1686年4月，牛頓的《自然哲學之數學原理》第一冊手稿被帶到了皇家學會，這不啻是一枚石破天驚的重磅炸彈，沒有什麼比喻能夠恰當地形容這本毫無疑問是科學史上最偉大的著作了。
當牛頓將他的著作公開後，胡克的心裏卻不是滋味。一方麵，他在行星運動理論的競爭中最終落敗，更不能容忍的是，他認為牛頓在平方反比定律的證明過程中，曾經從自己1679年的去信裏得到過啟發，但牛頓沒有在文稿中提到他胡克的名字！
胡克的想法絕不是沒有理由的。在1679～1680年的通信裏，牛頓曾在落體問題上犯過嚴重的錯誤，他甚至把引力看作不隨距離變化的常量，還是胡克糾正了他。在胡克看來，牛頓至少應該在前言裏提一下他的名字。
牛頓其實是胡克的晚輩。早在1662年，胡克已成為英國新成立不久的皇家學會的實驗主管，負責演示皇家學會的實驗，並在次年成為學會會員。而此時牛頓還是劍橋的本科生。
1669年，牛頓當上劍橋的教授，開始講授他的光學研究。1672年年初，牛頓被選為皇家學會會員，他給學會寄去一篇證明白光是不同顏色光的混合的論文，提出光是由粒子組成的，遭到了認為光是一種波的胡克的猛烈抨擊。
牛頓無法忍受，威脅要退出學會。在學會的勸說並提出免去牛頓應繳納的會費的條件下，牛頓才留了下來。
但是在1675年，牛頓發表的另一篇光學論文招來了胡克更猛烈的抨擊。胡克認為牛頓論文中的大部分內容是從他在1665年發表的《顯微圖譜》一書中的有關論述中搬來的，隻是做了某些發揮。兩人進行了一番貌似彬彬有禮其實暗藏譏諷的通信。
牛頓在1676年2月5日致胡克的信中，寫道：“笛卡兒的光學研究邁出了很好的一步。你在一些方麵又增添了許多，特別是對薄板顏色進行了哲學考慮。如果我看得更遠一點的話，是因為我站在巨人的肩膀上。”
後麵這句話被認為是牛頓的謙虛，後來被許多人當成座右銘，但是如果我們知道牛頓其實看重實驗和數學計算而蔑視胡克的哲學思考，並且胡克身材不高，駝背得很厲害的話，就可以明白牛頓的這句話並不是在恭維胡克。
這場爭論的結果是牛頓疏遠了皇家學會，而且決定等胡克死後再發表有關光學的論著，在這部胡克死後的第二年出版的著作中，牛頓完全不提胡克對薄板顏色研究的貢獻。
此時牛頓還是個剛剛嶄露頭角的年輕教授，麵對前輩的批評他隻能忍氣吞聲，1687年《原理》的出版才確立了牛頓作為英國科學界第一人的地位。