牛頓年年連任皇家學會會長，不隻是由於他在科學上那些卓越的無與倫比的偉大貢獻，也由於他的出色的組織才能。他仍然沉默謹慎，但善於把不同意見的人團結在一起，促進科學的進步，使學會的活動很繁榮興旺。這在當時英國政治鬥爭複雜的社會環境中，並不是一件簡單容易的事情，當時保守黨的勢力致力於恢複絕對的君主製和上層貴族的統治，而自由黨的前身輝格黨卻支持君主立憲製。各派不同的政治觀點的分歧也滲透到皇家學會的會員之中。
牛頓在擔任皇家學會會長期間，還積極地向安娜女王提出建設格雷沙姆學院的請求。因為該學院原是英國皇家學會的發祥地，它由於駐紮軍隊而遭到了破壞。牛頓擔任會長不久，努力為皇家學會建立一個新的鞏固的基地。但當時英國因西班牙王位戰爭而消耗了國力，直到1710年經過再三請求才獲得批準。
除了公務之外，牛頓在自己的科學研究工作方麵，主要是出版和再出版以前的研究成果。《光學》這部著作用英文寫好了多年，隻是由於與羅伯特·胡克的爭論，牛頓不願在他的老對手胡克在世時出版。1703年胡克死了，第二年這本書就問世，立刻獲得成功，它包括了牛頓一生對光學的研究成果。該書於1717年再版，於1721年修訂第三版發行。牛頓的另一部重要學術著作《自然哲學的數學原理》，於1713年再版，1726年發行第三版，這是牛頓在科學上留給後人的久放光彩的兩座豐碑。這些都是他以前在劍橋期間獲得的成果。牛頓在1673年-1694年間講授的代數學由W.惠斯頓（1667年-1752年）以《算術通論》的書名出版。
當然，人無完人，金無足赤，偉大的科學家牛頓也不能擺脫時代給他的局限性。在他一生中，特別是在中年以後，用去了相當多的時間做了一些徒勞無益的工作。其中之一，是花費不少精力去研究神學，他不懈地閱讀曆史和宗教方麵的書籍，寫了大量的筆記和心得。他死後留給他的侄孫女婿撲第斯伯爵大量遺稿，其中便有一百五十萬字的關於宗教和古代史的著作，以及50萬字的有關煉金術和化學方麵的文章。在牛頓死後多年所出版的一本書名叫《＜聖經＞裏兩大錯訛的曆史考證》，大約就是在《原理》出版以後寫成的。另一件徒勞無益的事是牛頓在七十多歲以後寫的一本關於年代學方麵的論著，內容是考證《聖經》裏的事跡和希臘、埃及等古代曆史事件的日期。早在劍橋時就已製定了這本書的寫作計劃，晚年才應威爾士郡主的請求，把分散在筆記本中的手稿整理出綱要，題目是《從歐洲有史記載至亞曆山大遠征之間的年代簡略考》。作者曾特別申明那篇文章僅供私人閱覽，不刊印。可是一位法國教士康蒂從郡主處借來這本手稿，抄錄了一份寄回法國，以後輾轉落到一位出版商手裏。出版商未經作者同意，就將稿子印成小冊子出版了。這小冊子引起一些批評和攻擊，後來經過修訂和補充，改名為《修訂的古王朝年代考》，於牛頓逝世的1727年正式出版。在書中，牛頓說他考證的時期準確程度至多不差二十年，但是與現今考證的結果相比較，卻差了幾個世紀，因而沒有什麼科學價值。隨著時間的流逝，這本書早已被人們拋之腦後了。
牛頓的另一冊書是他死後出版的《但以理先知的預言與聖約翰的啟示錄的評論》。這本書的內容是說但以理的預言和以後曆史事實的關係，是牛頓對宗教早期曆史的研究。
牛頓在移居倫敦後的生活是穩定、富裕而舒適的。他終生沒有結婚。為他料理家務的是他的外甥女、牛頓同母異父的妹妹所生的女兒凱瑟琳·巴頓。這位17歲的姑娘儀表大方，容貌美麗，而且聰明機敏又詼諧，性格活潑又溫柔。兩年後結婚。新婚夫婦仍和牛頓住在一起。凱瑟琳好客又善於社交。她使牛頓晚年的生活並不孤獨寂寞。她常常協助牛頓舉行家宴招待來自各方麵的客人。如文學家斯威夫特、政治家蒙塔古等人常來牛頓家喝茶、聚餐，氣氛融洽活躍。牛頓雖然待人很友好，但是總的說來顯得比較冷清。他在和人們一起時常常沉浸在自己的思考裏，很少言語，有時候還心不在焉。盡管他真誠地感謝朋友們的幫助和支持，但也不善於表達這種內心的感謝之情。