孩子們知道父親的脾氣，也不敢上前勸阻。還是妻子最後勸了勸他：“朝廷也是沒有辦法呀，好好的誰願意割地賠款啊，你再生氣也不頂用，這氣壞了身子可是你自己遭罪呀。”陳寶琛餘怒未消：“把土地割讓給日本，就是死也不能答應！李鴻章，你是大清的罪人呀！你這個賣國賊！”就這樣，陳寶琛每天在家裏又是罵又是歎息。後來，壞消息不斷傳來，什麼德國租借膠州灣，俄國強占旅順、大連，法國強占雲南邊地，義和團運動等等，他聽到這些消息，驚愕了，這還像個國家嘛。從那以後，他反而不再罵了。每當看到紅日西墜，他就歎息大清王朝氣數已盡。自己既然不能挽救時局，就幹脆在家裏吟詩作賦，不問世事。後來又修建了“還讀樓”、“滄趣樓”，或閉門讀書，或交友唱和。
還書樓意思是還我讀書，他把禦賜以外的書收入此樓。陳寶琛酷愛讀書，收集了大量的珍本、善本，數量遠遠超過賜書樓。當他心情煩悶的時候，總是到這裏散心。國家大事、功名利祿已經不能成為他心靈的寄托，他隻好到書中安撫自己頹喪的靈魂。不久以後，他又修建了“滄趣樓”。“滄趣”，取意於《莊子·漁父》，“滄浪之水清兮，可以濯我纓；滄浪之水濁兮，可以濯我足。”
意思是說：時局好了，我可以大顯身手；時局動蕩，我就應該退隱。此時，讀孔孟之書，走科舉之路的陳寶琛也萌生了退隱之心。在家閑居的日子裏，他每天以寫字、讀書、賦詩打發時光。當然，作為當地名流，時常有人來拜訪，如：林紓、嚴複等人，也因此結交了不少朋友。
他們經常在一起，吟詩作賦。陳寶琛的《滄趣樓文集》中的作品，主要寫於這一時期。
1895年，陳寶琛去上海辦事。他知道好友張佩綸在上海閑居，第一件事就是去拜訪他。經曆了世事的滄桑，兩位好朋友見麵之後感慨萬千，想起當初在朝中彈劾大臣、抨擊朝政，意氣風發，是何等的氣概，如今，兩位的頭發已是花白，撫今追昔，怎能不生感慨。陳寶琛當場賦詩一首：“相看短發未全斑，十五年來一瞬間。可似東坡遇莘老，安排浮白對青山。”抒發了人生易老、盛年不在的感慨，也寄寓了政治上失意的情懷。吟罷之後，相視垂淚。回家以後，更是不問政事，隻是埋頭整理書稿，借此忘記心中的煩惱。
1898年，正當他沉湎於這種情緒的時候，京城傳來了一個消息讓他精神為之一振，光緒皇帝實行新政了。
他聽到以後興奮地說：“大清國有希望了，我又有用武之地了。”他把這一消息告訴給家人，告訴給朋友。朋友們來了以後，也不再談論詩詞歌賦了，主要談論新政和他們自己的打算。他們談論最多的還是文化教育。新政中對文教方麵的改革讓他們充滿了對未來的憧憬。新政規定：改革科舉製度，廢除八股考試，改試策論；設立學校，開辦京師大學堂等等。這時候，福建各地紛紛籌劃興建中小學堂。可當時具有新思想的教育人才、老師特別缺乏，閩浙總督久聞陳寶琛的大名，就親自到家裏拜訪，商議興辦新式學堂的各種事情。他想把東文學堂擴充為閩浙師範學堂，全力培養師資力量，以適應今後教育事業的發展。總督提出要讓他出任學堂監督，陳寶琛慨然應允。