黃宗羲，字太衝，號梨洲，因曾建書屋“續鈔堂”於餘姚南雷裏，後人尊稱他為南雷先生。1610年出生於浙江餘姚黃竹浦一個官僚地主家庭。父親黃尊素進士出身，明朝天啟年間禦史，是著名的東林黨人。他鐵骨錚錚，剛正不阿，在同閹黨的鬥爭中慘遭殺害，對黃宗羲的成長產生了重大影響。
黃宗羲幼年好學，不喜章句之學與八股文，對諸子百家、曆史典籍卻情有獨鍾。母親為此焦慮不安，父親卻認為開卷有益，讓他自由發展。13歲時，黃宗羲考中秀才，隨即跟父親進京，耳聞目睹東林黨人所作所為，“盡知朝局清流濁流”，對閹黨懷有強烈的仇恨。楊漣、左光鬥冤獄發生，黃尊素為此彈劾閹黨首領魏忠賢，被削籍南歸。1626年3月，黃尊素和東林領袖高攀龍等7人先後被特務錦衣校尉逮捕，臨別囑黃宗羲師從同鄉學者劉宗周。黃宗羲回到故鄉，發奮讀書，兩年時間，把家中二十一史等書籍全部精讀一遍，學業上大有長進。
1627年，黃尊素在京遇難。第二年，祖父病死家中。黃宗羲遂決計北上京城替父報仇。他寫好申冤文稿，隨身藏有一把鋒利的鐵錐，隻身趕赴北京。這時，崇禎皇帝已經即位，魏忠賢伏誅，閹黨凶焰暫時收斂。黃宗羲大膽上書，為父鳴冤，先後在公庭上和獄門口，用鐵錐擊傷閹黨許顯純、李實，拔下崔應元的胡須，與天啟年間死難忠臣的後裔在詔獄中門設祭，哭聲響徹宮廷。黃宗羲因此名聞天下，已然成為東林子弟領袖。
從京師回到家鄉，黃宗羲遵從父親遺囑，去劉宗周創辦的紹興證人書院讀書。在劉宗周的指導下，黃宗羲折節厲學，遍讀十三經、二十一史、明十三朝實錄及諸子百家，這使他在天文曆史、地理、律曆、象數、算學、佛教、道學等方麵都有極深的造詣，為他成為一代碩儒奠定了深厚的學術基礎。
20歲時，黃宗羲在南京參加複社。複社前身是知識分子為準備科舉考試以文會友的文社，1629年由太倉人張溥、張采集合江北匡社、中州端社、鬆江幾社、萊陽邑社、浙東超社、浙西應社而建立。建社之初，即以“重氣節，輕生死，嚴操守，辨是非”為宗旨。黃宗羲加入這個社團不久，被公推為主要負責人之一。與此同時，閹黨餘孽阮大铖在崇禎皇帝的縱容下，死灰複燃，在南京成立“中江社”和“群眾”兩個社團組織。黃宗羲與東林後裔、複社名士140多人，聯合發出《南都防亂公揭》，揭露阮大铖的陰謀活動，迫使阮大铖暫時收斂劣行。
1644年，李自成攻入北京，崇禎皇帝吊死煤山，福王朱由崧在南京建立弘光政權。阮大铖、馬士英等閹黨借擁戴之功再次得勢。阮大铖上疏說：“東林老奸如蝗蟲般遮住明日，複社小醜像蝻蟲般在田間亂竄。蝗蟲是現實之災，蝻蟲是將來之禍，應該立即一網打盡。”於是編寫《蝗蝻錄》，列黑名單，謀興大獄。黃宗羲因此在南京被捕，後因延期提審，清兵又攻下南京，他才僥幸脫險返回浙江。
清兵入關後，劉宗周避居山間，嚴詞拒絕清政府的勸降，絕食13天壯烈殉國。恩師的崇高民族氣節給黃宗羲以莫大的鞭策，他毅然變賣全部家產，與兩個弟弟在浙江餘姚黃竹浦組成幾百人的抗清義軍“黃氏世忠營”，從此開始了長達八年的抗清武裝鬥爭。在這八年中，黃宗羲在南明小朝廷先後任兵部職方司主事、監察禦史、左副都禦史等職，籌謀策劃，呼號奔走，其艱難困苦誠如其自述所說：“自北兵南下，懸書購餘者二，名捕者一，守圍城者一，以謀反告訐者二三，絕氣沙者一晝夜，其他連染邏哨之所及，無歲無之，可謂瀕於十死者矣。”然而由於南明諸政權腐敗無能，無所作為，抗清鬥爭終告失敗。