在科西嘉島，保利宣布與波拿巴家族勢不兩立。這位對法國的仇恨與日俱增的科西嘉的老首領不再信任這個背叛的家族。他的做法也並不是完全不對，十八歲的呂西安在土侖雅各賓俱樂部指控保利是英國間諜特務。巴黎為此十分憤怒，下令逮捕保利，從而保利黨發動了一場反對波拿巴的憤怒的政治運動。他們譴責波拿巴家族拿國王的獎學金，和法國將軍做朋友，他們詛咒呂西安對他們的起訴。拿破侖捎信給他的母親說：“時刻準備離開家鄉，這塊土地已經不再是我們的土地。列蒂契婭在阿亞斯修的房子還沒被焚毀之前及時地離開了那裏，她帶著她的幾個小一點的孩子慌亂地逃到岸邊。約瑟夫和拿破侖冒著生命危險避開擁護保利的農民的監視來接應她，把她帶上了一艘法國船。全家先逃往卡爾維，1793年轉到土侖，然後又遷往馬賽。
這一時期，波拿巴家的生活十分貧困。這個大家庭生活不是一個上尉的軍餉和法國給科西嘉難民的微薄的補助金所能保障的。但是，列蒂契婭並沒有失去她的勇氣，她有金子般的兒子，她和馬賽的桌布商克拉裏交上了朋友。約瑟夫和桌布商的女兒馬麗·尤麗結了婚，她有一天將成為西班牙的王後。當時拿破侖很想和桌布商的第二個女兒德西雷結婚，但是克拉裏認為，家裏有一個波拿巴就足夠了，德西雷後來成為瑞典王後。共實克拉裏當時拒絕波拿巴的第二個兒子是一個錯誤，但有誰能準確地預測到不尋常的曆史命運呢？一般來說，一個24歲的年輕人應該已經初露飛黃騰達的前兆，但拿破侖當時還是一個沒有穩定位置的上尉，並且看起來前途黯然。
他把他最好的年華徒勞地為科西嘉的夢想消耗了，但他的阿雅斯修和撒丁島的曆險將他從對科西嘉的希望和革命的夢想中拯救了出來。他將所有的理想，所有的形而上學和鄉土觀念都拋棄了。他不再相信人類的良知。他認為，驅動人類的力量隻有恐懼、利己主義和虛榮心。在此時，他隻有為革命服務，因為他找不到其他想做的事情。開始時他做過許多低等工作：在尼斯他給大炮燒爐子，為了讓通紅的炮彈射向英國的船隊。在阿維尼翁（位於法國）他為駐意大利的軍隊非常幹練地組織輜重隊，他在軍隊中的前景仍不景氣。
當時法國南部掀起了一場反對國民會議的鬥爭，馬賽城站在吉侖特派一邊。波拿巴上尉根據這一形勢寫了一篇思想深刻又十分風趣的談話錄。在這個談話中，他向馬賽人的聯邦主義者指出，國民會議必將勝利，因為他們擁有最好的和唯一的軍隊。如果馬賽的居民發動起義，馬賽城將會毀於一旦。談話論述得非常精辟透徹，對於國民會議的成員是一個出色的宣傳，人們把它當成教材去閱讀。國民會議的一位成員是科西嘉人，波拿巴的朋友，並和波拿巴並肩與保利鬥爭過。他建議任命他的同鄉為營指揮官，“一個精明能幹的、炮兵連的唯一的上尉應該學會有策略地思考”，並派遣他參加圍攻土侖的戰鬥。
這個城市終於發生了暴亂，並呼籲英國的幫助。當時的形勢對革命黨人是十分危險的，因為在裏昂升起了保皇黨人的白色的旗子，同時在外省也孕育著一場大規模的內戰。英國人、西班牙人和撒丁島人在土侖組織起一支軍隊，進軍羅訥它爾和皮蒙特的部隊及裏昂的反叛者彙合。在這種情況下，國民會議派遣卡爾托將軍包圍並要奪回土侖。這位將軍有勇無謀，因此他要想弄明白年輕炮手的戰略戰術是徒勞的。他們的方案是：將軍火集中的厄吉利特海灣而不是市區。
年輕上尉用他的足智多謀戰勝了將軍。這場戰鬥非常明確地證實了波拿巴的軍事天才：對所有的事深思熟慮、有備無患。他像一個普通的遊客一樣到了土侖，卻馬上考察了碼頭，尋找合適的布置炮兵連的地點。他認為，從厄吉利特海灣海岸的山上向停泊在海灣的戰艦射出發紅的炮彈，從而可以強迫他們退守在碼頭上。如果卡爾托還是不理解，就隻好讓他的繼任體會波拿巴這一果斷和強硬有力的戰略思想了。所有發生的一切，都和波拿巴事先預見的一樣，炮兵出身的波拿巴令世人為之震驚。他被提拔為旅級的將軍，同時還提升了支持這一決定的還有另外兩位委員會的委員，他們是年輕的羅伯斯庇爾和巴拉斯。