法國軍隊的登陸十分順利，統治埃及的馬木留克人被征服了。波拿巴像他當年在意大利一樣又開始了創業。他為了在這片土地上創造一個新的文明，帶來了律師、政府官員、自然科學家、藝術家，總之，所有有用的專業人員。他真的將他的願望變成了現實，他建造了一個現代埃及，他為此而驕傲，這裏給了他作為一個法國人的特殊榮耀。但同時他也並沒有忽視尊重伊斯蘭的信仰，在必要時，他甚至做出一副自己就是一個穆斯林教徒的樣子。盡管他在心底還為天主教保留著位置，但他對宗教信仰的熱情並不比他的政治野心更狂熱。他命令保留穆斯林教的傳統節日，並用東方的習俗給帕夏寫信，馬木留克人稱他為大人。這一切本來不過是一個笑料而已，但對波拿巴來說則非同尋常，它表達了波拿巴的尊嚴和非凡的天才。他借此達到了他希望的效應：波拿巴將軍控製住了局麵。
8月1日，當納爾遜最終在阿布克爾海灣找到了布魯耶斯的艦隊後，一舉摧毀了它。而布魯耶斯自己也隨著曾把波拿巴運往埃及的“東方號”而沉入海底。一場無法挽回的失敗！英國成了海上暢通無阻的霸主，法國軍隊被分割開來。令人驚訝的是，拿破侖則表現的鎮定自若。如果他必須在埃及留下，那麼他將在埃及待下去，並且像在意大利一樣統治這裏，他的軍隊在這個國家裏找到了他們需要的一切。可是他還沒有自己的專家呢？當他到達阿布克爾的那天，他就成立一個埃及研究所。他曾對部下說，我們將要在埃及待多久？幾個月或是六年……我們剛剛二十九歲，但是我們有一天將會變成三十五歲。這幾年對我來說，如果一切順利的話，足足能夠走到印度去。
他製定了一個又一個新的行動計劃。為了把波拿巴趕出埃及，土耳其開始向敘利亞進軍。這太好了！波拿巴迎麵出擊。為了向歐洲的兩翼和背後進攻，他將首先煽動起黎巴嫩的基督教徒們，他還準備把軍隊向康斯坦堤諾貝爾推進，然後再進攻維也納，有可能的話實現他征服印度的夢想。這一切在他的心中蘊藏已經由來已久了，他深信不疑，有朝一日將會變成現實。當波拿巴向土耳其迎擊時，卻在阿克爾遭到了頑強的阻擊。當年他在布裏坎那軍官學校的同學，法國保皇黨軍官菲利波和英國人西德尼·史密斯聯合起來帶領土耳其人作戰。堡壘城牆幾乎堅不可摧，而波拿巴又沒有重型大炮，在這次戰役中，他暴露出了極其瘋狂殘暴的一麵。在意大利的時候他還表現出他人道主義精神。（盡管當時他出於安全的考慮，毫不遲疑地按軍法懲罰了違反軍紀的士兵。）但是當他離開阿克爾的時候，他下令燒毀了所有的莊稼，殺死了所有他不能帶走的俘虜。當他把一座行宮付之一炬時，他曾對路易這樣說：“一個政治家沒有權利多愁善感”。