然而，當他還在潛心教讀功課的時候，革命的風潮就洶湧而來。孫中山領導的革命軍控製了南方各省，清政府不得不請袁世凱出麵挽救時局，袁世凱趁機提出召開國會、組織內閣等要求，把軍政大權攬到自己手中。
革命軍繼續北伐，卻遇到了財政困難、帝國主義幹涉等一係列困難，不得不與袁世凱達成妥協。最後，革命黨人同意讓出政權，條件是袁世凱要讚成“共和”，逼清帝退位。1912年2月12日，溥儀宣布正式退位。根據《優待條例》，他們還可以居住在皇宮。
溥儀退位以後，陳寶琛表示願意繼續留在皇帝身邊，並繼續以君臣相稱。從此以後，陳寶琛擔任溥儀的老師十餘年，傾盡自己所有的心血教溥儀讀書，與溥儀朝夕相伴。溥儀對這位老師也非常的尊重，在他八歲的時候，溥儀寫下了第一首詩，那是為陳老師祝壽而寫的。全詩隻有十六個字，卻表達了溥儀對老師的衷心的敬意。
“鬆柏哥哥，終寒不凋；
訓予有功，長生不老。”
在和溥儀一起生活的日子裏，陳寶琛給他留下了許多古板得可愛的故事。據說陳府的老少兩代之間總是鬧摩擦，孩子們受新思潮的影響，不願關在屋裏讀那些四書五經，認為沒有用處。陳寶琛則認為老傳統不能丟，不聽話就用家法管教，有罰跪、打板子等名目。孩子們表麵上害怕，暗地裏全都串通一氣，共同商量對付老頭子的辦法。他們和家庭包車的車夫商量好，當陳寶琛的馬車快走到胡同口的時候，要把車鈴踩到最響。孩子們在院中聽到響聲，知道父親來了，抓緊把玩具、糖果等東西收起來，換上一副麵孔，裝作嚴肅的樣子，搖頭晃腦的讀起書來。
溥儀退位以後，陳寶琛表示願意繼續留在皇帝身邊，並繼續以君臣相稱。還有一件事，溥儀也是津津樂道，那就是師傅洗澡的趣事。陳寶琛奉行“一生洗三次澡”的原則，出生洗一次，結婚洗一次，死後洗一次，平時就一次也不洗。到了夏天，他的身上散發出一種酸臭的味道。他的門生就勸他：“老師啊，您應該多洗澡，對您的健康有好處。”誰知道老先生把眼睛一瞪說：“你懂什麼，老朽雖然不常洗澡，卻也身體健康，很少有病。可你呢，為什麼經常洗澡還老是鬧病呢？”一句話說得那位學生張口結舌。
英國人莊士敦在《紫禁城的黃昏》一書中寫到了陳寶琛：“他身體健康、精力充沛、思維敏捷、舉止端莊有禮，是一位很有魅力的令人喜愛的人。他也是一位著名的詩人、一位造詣極深的學者，其優美的書法令人讚賞。”民國十年，陳寶琛修成了《德宗本紀》。溥儀非常高興，授予他“太傅”的頭銜。雖然隻是一個虛銜，陳寶琛還是受寵若驚，趕忙叩謝皇恩。
民國十二年，他極力引薦鄭孝胥入宮。鄭孝胥，福建省閩侯縣人。1908年，鄭孝胥曾經出任預備立憲公會會長，要求清政府盡最快速度召開國會，一時間也代表了進步的潮流。辛亥革命之後，鄭孝胥忠於皇室，以遺老自居，後擔任溥儀的內務大臣和顧問，而且與日本方麵經常接觸，致力於溥儀的複辟。陳寶琛羨慕他的才華和廣博的知識，兩個人關係很好。隻不過，鄭孝胥一直想依靠日本人謀求複辟，陳寶琛隻是追隨溥儀，以盡為臣之道，沒有更大的野心。到後來鄭孝胥當上滿洲國的總理時，陳寶琛則以民族大義為重，決不與他同流合汙，他經常說：“民族是不能得罪的”，在他的心中，君重，民族更重。
1924年10月，馮玉祥發動北京政變，將清宮中的遺老遺少趕出皇宮。溥儀沒有辦法，隻好住進父親家裏。
在時局混亂的情況下，他的英文教師莊士敦把他帶到德國醫院住了一陣子。但是，醫院畢竟不是久留之地，還是莊士敦勸他改住日本使館。沒想到，住到那裏以後，溥儀受到優待，使館專門騰出幾間房子供他們居住。皇宮中的原班人馬——南書房行走和內務府大臣以及幾十名隨侍、太監、宮女、婦差、廚役等各就各位。奏事處和值班房也全套恢複了。後來，溥儀祝賀二十歲生日，遺老遺少們和宮裏的人舉行朝賀。陳寶琛作為內廷司員、師傅和南書房翰林的領銜向溥儀祝壽。溥儀發表了講話，對國民政府不遵守《優待條例》表示遺憾，痛斥馮玉祥的行為。陳寶琛在一旁垂手肅立，恭聽聖訓。
民國十四年，溥儀想找一個穩定的住所，在得到段祺瑞政府許可以後，協同陳寶琛、鄭孝胥到了天津。在居住天津的日子裏，鄭孝胥和陳寶琛融洽相處。但是，兩個人的性格、誌向卻有很大的差別。陳寶琛每天隻是忠心侍奉，性格還是那麼正直古板，在溥儀去東北會見張作霖的事情上堅決反對。鄭孝胥則是激情澎湃，每天談論著如何恢複大清江山，談論著恢複以後的宏偉藍圖。