第三步：排除法，即通過概括與排除，淘汰非本質的規定。
在培根看來，三表法既整理了正反兩方麵的例證，又整理了不同情況下不同程度的例證，在這個基礎上真正的“歸納本身便開始工作”了。這就進行了他認為自己引進邏輯的最有價值的排除法。培根認為，要發現事物的形式就是要在對“三表”整理的例證進行綜合分析、比較的基礎上把與形式無關、非本質的性質挑出來，加以剔除。這裏是指這樣一些性質，有它們在事物並沒有某種特定的特征，或者它們雖不多，而相應特征卻很突出，它們增加，相應的特征反而減少這樣一些性質。培根認為，隻要把這些性質加以排除，“一切輕浮的意見便煙消雲散，而最後餘留下來的便是一個肯定、堅固、真實和定義明確的形式。”第四步：初次收獲，嚐試著解釋自然。
培根強調排除隻是建立“真正歸納法”的基礎。隻有“達到了肯定的程度以後，歸納法才算真正地完成了。”這就決定了培根歸納法的最終目的是要作出肯定的結論，要在肯定方麵試探著解釋自然。對此他稱作“初次收獲”或“解釋初步”。
培根通過他的歸納法最後得到的肯定的結論實際上還是一個有待繼續證實的東西，所以他把它叫做“初次收獲”、“初步的解釋”，這也表明培根並沒有對他的歸納法的功效犯絕對化的錯誤。
培根不僅倡導了科學的歸納法，還具體地規定了歸納的目的、原則和基本程序，從而給了歸納邏輯新的內容、新的生命，為歸納邏輯的進一步發展奠定了基礎。從這個意義上說，培根被譽為“近代歸納學說之父”是當之無愧的。事實上，他的科學歸納法在當時科學進行收集整理事實材料方麵也起了很大的作用。 培根對自己在《新工具》中為人類提供的這套認識方法是十分自信的。他曾經這樣說過：“我給科學發現所提供的方法是這樣一種方法，它給才智的敏銳性和力量留下很少的用武之地，而把一切才智和理解力都放在幾乎是同一水平上。因為正像在畫一條直線或一個圓圈時，假如隻是用手來畫，那麼畫得好壞，就主要決定於那隻手的穩定和熟練程度。可是如果畫的時候借用尺子和圓規，那就很少或者根本無須依靠手的穩定和熟練程度來決定了。”有人認為在這裏培根把科學方法的作用誇大到不適當的地步，否定了創造性思維，從而否定了聰明才智對於科學發現的重要性。其實，我覺得如果對它不是作絕對化的理解，把它看作是培根認為隻要掌握了他所提供的科學方法，即便才智並非出眾的人，也可以在科學上有所發現恐怕更符合培根的本意。
培根不僅深信自己提供的這套“新工具”，對研究自然、從事科學發現有效，甚至認為對研究社會也同樣有效。他說：“人們也許要問，我的意見是說這個方法隻可用於自然哲學呢，還是說其他的一切科學，如邏輯學、倫理學、政治學也應當以這個方法來進行呢？我的意思確是指它的全部說的。”這在當時確是一個非常了不起的思想，它實際上隱約地透露出培根已經開始意識到社會生活也是有規律可循的。
《偉大的複興》雖然是一部未完成的著作，但它為人類思想發展史增添的這麼多價值連城的奇珍異寶，它對世界學術事業的發展產生的這樣大、這樣深遠的影響，在世界學術史上確是罕見的。毫無疑問，《偉大的複興》的出版，是人類思想發展史上樹起的一座豐碑。培根即使一生其他什麼事情也沒有幹，僅創作了這部著作，也會名揚四海、萬世流芳！無怪乎培根本人為此也聊以自慰：“在所有與我同時代的人中，我是為了國事而比誰都忙的，而又體力不佳（因此損失很多時間），並且在我的道路上，我完全是一個開路先鋒，既未循任何人的先例，也未和任何人商討共議，但是我由於堅決地走真正的道路並使我的精神服從事業，我敢說，我已取得了一些進步！”