1800年春天，奧地利又一次挑起了戰爭。馬塞納率兵包圍了熱那亞。波拿巴認為對手的策略非常的愚蠢，奧地利如果奪取了熱那亞，那麼他們會向何方進軍呢？向法國南部嗎？但這並不是法國的心髒。他召集起軍隊，但是，按照憲法，他沒有權力擅自下令。為了繞開這個難題，他任命貝爾蒂埃為總指揮官，這是一個有名無實的頭銜，他委托康巴塞斯領導，然後他帶領部隊橫穿聖貝爾納大山穀。這是一個非常好的宣傳主題：我們和冰雪、風暴、雪崩作戰……。我們就像閃電一樣出現在這裏。他沒有去熱那亞，而是向米蘭進軍。他在那裏犯了一個錯誤，把他的軍隊分成了三個軍團。他的路線被奧地利的老梅拉斯切斷了，梅拉斯準備在馬倫哥附近幹掉波拿巴。中午時分，初戰失利，情況十分危急，這時，德賽的到達改變了戰場上的局勢，德賽用他生命的代價把勝利的榮譽留給了第一執政官。波拿巴真是在福星高照下出生的，梅拉斯撤軍了，倫巴第順利地落到了他的手中。為了體現他的寬容政策，他在米蘭的大教堂聆聽了感恩讚美詩。
拿破侖不在期間，在巴黎醞釀著一個新的陰謀。霧月黨內部分裂分子挑唆和煽動西耶埃斯，而巴拉斯則與保皇黨勾結在一起。有些人認為，如果波拿巴在意大利陣亡，就任命卡爾諾。但馬倫哥的消息趕走了那些不吉利的烏鴉，他們小心翼翼逃到被稱之為自由女神的約瑟芬那裏。
返回巴黎成為唯一的凱旋捷報，巴黎郊區的女人們呼喊著：“親愛的上帝把他給我們留下了。”雖然莫羅在這場戰役中也起到了決定性的作用，但並沒有引起人們的多大重視。幸運永遠有他的寵兒，馬倫哥是“對波拿巴個人權利的一次洗禮”（HydedeNeuville）。但是，一種惶恐的感覺正躡手躡腳地向勝利者走來，幾周的缺席給他帶來了很大的失利，使他對一切顧慮重重，在此期間，他被他的部長們、執政官，甚至他的兄弟們出賣了。深深銘刻在他心中的，對人類的蔑視更加強烈了，在我的心靈深處，我已經是一個老人了，但當時他隻有三十一歲。
盡管如此，第一執政官的前幾年是法國曆史上的黃金時代之一，整個國家正在經曆著一個統一與和平的新生。波拿巴在所有人的眼中，是上帝送來的天使。他當然明白，要維持這一現狀，必須要使民族間達成和解，而他要充分利用這一民族和解。誰能像他那樣對殺害國王的人們說出這樣的話呢：“你們將保住你們的生命和職位，但你們將忘掉你們的仇恨。你們將被容許在和平中信奉你們的宗教。對於當時的流亡者，我們將既往不咎，你們應該回到故鄉，流亡者的名單將被銷毀，你們應該擁有你們自己的傳教士，但是，你們應該埋掉你們的複仇意識。”一方麵堅持革命的基本原則，同時還不能割斷過去，這是一個了不起的超人所要完成的一件非同尋常的任務。波拿巴是一個超人，一個獨特的、充滿激情的超人。
在米蘭聽感恩讚美詩是波拿巴的一個深思熟慮的政治行為，為了贏得支持波旁天主教的好感。除此之外，他還十分喜歡天主教的禮拜儀式，他還記得他兒時教堂的鍾聲。他真的是一個天主教徒嗎？不，他是一個自然論者。我們應該怎樣創造一個良好的社會道德？隻有一條路：重新鞏固宗教的地位。我們怎樣才能在一個沒有宗教的國家中建立秩序呢？沒有一個社會在沒有不平等的財產分配情況下而存在，而沒有宗教，不平等的財產分配也就不能存在……。在這個世界上，貧窮和富有必須並存，但是將來，將會出現一個永恒的，不同於現在的劃分，這是一種政治宗教。他的遠期目標則是和教皇簽定合約，重新加強法國的教會。但為了實現這個目標，他必須要等一段時間才行。因為這個計劃引起了他身邊的過去的革命分子，特別是軍隊的反感，“隻是為了今天活著”這句話同樣適合這裏。