誰也不會相信，這第一次成功是一個偉大軍事家光輝生涯的前奏曲。在恐怖統治期間，許多人命運多舛，很快被提拔為將軍，又會很快被降職。波拿巴得到了羅伯斯庇爾的重視，但羅伯斯庇爾和他的追隨者的這種重視又能維持多久呢？1794年3月，他被任命為駐紮在意大利的炮兵部隊的指揮官。作為一支龐大部隊的領導人，一個重要的任務是弄清這個國家的地理特征。後來，波拿巴在這裏訓練出一支最出色的軍隊，無論是負責總指揮的司令官們還是國民會議的代表們，都十分信服這個小個子將軍。盡管他看起來是這樣的年輕和消瘦，但他身上的那種嚴厲和冷峻的氣質卻不得不讓人肅然起敬。不久的一次軍事行動又為他提供了一個巨大的機會。三年來，巴黎在盲目地碰著運氣，沒想到，僅幾個月之後，一切突然又都有條不紊地重新建立起來了。當後來熱月九日巴黎的恐怖統治宣布結束時，波拿巴籌備的這次軍事行動為他打開了通往皮蒙特的大道。當時，羅伯斯庇爾和他的追隨者們被趕下了台，年輕的將軍在他的朋友的命令下被抓了起來。在革命時期，友誼已不再是牢不可破的，波拿巴後來被釋放，但仍然處於可疑分子之列。1795年，巴黎命令他從意大利前沿回來，將他安置到旺代省的軍隊裏，他拒絕了。對於這個當時並沒有其他晉升機會的男人來說，這是需要很大的勇氣的。他為什麼拒絕呢？一方麵是他不想當步兵，他說，這不是我的武器；另一方麵他為用一場大規模的戰爭（在意大利）去換一場小的戰鬥而感到憤怒，還有一個重要原因是，他不想和法國人作戰。其他的將軍如克裏伯或者奧什雖然這樣做了，但是他們是法國人而不是科西嘉人。但是最根本的原因是，波拿巴要保持他的獨立性。他認為自己已經有足夠強大的力量去征服一切，但是同時他必須依靠什麼來生存。他的哥哥約瑟夫送給他一些錢，他的中士朱諾和他一起分享這點微薄的收入。朱諾夢想和美麗的波利娜·波拿巴結婚，但是波拿巴卻給他泄氣：你什麼都沒有，她也一窮二白，加在一起呢？零！
1795年的9月對於波拿巴來說是非常黑暗的，大臣們對他的拒絕非常惱火。他穿著破舊的製服在等候室裏等待，隻是偶爾有人請他為意大利前沿的戰鬥出謀劃策。他奔波於那些隻知道圍著軍餉打轉轉的腐化墮落的軍隊中，必須再經受一次苦澀的失望。為了高升，他雖然曾經在土侖和尼斯拍打了幾下翅膀，但現在又重新落到土地上。他聽說土耳其的蘇丹向法國請求炮兵軍官，便急忙去報名。偉大的土耳其人付的軍餉很高，同時這個東方國家又是一千零一夜的故鄉。但一個偶然的因素留下了他，軍隊的地形測量部門需要他，這樣他錯過了去東方的機會。與此同時一個陰險的福利委員會代表又公開了羅伯斯庇爾將軍的檔案，並把他的名字從軍隊的名單上劃掉了。這一切都顯示波拿巴的窮途末路，但在實際上，一個從未有過的幸運卻正在等待著他。假如他當年去為蘇丹服務，他的一生將在那裏度過，他將是一個帕夏，而永遠不可能成為一個皇帝。
二十一天之後國民會議需要一位能幹的將軍：熱月黨人清除了恐怖分子，並協助巴拉斯、泰林和他們的朋友們掌握了政權。為了維護政權，他們必須改革政體，建立新的憲法，建立了一個五人執政內閣和兩個國民會議（五百人院和元老院——譯者注）。但是他們想不惜一切代價避免讓在巴黎很有影響的保皇等右派再次當權。新的執政者是國王的謀殺者。他們結束了紅色的恐怖統治，但是他們並不打算建立一個需要闡明理由的白色恐怖統治。由於並沒有跡象表明，即將舉行的大選對保皇黨不利，因此他們建立了一個安全附加條款，新會議的三分之二必須從舊的國民會議中選出，但這個輕率的措施卻引起了強烈的抗議。如果對熱月黨負責的右派勢力攻擊國民會議，那麼誰會保衛它呢？它已經因為羅伯斯庇爾而臭名遠揚，從而失去了“紅蓓蕾帽”的支持。它隻有一個避難處——軍隊。皮西格魯和梅努將軍授命交替保護國民會議，巴黎把三分之二的附加條款作為民族的恥辱加以反對。葡月12日的晚上（1795年10月4日），梅努和暴亂者進行了談判，他們贏了嗎？
如果暴亂者獲勝，就意味著國民會議的失敗。新的執政者明白這個道理，並且決定奮起捍衛新生政權。他們撤掉了梅努，重新任命了自熱月黨以來被譽為卓越的戰士、身佩長劍的巴拉斯為巴黎部隊的總司令，但是他是一位有勇少謀的軍人。為了做好工作，他的戰場上還需要一位專家輔佐自己。巴拉斯偶然想到了一個小個子將軍，他的勇氣曾在土侖圍剿戰中令人吃驚，但現在卻身處逆境。巴拉斯向國民會議請求任命波拿巴作副手，國民會議為此很害怕，甚至反複詢問波拿巴的身世。“波拿巴是誰？”士兵們問，“他是誰？”人們談論著他那衣著不整的穿著；談論著他那長時間不理的、打綹的頭發，特別是他那無窮的能量。“到處都在談論他”蒂博在他的回憶錄中說，“他的威嚴征服了所有的人，他用他的威嚴來頒布命令，人們出於對他的驚歎和崇拜而信賴他。”