乃至不同籍貫的移民“樹幟械鬥，動以萬計，將士不能彈壓，惟以虛聲脅和，於是民益輕兵”。
乾隆五十一年（1786年）七月，天地會成員楊光勳與弟楊功寬爭奪財產發生矛盾，楊功寬因兄加入天地會，有會黨為後盾，遂另立“雷公會”，彼此械鬥。台灣總兵派人將雙方首領查拿，天地會成員聚眾救出張烈，逃往林爽文所居住的彰化大裏代。
該年十一月二十五日，彰化知縣俞竣、北路營副將赫生額、遊擊耿世文等統兵前往大裏代，在距大裏代五裏的大墩紮營，諭令村民將林爽文等人擒獻，並“先焚數小村怵之”。十一月二十七日夜，“爽文遂因民之怨，集眾夜攻營”，“赫、耿、俞皆死焉。翌日，“乘勢陷彰化，縣守及都司王宗武、同知長庚、前同知劉亨基、典史馮啟宗悉為所殺。十二月六日又陷諸羅，縣令董戶延死之，淡水同知程峻亦為群賊所害”。“鳳山縣有莊大田者”，“乘亂起，十三日陷縣城，縣令楊大奎自刎死”。不到一個月的時間，林爽文等已占領彰化、諸羅、鳳山三縣。
十二月初，閩浙總督常青派水師提督黃仕簡、陸軍提督任承恩統兵一萬三千赴台，加上台灣額設官兵，二萬有餘。但黃仕簡年事已高“臥病床榻”，任承恩又“素不知兵”，二提督擁兵坐守郡城。直至翌年（乾隆五十二年）正月二十二日，台灣總兵才收複諸羅縣城。
乾隆五十二年（1787年）三月，浙閩總督常青奉命抵台灣。乾隆傳諭常青“將各路官兵調集會合一處”，“斷不可又蹈黃仕簡、任承恩故轍，輕分兵力，觀望遲延，俾賊匪得以四散牽製，蕆（產，完成意）事致稽時日也”。常青同黃仕簡、任承恩一樣“惟知結營自守”，“株守坐待，以致老師糜餉”，其紮營之地距莊大田屯駐的南潭僅五裏，抵台數月對此“肘腋”之敵“竟不思乘勢攻剿”，“任其逼處”。
清軍統帥的畏敵避戰，使義軍在短短幾個月內發展到十餘萬。為奪回連絡南北的諸羅，林爽文“自六月中攻圍，連日朝夕不止”，“禁粒米不得入城”，士民“饑疲不能支”。
林爽文所據的的大裏代、水沙連諸處存米甚多，“每石僅需八百”，清軍所占據的鹿港“每石三千”，“倉庫悉空，府倉穀亦無多”。“彰化縣僅存鹿仔港一處尚在固守，各村莊男女老幼鹹來避匿，不下十萬餘人，無處得食”，“至鄉勇口糧，向係義民公捐，今為日已久，義民告匱，難令再捐”。
乾隆五十二年六月二十日，清帝派陝甘總督福康安前往台灣督辦軍務。此時林爽文、莊大田的部眾已近二十萬，台灣全府除郡城、諸羅縣城及鹿港等少數港口外全被義軍占領。該年十月底福康安帶五千援軍在台灣登陸。十一月初，福康安揚言直搗大裏代，而陰趨諸羅縣城，擊敗圍困縣城的林爽文部，被圍困五個多月的諸羅終於解圍，“城中官民”，“饑贏無人色”。“無不欷獻啜泣”。
林爽文在從諸羅撤退後，退居縣城北麵的小半天山，該地四麵陡壁，易守難攻。十一月十八日福康安乘勝督軍仰攻，林爽文不支從小半天山退至六鬥門。在六鬥門的激戰中，林爽文再次失利，遂退守大裏代，憑借構築的土城以槍炮進行抵抗。十一月二十四日，福康安與林爽文秉燭夜戰，林爽文再次失利。次日清晨清軍分路進剿，林爽文攜眷撤至集集埔。集集埔“前臨大溪，溪之上就高岸壘石為陡牆，長數裏，其所預營扼險處也。十二月五日，官兵騰而上殺千餘人，於是賊黨皆潰”。
接連遭受重創的林爽文，既未南投莊大田，與莊大田合兵一處；又未撤至高山族居住的深山老林，以圖再舉，而是“匿其孥於番社，惟與死黨數十人竄穹穀叢箐中”。“五十三年正月四日，林爽文潛出覓食”，被擒。
清軍在擒獲林爽文之後，大舉南下，“莊大田倉卒出拒，敗而走”。清軍接連在大武隴、大日峰、南潭、中洲、大岡山、小岡山、水底寮擊敗莊大田部。“莊大田力不支”，逃至“負山臨海”的郎嶠，“與其黨潛匿焉”。清軍“遣水師由海道繞而截之於水，自此大兵壞山圍之，賊衝突不得出，陣殺者數千，溺海者數千，擒而戮者亦千餘，莊大田亦就獲”。
被清朝廷淩遲處死的除林爽文、莊大田外還有何有誌、林領、林永返、陳梅、陳傳、蔡福、劉升、陳秀英、謝檜、鄭記、陳天送、莊大九等十二人。上述被淩遲處死者的子弟，年十六歲以上皆斬，其妻女及十五歲以下子、孫給功臣家為奴，且十五歲以下的男姓親屬全被閹割（被閹割的共有三十七人）。
注釋
①台灣、風山、諸羅、彰化。
②③④藍鼎元：《平台紀略》。
⑤周應龍領兵進剿，濫殺無辜，焚毀道旁廬舍，激起民變。
⑥藍鼎元：《平台紀略》。
⑦龔柴：《台灣小紀》。
⑧藍鼎元：《平台紀略》。
⑨王先謙：《東華續錄》卷一○七。
⑩藍鼎元：《平台紀略》。