蘇軾主動請求出任地方官，終於獲準以龍圖閣學士出任杭州知州。元祐四年（1089年），蘇軾回到了闊別已久的杭州。從他第一次任杭州通判到現在，已經十五六個年頭過去了。此時的蘇軾依然保持著他一貫的為官風格，非常體恤人民，努力幫助百姓抗災、減稅、解決難題。他此次剛上任就遭遇水災，導致早稻無法播種。水災過去後又遇上旱災，晚稻收成無望，百姓溫飽已經成了大問題，用蘇軾的話說：“民之艱食，無甚今歲。”蘇軾馬上接連上書朝廷減價出售常平米，以幫助災民度過饑饉之年。水旱災害過後，瘟疫又流行，蘇軾連續奔走籌款，還拿出自己積攢的俸祿五十金，在杭州創立安樂病坊（相當於現在的醫院），救治了千餘人。他的政績還表現在對杭州西湖的治理上。杭州西湖因久未疏浚，淤塞非常嚴重，蘇軾在一首詩中曾說到“葑合平湖久蕪漫，人經豐歲尚凋疏”。西湖的淤塞，一方麵影響人們觀賞優美的湖光山色；另一方麵，也是更主要的，即失去了西湖對民生的利處。西湖上接運河，下臨民田，有灌溉之利。於是蘇軾上書朝廷請求疏浚西湖，他在《乞開西湖狀》中說，“杭州之有西湖，如人之有眉目”“使杭無西湖，如人去其眉目，豈複為人乎”，如果再不治理“更二十年，無西湖矣”。朝廷批準了蘇軾的請求，他經實地調查，製訂了科學合理的治湖計劃，先疏通湖底，再將葑泥堆積在裏湖和外湖之間，並利用其築起一道長堤，這樣既避免了來回運送淤泥，築起的長堤又利於交通。據說築新堤時，蘇軾每天都會到堤上巡視，如果遇上自己的飯菜未送到，他就和民工一同進食。所以，大家都說蘇知州很有親和力，沒有官架子。新堤建好以後，人們在堤壩上種植了楊柳、芙蓉等花木，給西湖增添了不少韻味。西湖的疏浚成功，保證了水資源的有效利用。元祐六年（1091年）繼任知州林希在堤上立“蘇公碑”，後人因此把長堤稱為“蘇堤”。“蘇堤春曉”至今仍然是杭州的名勝之一，聞名中外。這裏還有一個關於蘇軾的小故事。據說在疏浚西湖的時候，百姓曾抬豬擔酒來給他拜年，蘇軾收下了豬肉，叫人切成方塊，燒得紅酥香嫩後，送給治湖的民工吃，於是大家都戲稱這些豬肉為“東坡肉”。直到現在，“東坡肉”依然是一道名菜。蘇軾這次在杭州任職的三年間，贏得了百姓的敬重，很有口碑。《宋史·蘇軾傳》中記載，杭州人民“家有畫像，飲食必祝，又作生祠以報”。另外在杭州還建有蘇文忠公祠專門祭祀蘇軾。西湖孤山麓的四賢祠祭祀的“四賢”中也包括蘇軾。
元祐六年（1091年）蘇軾奉朝廷詔令回京城再一次擔任翰林學士。久經政治考驗的蘇軾並沒有為此沾沾自喜，他擔心新一輪的陷害會再此來到。所以他主動上書請辭，但是沒有獲準。果然不出蘇軾所料，有人誣陷他為杭州災民請求賑濟是欺騙朝廷，還有人說蘇軾為神宗之死而雀躍，曾寫詩慶賀。無論是當年新黨小人的陷害，還是如今舊黨分子的誣陷，手段都極其相似。雖然最終蘇軾並未獲罪，但是他厭倦了這種爾虞我詐的日子，再次請求外調。元祐六年（1091年）八月，回朝兩個月後，蘇軾又自請外調出任潁州（今安徽阜陽）知州。