牛頓在奧爾本事件中所表現的大無畏的精神，不僅僅是由於他信奉國教反對天主教的傾向，也表明他具有民主進步的傾向。由於他的勇氣和堅定，使國王的這次計謀遭到失敗，使劍橋大學的尊嚴得到維護，牛頓也因此受到校方的感謝和更深一層的尊敬，被校方選為代表劍橋大學的國會議員，牛頓也就從劍橋搬到倫敦去了。
天主教徒詹姆士二世的作為，常使國教徒們怨恨不滿，再加上他政治上無能，也使一些天主教徒深為遺憾。原先，新教徒們希望天主教國王的統治隻是短暫的，烏雲不久即會過去，但是在1986年6月，國王的繼承人降生了，新教徒的希望化為泡影。於是，英國上層的貴族他就要求請荷蘭親王威廉·馮·奧拉寧來接管政權，因為威廉親王娶了詹姆士二世的女兒瑪麗為妻。瑪麗是王室親宗。威廉接受這一請求用武力把詹姆士二世趕出了英國。威廉和夫人於1689年被加冕為國王威廉三世和王後瑪麗二世，從而王權又落到斯圖亞特王室的英國國教派手中。從絕對君主製過渡到立憲君主製，為英國資產階級的發展提供了更多的可能。國會的權力擴大，舉行改選，牛頓因在奧爾本事件中表現得剛直不阿，不畏強權，便被選為劍橋大學的兩名代表之一，進入議會，從1689年1月至1690年2月議會解散時為止，為時一年多的時間。牛頓是威廉國王的忠實支持者，是下議院裏最有名望的議員之一。他政治傾向屬輝格黨（自由黨的前身），主張宗教自由，堅決反對一切形式的壓迫。但是，這位學者議員作為議員卻是很拘謹的，他仍然是經常沉默寡言，既不是出色的演說家，也對公開講演根本不感興趣。據說他在議院裏隻開過一次口，說是對侍者說：“能不能把窗子關起來？”
牛頓在倫敦的生活不同於劍橋。他交往的人多了，經常被邀請出席皇家學會的例會，並和以前結識的朋友和學者們聚會。他多次和化學家羅伯特·波義耳會麵，討論氣體定律的內容和種種化學問題。還經常與哲學家洛克會麵，討論有關神學的問題，並且把自己思考的神學問題加以整理，著手編寫有關基督教《聖經》和自己的宗教信仰的著作。
從1689年移居倫敦之後開始的另一種生活，使牛頓的思想在慢慢地起變化。他已經接近五十歲了。過去的時光幾乎全部用在緊張的科學探索之中。他雖然已是社會公認的大科學家，但是，盡管名聲很大，卻沒有給他帶來什麼財富。與政界的官僚相比，他隻不過是個相當窮的大學教授。寺院似的大學終究是不能與自由、熱鬧、繁華、富裕的倫敦相比的。這時的牛頓，開始思考過去從未想過的事情。此外，家屬和親戚越來越多的需要牛頓接濟。隨著環境地位的改變，牛頓開始想到渴望改善自己的地位和生活，希望謀求到更高的與自己的身份相稱的公職，得到優厚的物質待遇。牛頓向自己的朋友洛克和皇家學會的會長佩皮斯表達了他的意願。有人推薦他去擔任倫敦的查特蒙斯公立學校的校長，這是一所英國貴族的上流學校。但他認為這個職位還不夠高，便謝絕了。他在信中這樣寫道：
“我感謝你們讓我去當查特蒙斯的校長，但我看不出那裏有什麼值得去爭取的，除了一輛我並不怎麼向往的馬車外（顯然這是應當給校長配備的），每年不過是200鎊，還得整天關在倫敦不出去，這種生活方式我並不喜歡；我也不認為參與這一競爭是適宜的，仿佛那是個什麼肥缺似的。”
牛頓的另一位朋友、下議院的蒙塔古是國會中的出色人物，後來成為極有權勢的哈裏法克斯勳爵。他也鼎力相助。但是，雖有眾多的人幫助周旋，政府出現的空缺卻總未能補上牛頓，他隻好又回到劍橋，重新恢複書齋生活，而心中難免鬱悶不樂。這期間，不幸的事卻接連發生。首先是牛頓的母親身患重病，不久與世長辭了。
另一件事也使牛頓深受刺激。那時候他連夜整理光學講義。有一天清晨，他吹熄了蠟燭休息片刻，便到教堂去參加禮拜。祈禱中忽然想到燭火可能沒有完全熄滅，急忙跑回家一看，果然，燭火的餘燼燃著了紙，把講義原稿燒成了灰燼。不幸中的萬幸是沒有釀成大的火災。但是牛頓苦心整理的光學講義就這樣付之一炬了。他的勞動，他的心血，就這樣白白地失去了。牛頓深受刺激，他的眼神漸漸地失去了光澤。