與此同時，嫉妒比以前更為瘋狂地折磨著他。對他來說，一切都昭然若揭了：約瑟芬欺騙了他，全世界都知道他受到了侮辱。英國人截獲了幾封他寫的愚蠢的信，並且將它公之於眾。其中一封是寫給他的弟弟約瑟夫的：“我有許多家庭的痛苦，因為我突然恍然大悟了。現在我在這個地球上隻還有你的友情對我來說十分寶貴。如果有一天你也背叛了我，那我就一無所有了，我將成為人類的敵人。”他甚至請求他的弟弟為他購買一片土地，當他有一天返回故鄉時，可以在那裏葬身在，他已經成為一個厭世者。他說：“我需要孤獨和遁世，偉大使我感到無聊，我感覺已經死掉了。榮譽是沒有意義的，二十九歲的我已經失去了生活的興趣。”在他的內心中，奧西安和維特、愷撒和馬基亞弗利進行著激烈的鬥爭。
1799年7月，他終於實現了他的東方之夢，這裏寄托著他的偉大希望。他的一些行動為他贏得的榮譽（如對瘟疫病患者的拜訪），為他的傳奇又增添了新的光彩。他統治那裏，並且創造了許多新的業績，但是，這一切並不能滿足他偉大的精神和雄心抱負。他需要法國，可他卻很少得到那裏的信息。英國人封鎖了海上，截獲了所有的信件。而英國報紙上的內容都是千篇一律，經過審查的。因此，他所收到的都是壞消息，意大利失守，敵人推進到萊茵河畔，一切都危在旦夕。法國目前肯定需要他，督政府早就招他回去，但他卻對此全然不知。他回國的決定完全是出於他自己的一種直覺，當然這也存在著許多的風險，必須把軍隊留下，但這樣士兵們將會不理解，克萊貝爾被任命為總司令。他留下來，但他能否保住埃及？難道波拿巴要單槍匹馬在地中海迎戰英國艦隊嗎？有誰會來幫助他？他顧慮重重，將所有的都壓在一張賭牌上。他的三桅快速戰艦再一次闖過了難關，安全地抵達了阿雅克修港口。這是他最後一次看到它（1799年10月），在那裏他得到了馬塞納和布律納戰勝了俄國、英國和荷蘭，並從而使整個局麵化險為夷的消息，因此，在法國對一個拯救者的渴望已不再是那麼強烈。
當他在弗雷居斯登陸之時，受到了當地居民熱烈的歡迎。前來迎接他的弟弟約瑟夫，向他講述了國內所發生的一切，大多數的人民仍然反對督政府，人們不再相信它和支持它。塔訥說：“年輕的共和國患了“老年衰弱症”，沒有人企圖推翻它，它自己看起來已沒有力量來支撐自己了。”巴拉斯失去信任之後，支撐共和國大廈支柱是西埃耶斯。前不久他從柏林回來後被選為督政府的成員，他被做為一位偉大的憲法專家，在這場國家悲劇的最後一幕中充當了一個拯救天使的角色。西埃耶斯看得很清楚，隻有依靠軍隊的支持才行。“我需要一把劍。”他嘟囔著說：“誰能佩帶它呢？合適的人都不在了，剩下的就隻有波拿巴了。他雖然不是那麼光明正大，不是那麼讓人信任，但他是非凡的。”
波拿巴將軍在前往巴黎途中所聽到和看到的一切，都向他證實：法國需要一個強大的男人。但是他對這個人應該承擔什麼任務並不太清楚。大多數人民既不想重新回到恐怖統治時期，也不歡迎波龐王朝的複辟。西埃耶斯認為，目前共和國處於戰爭期間，因此人們需要一個強硬的機構，它的領袖應該是一個軍人。他不信任波拿巴，但是他沒有別的選擇，沒有一個將軍像他這樣聰明、這樣精通業務、這樣受人愛戴。當然，政府不能輕易地寬容一個沒有上級的命令就將它的部隊棄置不管的將軍。但是督政府並不想公開地冒風險對波拿巴將軍進行公開的譴責，約瑟芬和巴拉斯及所有的有影響的人物的關係仍然十分密切。波拿巴起初拒絕和他不忠的妻子見麵，但不久就原諒了她。或許是他經受不起她那媚力的誘惑，或許是他出於功利的考慮，不能輕易地放棄這位交際廣泛，信息靈通的夫人。拿破侖回到巴黎之後，他處理的一切都恰到好處，他既沒有使自己當眾出醜，也沒有過分表現，他避免了任何一個錯誤。西埃耶斯、富歇和塔萊朗正找機會準備一次政變。為了獲得成功，他們需要波拿巴，盡管他們作為法律的守衛者，應該處罰這位從戰場上跑回來的逃兵，但是，法律向政治低下了頭。