牛頓的健康狀況的損壞是由來已久的。在撰寫《原理》一書時，他日日夜夜、聚精會神的思索、研究和寫作，神經經常處於非常緊張的狀態。他睡眠不足，飲食不正常，很少體力活動，長年緊張的研究生活，使他積勞成疾，也越加重了他那因抑鬱苦悶而受傷害的性格。後來再加上謀求榮升的努力連連受挫，沉重的失望情緒籠罩心頭。還有和幾個同事的爭吵也使他大傷腦筋。有時候牛頓接連幾個小時鬱鬱沉思，恰好在這時，他又在癡心鑽研宗教和神秘的思想。總之，種種因素聚合於一身，終於導致了嚴重的後果。從1692年起，牛頓開始嚴重的神經衰弱，經常夜不成眠、食欲不振、越來越激動，即使很小的事情，他也會大發脾氣，慢慢地他開始精神紊亂，一時明白一時糊塗，一言一行顯得怪異，抑鬱和迫害妄想折磨著他。例如，牛頓相信有樁針對著他的陰謀，他指責洛克想用女人引誘他。他更加感到無比的孤獨和苦悶，懷疑一些好朋友已經拋棄了他。他給好朋友洛克、哈雷、佩皮斯寫了一封信，說了一些莫須有的事情，充滿憤怒的胡亂埋怨，指責他們沒有情誼。例如在給佩皮斯的信中說：“我現在為精神錯亂所惱。這一年飲食和睡眠都感不足，精神已大不如前。我從沒想到用你和國王的力量獲取利益。但是，今後我要與你斷絕往來。我不想增加大家的麻煩，我認為不該與你、與朋友們再見麵。”這位皇家學會的會長看了信大吃一驚，趕緊寫信到劍橋詢問，從側麵了解牛頓的情況。回信說：“9月28日我見了牛頓先生。他一見麵就先說，給了你一封信，不曉得怎麼辦。據說擔心之餘，午夜不能入睡。有機會的話，要我轉告請你原諒。”
牛頓在給洛克的信中說：“你為女性的事情，企圖使我困擾，一想起我就生氣。你說你的病不會好，我想回答，你去死好了。”三個星期之後，洛克又接到牛頓一封信，信中說：“這個冬天，也許是睡在爐旁的關係吧，一直想睡。也許是這個夏天生病的關係吧，我好像脫出了軌道。寫上一封信時，兩周才隻睡了一小時，五天前起就沒有睡過覺。記得好像亂罵過你，但不記得有沒有談到你的書。”
朋友們對牛頓的健康狀況深感不安，都想辦法幫助他，安慰他。經過幾個月的治療和調養，牛頓逐漸恢複了健康，他對於過去曾給朋友們寫過一些失禮的信，向朋友們表示歉意。病愈之後，再度投入研究工作，收集更多的資料，又著手研究月球運動的問題。月球除了受地球的引力外，也受太陽的引力而做複雜的運動。在研究的基礎下，牛頓為《原理》的再版做了補充和修改，並且再度忙碌於他所熱愛的化學實驗。但是，當時他萬萬沒有想到，他一生中對金屬和合金方麵的興趣和研究的收獲，不久將付之於實際的應用。其應用的方麵，也是他未曾想到過的。
牛頓繼續拜托洛克、蒙塔古等友人在倫敦為他謀求理想的職位。時間在一天天的期待中過去。
他終於盼來了那一天。1696年春天，牛頓收到了蒙塔古於3月18日寫給他的信。這封信給牛頓帶來了好消息，它使牛頓無比的喜悅。隨後，它急劇地改變了牛頓的生活方式和生活環境，使他從劍橋大學度過的隱居式的寧靜的學者生活，一躍而成為倫敦官場中頗有影響的要員，同英國皇室宮廷的關係越來越密切，直到被封為勳爵，還獲得了許多其他的榮譽。但是在他一生的最後二十五年，再沒有任何重要的科學發現。
（二）皇家造幣局局長和皇家學會會長
真可謂朝廷有人好做官。寫信來的是牛頓的老同學查爾斯·蒙塔古（1661年-1715年），即後來的哈利法克斯勳爵，他是曼徹斯特伯爵的第四個兒子，在劍橋大學三一學院學習時就崇拜牛頓的科學成就，盡管年齡相差很大，他們還是結下了友誼。蒙塔古的政治生涯順利，他平步青雲，很快就成了國王的親信，於1694年升任財政大臣。在蒙塔古1696年3月給牛頓的信中，告訴他英國皇家造幣局檢查官的職務空缺，國王已同意他任命牛頓擔任該職務。他在信中寫道：
先生：
我非常高興，因為我終於能向您證明我的友誼以及國王對您的功績的賞識。造幣廠督辦奧弗頓先生被任命為海關監督，國王已應允我任命牛頓先生為造幣廠督辦。這個職務對您最合適，年俸為五、六百英鎊，而事情不多，花銷不大……