康熙二十二年（1683年），清朝廷收複台灣後，把台灣隸屬為福建省的一個府。台灣府下設四個縣①。閩、廣沿海居民紛紛偷渡台灣墾荒，推動了台灣經濟的發展，但隨著墾荒者的增多，不同地區移民在土地占有上的衝突與械鬥日多，移民同清朝廷派往台灣官員的矛盾也日趨尖銳。康熙三十五年（1696年），吳球聚眾反，康熙四十年（1701年），劉卻揭竿為變，台灣的經濟發展與社會的動蕩同步發生。
朱一貴之變。
朱一貴係福建漳州府長泰縣人，康熙五十二年（1713年），赴台灣，“充台廈道轅役，尋被革，居母頂草地，飼鴨為生”。“有黃殿者，居羅漢門，與朱一貴善”，“往來密洽”②。“辛醜春（康熙六十年係辛醜年），鳳山縣令缺”，知府王珍“委政次子”。王氏父子，征收糧稅苛刻，以風聞捕治盟歃者數十人，違禁入山伐竹木者百餘人”。該年三月，“李勇、吳外、鄭定瑞等，相率之羅漢門，見一貴曰：‘今地方官長，但知沉湎搏蒲耳，種種不堪，兵民瓦解，欲舉大事，此其時乎？’一貴曰：‘然。我姓朱，若以明朝後裔聳鄉村，歸者必眾’。”③四月十九，李勇等五十二人在羅漢門“奉一貴焚表結盟，各結黨羽，得數百人”，“夜出岡山，襲劫塘汛”④。杜君美等“在下淡水檳榔林，招集粵東種地傭工客民”，響應朱一貴，“掠台灣府庫”。草潭、下埤頭、小琉球等地紛紛起事。
五月二十三日，義軍在赤山大敗前來鎮壓的清軍⑤，清遊擊周應龍狼狽逃走。清總兵歐陽凱率眾一千五百紮營春牛埔，“軍中夜驚，鎮兵四散”，“人無戰心”。“台協水師中營遊擊張彥賢、右營遊擊王鼎”等“率兵千人，戰船四十餘號，聯腙揚航”，“台廈道梁文煊、知府王珍、同知王禮、台灣知縣吳觀域、縣丞馮迪、典史王定國、諸羅知縣朱夔、典史張青遠，皆時相率登舟”，“齊赴澎湖”⑥，“凡七日全台陷”⑦。
義軍在占領台灣後，立朱一貴為中興王，年號永和，杜君美卻“欲立其子杜會三為王，眾不服”，杜君美“每事驕蹇”，生活糜爛，“掠婦女七人閉營中”。朱一貴“整兵圍攻杜君美，敗之”，杜君美率萬人“北走尾溪，至貓兒於屯劄，剽掠村社，半線上下多被蹂躪，所未至者，惟南嵌以北爾”⑧。
浙閩總督覺羅滿保在六月初三“自福州往廈門，辦理軍務”，“提督施世驃前赴澎湖”，率兵一萬二千、水手六千，分乘船六百餘艘渡海，六月十三日在鹿耳門登陸，攻克安平鎮。康熙特傳諭起事諸人：“朕思爾等多為內地之民，非同賊寇，或因饑寒所迫，或因不肖官員苛剝，遂致一二匪類倡誘，眾人殺害官兵，情知罪不能免，乃妄行強抗。其實與眾何涉”，“爾等若即就撫，朕自原諒爾等之罪；倘執迷不悟，則遣大兵圍剿，俱成灰燼矣。”⑨
禦花園內絳雪軒六月二十二日，清軍攻克台灣府城，分兵兩路進剿。朱一貴率殘部千餘人退至諸羅縣溝尾莊一帶“索飯食，楊旭等椎牛餉之，許號召六莊鄉壯相助”，“旭備館舍，將一貴等分宿民家，傳集六莊鄉壯，佯為守護，潛以水灌賊炮。夜五鼓，大嘩，稱官兵至，金鼓火炮齊鳴，諸賊倉皇驚起，不知所措”。楊旭等“遂擒朱一貴”，“散其餘眾”。“旭縛一貴等，置牛車赴八掌溪，交遊擊林秀”。乃將朱一貴“檻送廈門”，遂又將其“解京正法”。“北路千餘裏地方，盡皆平複矣”⑩。
清軍登陸後，杜君美逃至深山，“晝伏夜走”，行蹤不定，該年十月到清軍營中投降，旋即被押解北京，處死。
同年八月，康熙下令將“平日不愛民，但知圖利苛索”的台廈道梁文煊、同知王禮、知縣吳觀城、朱夔等押赴台。
已故知府王珍剖棺戮屍梟示。
六十年（1721年）十月，清朝廷製定台灣駐軍之製：在台設水師營副將一，轄兵二千；設陸營副將一，轄兵二千；總兵駐澎湖，轄兵二千。駐台官兵均從內地派遣，三年一換，所有官兵不得攜帶妻、子。每年從北京派禦史一名，前往台灣巡查。
林爽文之變。
林爽文，福建漳州平和縣人，乾隆三十八年（1773年）隨父渡海至台灣，在彰化縣大裏代莊“趕車度日”。乾隆四十七年（1782年）天地會首領、漳州人嚴煙渡海，到台灣彰化開布店，傳播天地會，在“有事大家相幫，不怕人家欺侮，也不怕官役拘拿”的鼓舞下，林爽文與諸羅的楊光勳、張烈，淡水的林小文以及鳳山的莊大田等人相繼加入天地會。
乾隆中葉以後，“漳、泉、惠、潮之民日眾，寄籍分黨，蘖牙其間，守土官又日腹剝之，於是民益輕官”。在朱一貴之變後，台灣吏治曾得到整頓，但在幾十年後，貪黷之風又起，官員“恣意婪贓”，“勒索饋贈”，甚至“放戍兵私回內地貿易，又聽任漳、泉兵丁販私滋事”，致使台灣治安無法維持。
據《平定台灣述略》所記：“淡水同知潘凱者方在署，忽報城外有無名屍當驗，甫出城，即為人所殺，並胥役殲焉。”台灣官署無法破案，則諉罪於“生番”（土著高山族人），“使人以酒肉誘番出，醉而掩殺之，奏罪人已伏法，而殺人者實脫然事外，於是民益輕視官吏，而番亦銜刺骨”。