1689年，牛頓被劍橋大學選為國會議員。以後，他改變了自己的生活和工作，開始了從政生涯，在財政部造幣局擔任領導職務28年。同時，他作為科學界的泰鬥，連年擔任皇家學會的會長，直至逝世，並且陸續出版了過去的科學研究成果和再版已經發表的著作。
（一）劍橋大學選出的國會議員
《自然哲學的數學原理》出版以後，牛頓非常疲憊。哈雷認為牛頓應該暫時停止其科學活動，休息一段時間，最後牛頓接受了他的忠告。
恰好於1689年，牛頓被劍橋大學選為代表劍橋的國會議員。於是牛頓決定離開劍橋，到倫敦去開始新的生活。
在眾多的教職員中，為什麼唯獨牛頓得到了校方如此的厚愛和信賴？一貫沉默寡言、酷愛科學研究工作的牛頓，為什麼會舍得離開學術中心劍橋大學呢？
這是由多種因素決定的。
牛頓從22歲起為躲避鼠疫休學返鄉開始科學研究工作，已經二十多年過去了。這期間，牛頓在劍橋從1670年開始擔任盧卡斯講座的教授，過著一種似隱居的學者的生活，他對學院的管理和權力之爭極少過問，而把主要精力都放在科學工作上。除了平靜的書齋，他在住房旁邊建了一個實驗室，直通一個小花園。牛頓常在小花園裏邊散步邊思索。他還在小花園裏安了一座用於化學和冶金試驗的熔化爐。1685年，牛頓在寫《原理》時，為了減輕一些負擔，要求一名助手，也得到了滿足，年收入也不錯，估計有200英鎊。總的來說，牛頓過的是愉快的學者生活，雖然創造性的科學工作要付出巨大的艱苦勞動，但科學上碩果累累也帶給牛頓極大的喜悅。他出版了《原理》，整理了光學講義，完成了萬有引力定律的發現。牛頓對自己的發現和發明，是本想自得其樂的。但是他很難如願。爭取優先權的爭論實在使他煩惱，這類無聊的爭吵，使牛頓對發現和發明的興趣越來越淡漠。
但是，更為主要的直接原因，是與牛頓在奧爾本事件中的表現有關。
牛頓在編寫《原理》一書時，英國社會十分動亂。1660年，逃亡國外的查理二世返英即位，斯圖亞特王朝遂在英國複辟。查理二世死於1685年。查理二世的兄弟詹姆士二世繼承了王位，他是一個虔誠的天主教徒，極力把英國納入羅馬天主教會的勢力範圍，因而使政局動蕩。查理二世在亡命法國時所生的兒子蒙馬斯登陸英國，向詹姆士二世挑戰。國王打敗了叛軍，蒙馬斯等150人被處死刑，800人被流放到西印度群島。大多數英國人在詹姆士二世的殘酷統治下，冒著殺身之禍反對國王重新恢複天主教特權的各種措施，這些令人生厭的事情也使牛頓的情緒變壞。他回到家鄉想冷靜一下腦筋，但樹欲靜而風不止。詹姆士二世的暴政使牛頓這位沉默寡言的教授也不能不挺身而出參加鬥爭了。
當時的大學中，改革後的英國國教占優勢，大學有高度的自主權，這些大學當然成了反對詹姆士二世的堡壘。國王便推行使大學天主教化的政策，試圖把天主教徒派進去，加強控製。1687年2月，牛頓正忙於編寫《原理》時，國王命令劍橋大學把文學碩士學位贈予天主教士奧爾本·弗朗西斯並請他作為該校理事會的一員，以取得管理大學的權力。奧爾本·弗朗西斯與劍橋大學毫無淵源，自然遭到校方的反對。盡管國王一再施加壓力，劍橋大學副校長皮切爾還是對此婉言謝絕。國王被激怒，立刻命令皮切爾和理事會的八名代表到倫敦最高法院受審。牛頓便是這八位代表之一。
這個代表委員會的本意是在倫敦向宮廷提交呈文和請願書，以製止正在開始的大學天主教化。但在粗暴的最高裁判官傑弗裏斯的高壓之下，皮切爾受到免職處分，嚇得不敢對答。多數代表因為過去在接受神職時宣過誓，表示過要絕對服從國王，因此亦不敢再申辯。這樣一來，劍橋的委員會就準備破格接受國王的命令，把學位贈予弗朗西斯。然而向來一言不發的牛頓，這時卻表現出異乎尋常的勇敢和堅定，他憤然起來反對妥協和屈服。他不是神職人員，並未宣過誓絕對服從國王，便受代表團推選，與對方展開了針鋒相對的鬥爭。他詰難國王並大膽提出自己的看法。按照皇室批準的大學憲章，劍橋隻能送給弗朗西斯以榮譽頭銜，而一個榮譽頭銜卻無權在大學理事會裏任職。在後來人們發現的一封信裏，知道牛頓是這樣談到奧爾本事件的：
根據上帝和人類的戒律，所有高貴的人都有責任聽從國王的符合法律的命令；但如果國王陛下執意提出一項不合法的要求，那就沒有一個人會因拒不執行而感到苦惱。