出於對祖國和民族的責任感，黃宗羲隱居家鄉即“畢力於著述”，總結曆史經驗教訓，探討經世學問，整理祖國文化遺產。這以後，他曾多次回絕了清政府的禮聘，終身不仕，表現了一個愛國誌士的民族氣節。為悉心著述講學，黃宗羲對所有慶吊吉凶禮節盡皆廢除，就連兩個女兒也拒之門外。他學識淵博，著述宏富，據餘姚梨洲文獻館統計，計其著作約為72種，1300多卷，內容涉及史學、政治、哲學、經學、數學、地理、天文、曆法、音樂、詩文等各個方麵。
黃宗羲在史學上的獨特貢獻，在於他編著了中國曆史上第一部係統完善的學術思想史——《明儒學案》。這部著作對明朝近300年間各個學派學術思想的發展經過，每個學派的時代背景、代表人物、學術宗旨，都作了介紹和評論。在編寫《明儒學案》的基礎上，他接著撰寫《宋元學案》，但未能完成。後經黃宗羲幼子黃百家及史學家全祖望等人繼續修訂、整理，成書100卷。《明儒學案》和《宋元學案》均被收入《四庫全書》，成為後人研究宋元明思想史和學術史的必讀之書。黃宗羲寫這兩部著作不僅為後代留下寶貴的思想資料，而且開創了尊重事實、注重實用、反對空疏、強調實踐（踐履）的良好學風。
黃宗羲的哲學思想，大都見於《宋元學案》和《明儒學案》，主要有兩個方麵。一方麵，在理氣問題上，宣揚“理在氣中”的唯物主義觀點，批判了宋儒程朱學派的客觀唯心主義；另一方麵，他又接受王陽明“心外無理”的主觀唯心主義，宣揚“一切皆心”，認為世界是氣的世界，又是心的世界，心才是最高實體，堅決反對“理在心外”的唯物主義觀點。從這裏可以看出，他的哲學思想搖擺於唯物主義與唯心主義之間。在中國哲學發展史上，他的思想是主觀唯心論向後來的唯物論過渡的重要環節。