665年春天如願拿到了學位證書。
雖然牛頓不是全才，但牛頓在除文法外的其他科學領域都是很出色的。
在他讀書期間，他通過自己的不懈努力，取得了不少後世公認的一些發現，有些就是在完全封閉的狀態中獨立思考完成的。
這些發現牛頓並未在當時立刻就公開，但從後人的眼光來看，在這麼年輕的時候就取得了這麼大的成績，如果它們不是發生在牛頓身上，這是不可想象的。
牛頓的才學博得了年輕的客座教授巴羅的認同，通過幾年的學習交往，牛頓和巴羅已成為感情至深的好朋友。
巴羅決心把牛頓引向自然科學的更高峰，他決心讓牛頓成為自己的助手，成為一名研究員。
巴羅是那個時代有影響力的數學家，能做他的助手不是很容易的事情，許多人都想謀得這個職位，這對於剛畢業的年輕人來說不僅僅是無上的榮譽。更難得的是，牛頓以研究員身份工作可以拓寬其研究的領域。
牛頓當選之後，就不再是減費生了，他可以享用學院提供的夥食，每年也會獲得車馬費和同等數額的薪金。
更重要的一點是，他有了四年的保證，可以在無約束的情況下進行研究，直到1668年他取得了碩士學位。如果他能獲得研究員的位置，還有可能繼續下去。
障礙排除了，牛頓可以全身心地投入自己發現的研究領域。他在小學時表現出對自己感興趣的事癡迷的程度，而在這個時期，則表現為成熟的智慧。這在他的筆記中，就隱含了那種猶豫已完全消失，取而代之的是男人那種專注的熱情研究。
牛頓一旦想要攻克某一難題的時候，經常是忘記了吃飯。
他留在盤中的食物都把貓給養肥了，他的這種習慣使他的同代人感到非常吃驚。他經常忘記睡覺，第二天早上他為發現了某個新命題而心滿意足，至於沒睡覺的事他早已忘記了。