1801年3月23日，意想不到的不幸發生了：保羅一世被謀殺，波拿巴認為這是英國人幹的。他自己在1800年12月24日在巴黎的生尼凱斯街也遇到了一起企圖謀殺他的爆炸事件。英國人在雪月三號和我失之交臂，但在聖彼德堡卻沒有。英國人在埃及也沒有放過他，在埃及法國軍隊被迫投降，現在這兩個國家終於有意進行談判。最為焦慮的是英國商人，一是戰爭賠款問題，其次則是關於前往聖多明哥的法國商船。波拿巴並不是沒有注意到尼爾遜會有一天在哥本哈根把中立國聯盟打碎，這個海上霸主還一直能所向無敵，雙方達成妥協。1802年，簽署亞眠條約，埃及應歸土耳其所有，而馬爾他則應還給騎兵團騎士，法國征服歐洲的土地則繼續保留。但是，兩國政府的談判各有自己的打算。英國許諾歸還馬爾他，但絕不準備真得這麼去做。在倫敦議會上通過了亞眠條約，同時希望寄托於國王身上，他要保持警覺，一旦時機成熟，就采取必要的行動。波拿巴也十分清楚，英國從不會輕易妥協，他必須誓死保衛比利時和萊茵河。
但此時，他享受著長長的凱旋隊伍帶來的勝利喜悅。在法國曆史上，無論是黎塞留還是路易十四都沒有將法國的疆土擴展的如此巨大，並且使它安然無恙。法國人民相信，戰爭時代已經過去了，永恒的和平和自由貿易時代開始了，波拿巴是半個神。現在，第一執政官感覺到自己足以有力量為法國實現區域和平。1802年4月8日，於1801年1月和教皇簽定的重建法國天主教的和約被批準了。1802年4月18日，——複活節時——在巴黎聖母院舉行了一個充滿節日氣氛的感恩讚美詩儀式，慶祝和平的恢複和吉祥的永存。在鍾聲長鳴的大教堂，第一執政官受到大主教和三個主教的隆重接待。他身著紅色披風，乘著豪華馬車，帶著身著製服的男仆，許多軍官對這一儀式持反對意見。當天晚上，當他問起迪馬拉斯將軍的感受時，將軍回答說：“隻是還缺少已經死去的那十萬名士兵把這一切都消滅掉！”但是老百姓們卻在大街上歡呼慶祝。馬侖哥戰役後，議院將第一執政官的任期又延長了十年，但是，令他朝思暮想的則是他一直想說的那頂皇冠，他最不愛聽的則是人們把他比喻成愷撒。拉法特暗示波拿巴，或許有一天會看到教皇將聖油瓶裏的聖油擦在波拿巴的頭上，這使波拿巴十分惱火。“難道您不同意嗎？”拉法葉特在舉行完感恩讚美儀式後說：“將軍，老實說吧，您想得到的就是那個小聖油瓶。您剛好和我一樣，沒有看到小瓶子的聖光所在。波拿巴說：“但請您相信，當教皇和其他人表示他們反對波龐王族時，小瓶子的外部和內部的東西一樣對我們十分重要。因此，小聖油瓶對他充滿了誘惑。”但是共和國軍隊中的抱怨聲令他猶豫不決，他決定，不要繼承權，而是實現終身執政官。最終在全民投票中，三百五十萬人讚成，八千人反對，以絕對多數通過。