牛頓所在的三一學院，其教育製度還帶著濃厚的中世紀經院哲學的味道，傳授一些經院式的課程，如語法、古文、邏輯、古代史、神學，等等。學院以培養“富有影響的精神貴族”而聞名於世。
但是，由於克倫威爾執政和查理二世的複辟，使得劍橋大學身在火熱之中，曾一度“降到了教育曆史上的最低水平”。
牛頓的導師是本傑明·普林教授，舅舅在上大學時，普林教授曾是舅舅的好朋友。
普林教授從接觸到牛頓開始，就想把牛頓引上傳統的正道，而牛頓卻不甘心。
也就在這個時候，英國劍橋大學正處在清教的中心，這也是17世紀的知識分子動亂的中心。牛頓也受到了清教思想和倫理的影響。雖然他感到很孤獨，但是，當他埋頭於學習中時，便從中找到了樂趣，並且勇於創新思想，開創新方法，尋求新的科學之路。
當普林教授與牛頓相處一段時間後，慢慢感覺到牛頓這個人才華出眾，智慧過人，這些傳統的課程滿足不了他的要求。於是，普林教授也不再限製牛頓的新思路、新方法，而且對牛頓獨到的見解和想法更加鼓勵，這樣牛頓就可以放心地讀書學習了。
1663年，三一學院出現了新氣象，一個專門講授自然科學的盧卡斯講座在三一學院創辦了。這個講座主要講授自然科學知識，如物理、地理、天文和數學課程。這是劍橋大學前所未有的，也是牛頓科學生涯中的一個轉折點。
盧卡斯講座由亨利·盧卡斯創辦，他曾就讀於劍橋大學，還代表劍橋大學當選為國會議員，1663年他因病去世。他在遺囑中聲明，在三一學院設立一個專門講授自然科學的數學教授職位，數學教授的薪水是僅低於學校校長的。
講座的第一任教授艾薩克·巴羅是個博學的科學家。
巴羅出生在倫敦，他從小就被稱為小神童；這一點牛頓是無法企及的。巴羅在14歲時，就已考入了劍橋大學的三一學院；那時他的學習成績是非常優秀的。而牛頓在14歲時，卻輟學在家，幫媽媽做家務活呢！
巴羅是一位很有才華的數學家，他是微積分的先驅，並在天文、物理、光學方麵也有很高的造詣。
巴羅也是一位比較固執的王黨分子，當克倫威爾掌權後，他為了躲避克倫威爾的抓捕，就到處流浪。後來，查理二世恢複了政權，他又重新回到了劍橋大學。他有著豐富的知識，又先後擔任過哲學、希臘文、數學教授。在1672年，英王查理二世便任命他為劍橋大學三一學院的院長。還稱讚他是“全歐洲最優秀的學者”。
巴羅有一句名言：“一個愛書的人，他必定不至於缺少一個忠實的朋友，一個良好的老師，一個可愛的伴侶，一個溫情的安慰者。”可以說，巴羅是把牛頓推向科學道路的良師益友。