明朝末年吏治腐敗，災害連年，社會矛盾尖銳。崇禎元年（1628年）七月，王嘉胤、楊六、不沾泥等在陝西首舉義旗，全陝響應。從崇禎元年（1628年）至崇禎三年間，高迎祥、張獻忠、李自成等先後起義，陝境共有義軍一百餘部。一部份官軍邊兵，因缺餉嘩變，亦加入義軍，並成為骨幹。崇禎二年（1629年），農民軍王左掛、苗美率兵進攻韓城。當時還是參政的洪承疇臨危受命，領兵出戰。當即率軍斬殺敵兵數百，解了韓城之圍，一時名聲大噪。 次年六月，洪承疇被任為延綏巡撫。成為一方大員的洪承疇一改上司三邊總督楊鶴的“招撫政策”，全力清剿農民軍，甚至不惜“殺降”。幾年間，在陝西各地剿殺農民軍數萬人。 崇禎六年（1633年），楊鶴因剿匪不力被罷官入獄，由洪承疇繼任為三邊總督。隨後，他由陝西到山西、河南等地，一路追擊農民軍各部，連戰連捷。1634年12月，洪承疇以功加太子太保、兵部尚書銜，總督河南、山西、陝西、湖廣、四川五省軍務，成為明廷鎮壓農民起義的主要軍事統帥。崇禎九年（1636年）七月，洪承疇率軍在臨潼大敗農民起義軍，將明末農民起義軍中最強悍的“闖王”高迎祥部圍困在叢山之中長達三個月。後高迎祥率部從陝西漢中突圍，遭陝西巡撫孫傳庭埋伏，在盩厔（今陝西周至）被洪承疇俘虜，並將其解京磔死。高迎祥餘部走歸“闖將”李自成，起義軍推戴李自成為“闖王”。1639年農曆十月，洪承疇又在潼關等處設伏，大敗李自成主力，使其僅餘十八騎逃入陝南商洛山中，山窮水盡的李自成麵對嚴峻的形勢，幾次試圖自盡。而在此之前，張獻忠也被迫在穀城接收明廷招撫，自此，農民起義暫入低潮。洪承疇治軍有方，鎮壓農民起義連連勝利，俘殺高迎祥，又多次打敗李自成，統治階級內部頌聲大起，稱洪承疇的軍隊為“洪軍”，成為明朝末年最具戰鬥力的部隊之一。
當西北來自農民軍的壓力漸輕，而東北錦州告急之時，崇禎帝被迫抽調洪承疇前來救急。崇禎十三年五月上旬，洪承疇奉命接任遼東經略，隨即統兵出山海關，指揮各路兵馬馳援錦州。
經過一番部署，洪承疇先後召集寧遠總兵吳三桂、前屯衛總兵王廷臣、玉田總兵曹變蛟、薊鎮總兵白廣恩，以及從關內增調的宣府總兵楊國柱、大同總兵王樸、密雲總兵唐通、山海關總兵馬科，八路人馬合兵十三萬、馬騾五萬匹，會師寧遠。
作為八鎮總兵之一，年僅29歲的吳三桂本是資曆最淺的一個，但論戰鬥力，其麾下的兩萬寧遠遼兵則堪稱明軍中的精銳。連統帥洪承疇都認定隻有吳三桂與白廣恩、馬科三員勇將可獨當一麵，其餘五將隻有合力，不宜單獨采取軍事行動。次年（1641年）四月下旬，洪承疇揮師進至鬆山與杏山之間屯駐，擺開陣勢準備決戰。其中吳三桂所部被部署於左翼之首，充分看出洪大帥對得意門生的信任。而心高氣傲的吳三桂也正想借此一戰揚名，摩拳擦掌地等待著進攻的命令。
洪承疇看出皇太極“圍城打援”的伎倆，吸取以往明軍失敗的教訓，決定集中兵力，以守為攻，步步為營。但是洪承疇這種持久戰略與明廷的速勝主義格格不入，兵部尚書陳新甲指責他借故拖延，徒費糧餉，並搬出崇禎皇帝來催促洪承疇“刻期進兵”。前方監軍太監和兵部參謀人員也與主帥矛盾連連，不斷告打“小報告”中傷洪承疇。無奈之下，洪承疇被迫放棄穩紮穩打的方略，於崇禎十四年七月二十九日，進駐鬆山，向清軍發動進攻。幾番交戰，明軍略占上風。
此時的清大宗皇太極正在沈陽養病，接到前方軍報後，他意識到問題嚴重，不顧鼻血不止的症狀，在馬上以碗接鼻血，星夜奔赴前線，傾舉國之力湊齊十三萬步騎準備於明軍決戰。到達鬆山附近後，皇太極馬不停蹄地登山視察地形，很快發現了明軍主力聚於孤城，後翼薄弱，糧道保護不利的弱點。隨即派阿濟格率軍進攻塔山，奪取了明軍在筆架山的大批儲糧，並在鬆山和杏山之間挖掘三重壕溝，切斷了明軍歸路。
洪承疇發現糧道被截斷的消息後大驚失色，因為此時駐紮在鬆山的明軍主力隻帶有三日行糧，失去補給後，明軍將陷入絕境。於是洪承疇率領明軍各鎮主力於八月二十日、二十一日連續突圍，但都被壕溝阻隔，無法得手。眼看糧草吃盡，洪承疇被迫於二十一日晚召集八鎮總兵商議對策，最終決定由洪承疇留守鬆山，其餘各鎮明日分路突圍到寧遠就餐，然後再運餉回救鬆山。
可就在當夜，大同總兵王樸為保全性命，不顧軍令，提前率所部人馬連夜突圍逃跑。其他各鎮總兵官一看形勢不好，也都爭先恐後，相繼率隊倉皇出逃，自相踐踏，頓時陷入一片混亂。先逃的王樸和吳三桂先後抵達杏山，再次遭遇清軍堵截，他們且戰且退，逃回寧遠，但所部損失大半。其他將領如唐通、馬科、白廣恩、李輔明、張若麒等也相繼逃出重圍。而曹變蛟、王廷臣突圍不成，退回鬆山城，與洪承疇固守。五個月後 （崇禎十五年二月二十八日），鬆山城破，曹、王二將不屈就義，總督洪承疇被俘。而堅守錦州孤立無援的祖大壽也終於在三月八日被迫開城投降，不過這一次他沒有再反複，而是真的剃發歸降了。