明清更迭，天崩地裂，王夫之獨有的遺民人格和遺民情結，使得他具有一種強烈的“民胞物與”的儒者情懷和拯救民族文化的使命。確切地說，明王朝的覆滅，落後民族對先進民族的征服，迫使他重新認識、重新定位，並試圖重新建構自己的民族文化。然而，他所麵對的是到處潛伏的清政府緝捕的危險，是極其惡劣的物質生活條件和寫作條件，以及顛沛流離的流亡生涯。
順治十年（1653年），李定國遭清軍進擊、孫可望逼迫，率軍撤離湖南，清王朝恢複了在湖南的嚴酷統治。不僅一些曾經響應大西軍的百姓和懷有抗清複明之誌的明遺臣遭緝捕殺害，而且諭旨“留發不留頭，留頭不留發”，清統治者嚴令每個漢人男子仿效滿族的習俗剃發蓄辮。王夫之誓死抵抗剃發，於順治十一年（1654年）八月，泛宅避居於零陵北洞釣竹源、雲台山等處。冬至，徙居常寧縣西南小祗園側西莊源。為避清政府耳目，他改姓名，變衣著，自稱是瑤人。從這年到順治十四年（1657年）春，前後約三年，他輾轉遷徙，艱苦備嚐，常常不得不蜷伏藏匿在荒崖絕壑的苗、瑤山洞中。雖然幸虧有當地隱士王文儼接濟，但還是不得不賴采集野菜勉強維持生計。
王夫之在其流亡中最艱辛的歲月，卻慨然興起，實現了人生中最重大的一次思想轉折。流寓常寧西莊源時，他已經開始以教書為生。次年，又轉徙到晉寧山中，借住在僧寺廟宇裏，為從遊者說《春秋》，授徒講學，主要闡述《春秋》中的民族大義。在這種孤獨、困苦的流亡生活中，王夫之逐漸錘煉了自己的心境，順治十二年（1655年）在晉寧荒山破廟中，王夫之一麵教書糊口，一麵開始撰寫《周易外傳》，這也是他多年來在憂患中研求義理的第一部成果。這本書以哲學思辨的形式，深刻地反映了明清之際複雜的社會矛盾運動以及王夫之個人“出入於險阻”的生命體驗。這一年的八月，王夫之又寫成了《老子衍》。康熙四年（1665年）三月，王夫之更是寫出了《黃書》這部深入總結民族敗亡的曆史和現實教訓的政論著作，猛烈抨擊“孤秦”“陋宋”等君主專製政體，提出“公其心，去其危，盡中區之智力，治軒轅之天下”的政治改革主張。
順治十四年（1657年）四月，清朝統治者在其所占領地區基本上鞏固了政權之後，就一方麵“大赦天下”，詔行“輕徭薄賦”；另一方麵調集兵力，進攻永曆政權所據的雲南、貴州。在這種情況下，湖南地區的社會秩序得到了相對的穩定。於是，王夫之就帶著妻子鄭氏和出生不滿一歲的兒子回到了南嶽蓮花峰下的續夢庵。次年九月，他40歲，寫出了敘述家世情況的《家世節錄》。
順治十七年（1660年）初夏，他遷居湘西金蘭鄉高節裏，在茱萸塘營築茅屋。南明永曆帝於順治十六年奔緬。永曆帝奔緬以前，船山名其居為“續夢庵”，表示希望未絕；奔緬以後，名其居曰“敗葉廬”，則無疑心灰已極。十七年冬，吳三桂窮追永曆政府到緬甸，逼迫緬甸國王獻出了永曆帝。十八年四月，吳三桂弑永曆帝於昆明，幾位鬥爭到底的民族英雄，如李定國、李來亨、白文選，都先後殉國。至此，南明永曆政權曆時15年。在敗葉廬驚聞南明最後一個政權從此覆滅，王夫之悲痛至極，又寫了《續悲憤詩》一百韻。同年六月，還發生了一件不幸的事，就是幾年來與他共度憂患、對他關懷備至、年僅29歲的妻子患病逝世。王夫之不勝悲傷，登嶽峰悼亡妻，痛吟《嶽峰悼亡四首》《續哀雨詩四首》。這一年，王夫之44歲。