元祐七年（1092年）二月，蘇軾又改任揚州知州。半年後，蘇軾又奉命回朝，擔任兵部尚書，兼為皇帝侍讀。之後，又改為禮部尚書。作為皇帝侍讀的蘇軾，與哲宗皇帝相處得卻不融洽，年齡漸長的皇帝，不願聽從蘇軾的勸諫。蘇軾是高太後器重的人，而哲宗正因高太後長期執政，內心憤憤不平。帝黨與後黨之間的矛盾逐漸尖銳。蘇軾不願再介入爭權是非，上書懇請讓自己去守“重難邊郡”。這期間，又有一場巨大的不幸降臨到蘇軾頭上——蘇軾的第二任妻子王閏之去世了。
元祐八年（1093年）九月十三日，蘇軾任命為定州（今河北定縣）知州。這是帶有貶謫性質的任命。從此以後，連續的貶謫降臨到蘇軾的頭上，他離自己的家鄉越來越遠了。
（五）顛沛流離巨星隕落
蘇軾在接到擔任定州知州的詔令後，就已經預感到未來的艱險。因為長期執掌實權的太皇太後高氏於元祐八年（1093年）九月初三去世，親政的哲宗因不滿祖母高氏的長期執政，所以從親政開始，就傾向新黨，大批反對變法的保守派官員都受到排擠，有的被貶謫，有的被罷免。蘇軾雖然和司馬光有分歧，但他畢竟反對變法，仍然屬於舊黨。高氏去世十天後，蘇軾就接到了擔任定州知州的命令。當年的十月，蘇軾到達定州。
蘇軾赴定州上任不久，在王安石主持變法時，因投機新法而受重用的章惇和呂惠卿重新被起用，朝廷任命章惇為資政殿學士，任命呂惠卿為中大夫。
定州屬於古代中山國，是北鄰契丹的軍事重鎮，但是邊備十分鬆弛，用蘇軾的話說就是“承平百年烽燧冷”，一個“冷”字生動地揭示了邊防鬆弛的情景。蘇軾下決心，要從根本上改變這種狀況，於是他采取了一係列措施。首先從整頓軍紀開始。定州軍紀鬆弛，秩序混亂，盜竊成風。例如有人在兩年間持杖入庫，盜賣公家雜物八百餘件，價值二百多兩銀子，相關官員知曉情況後，卻不聞不問。還有明出告示，召集軍士和百姓聚眾賭博的。在這種情況下，軍隊的士兵紛紛逃亡，有的竟然聚為“盜賊”。蘇軾經過細致調查後發現，這裏的禁軍大都很貧困，士兵赤身露體，饑寒交迫。士兵住的營房也大量塌壞，根本無法遮蔽風雨。而禁軍的貧困，又源於各級不法官吏貪汙成風。針對這種情況，蘇軾一方麵嚴厲懲處不法官員，另一方麵積極改善禁軍的生活條件，派人大力修繕禁軍的營房，蘇軾認為，“豈可身居大廈，而使士卒終年處於破屋之中，上漏下濕，不安其家？”（《乞降度牒修定州禁軍營房狀》）整頓軍紀的同時，蘇軾還著手增修弓箭社，壯大民兵隊伍的力量。他認為保境安民的任務，不能都依賴政府軍。宋代自“澶淵之盟”訂立以來，百姓為了抵禦邊患和盜賊，自己組織了弓箭社，不論貧富貴賤，每戶選一人，弓箭社一般都是“帶弓而鋤，佩劍而樵”，生產、守邊兩不誤。每當軍情緊急，便擊鼓集合，一會兒就可以召集到千餘人，弓箭社的力量在一定程度上威懾了敵人。蘇軾認為應該擴大弓箭社的力量，他計劃整編一支三萬人的民兵武裝，在物質上給予優待，使其更好地配合官軍的邊防工作，增強邊防力量。他在《乞增修弓箭社條約狀》中說：“弓箭社為邊防要用，其勢決不可廢。”