嘉慶五年初（1800年），冉天元經定遠縣的石板沱渡嘉陵江進入川西，與東鄉義軍、達州義軍會師。由於在深山老林中流民的大量加入，義軍從數千增至數萬。冉天元率眾攻蓬溪，行至高院場與前來堵截的清軍遭遇，陣斬清總兵朱射鬥。為接應進入甘肅的義軍，冉天元率部北上梓植、劍州（今劍閣）。清軍德楞泰部自陝西回師，駐紮廣兀，阻截義軍北上，雙方在自家壩遭遇。義軍且戰且退，將清軍引至主力所埋伏的新店子。義軍“占據九座山包，排列整齊”，清軍進入埋伏後被“三麵環繞”，“刀矛交錯，鏖戰兩時之久”，清軍“箭支射盡，持刀砍殺”，直至天黑才得突圍。
清軍突圍後，很快得到增援，兵分四路向冉天元部發起攻擊：賽衝阿等攻包家溝；阿哈保攻火石埡；溫春攻龍子觀；德楞泰攻馬蹄岡。德楞泰在馬蹄岡陷入埋伏，冉天元與德楞泰短兵相接，德楞泰率親兵數人，下馬占據山巔，冉天元率眾登山仰攻，在此關鍵時刻，當地地主團練頭目羅思舉率鄉勇增援德楞泰，“急令兵多拾雹石”，縱亂石雨擊，冉天元因坐騎中箭，跌入山澗，被俘遇害。
馬蹄岡之戰後，該部義軍尚有萬餘，自劍州南下，轉戰川西及西充、鹽亭、閬中一帶，後又北上甘肅與階州、岷州義軍會合。
王三槐、冷天祿的興衰。
王三槐，東鄉人，“向來學習巫師，與人禳災治病”，乾隆五十七年，拜冷天祿為師，“學習靈文經咒”。嘉慶元年二月，因被堂兄弟王元伯誣為白蓮教，“逃往後河吳魁家躲藏”，王三槐母、妻均被抓拿。遂在嘉慶元年九月，“約會同夥七百多人。在本地蓮池溝起事”。
王三槐、冷天祿被清朝廷視為“川匪最悍者”，彼等所居“川東數州縣，皆界連漢南大小巴山，袤延千餘裏”。嘉慶三年初，王三槐、冷天祿等與清軍大戰於雲陽、開縣之間，斷清軍糧道，致使清軍“缺餉兩月，鄉勇四散”。緊接著又在梓撞廟、九龍山、鐵索橋、金盆池一帶接連大敗清軍。
王三槐經不住清朝廷招降的誘惑，嘉慶三年八月，去清軍大營談判招撫事，被逮，解京處死。但東鄉義軍仍在冷天祿的指揮下，在安樂坪與清軍對抗。該年十一月，清軍包圍安樂坪，因寨中糧、鹽將盡，冷天祿詐稱請降，以麻痹清軍，乘夜突圍。直至冷天祿在穆克登布、楊遇春的遭遇戰中，“斃於箭”，東鄉義軍一直出沒於巴山蜀水。
在低潮中轉戰。
白蓮教起義後，清統治者號召地方官吏組織團練、鄉勇配合清軍作戰，又在追剿義軍的過程中實行“堅壁清野”，“並小村入大村，移平處就險處，深溝高壘，積穀繕兵，移百姓所有積聚，實於其中。賊未至則力農、貿易，各安其生；賊既至則閉柵登陴，相與為守，民有所恃而無恐，自不至於逃亡”。使得“據險之賊，不能下山掠食”，“坐困月餘，積糧既竭，終亦歸於死亡逃散而已”。自嘉慶六年（1801年）下半年，義軍被局限在川、楚、陝交界處轉戰。“自陝入川，由川折陝，皆在沿邊一帶萬山之中，冰雪之間，非老林不走，非極險不屯，所竄之路，多係羊腸鳥道”。
在這種極為艱難的流動作戰中，一支支義軍相繼陷入失敗：
嘉慶六年初，王廷詔在川陝邊界的鞍子溝戰敗被俘，“檻送京師”；該年四月，義軍首領馬學禮、高天得在大寧二郎壩被俘；同年八月義軍首領冉天泗、王世虎在簡池壩被殺。
嘉慶七年（1802年）六月，樊人傑部在湖北房山縣戰敗，撤退時誤入馬鹿坪絕地，該地峰高路險，前有大溪擋路，後有清軍追擊，該部義軍（包括婦孺）五百餘人全部跳入湍流的溪中，“俱行淹沒”，樊人傑與三個企圖生擒他的清兵“扭在一處，溜至急湍處所，均為巨浪搏擊下灘，杳無蹤影”該年七月，苟文明在寧陝廳花石岩被圍，無法突圍，跳崖身亡。
嘉慶八年（1803年）三月，馮天保等數十人在與清軍交戰中歿於陣。
嘉慶九年（1804年）九月，苟文潤所率領的最後一支義軍被擊潰，苟文潤、苟朝九等被俘遇害。
曆時九年的白蓮教起義，被清軍平定，清朝廷為此付出沉重的代價：
靡餉二億兩；
出動軍隊“共計十一萬七千六百六十二名”；
動用戰馬“共四萬二千五百六十三匹外，尚有各省購買者”；
轉運糧食，截止嘉慶七年“陝、湖、川三省動撥米三百四十萬五千六百二十九石有奇；山西協濟穀七百八十石有奇；江西米二千四百石；安徽六萬石；湖南北截留漕米三十三萬五千五百石”。
注釋
①《清世祖實錄》。
②劉之協派劉起榮攜銀二百兩前往甘肅送交劉鬆，行至扶溝因行跡可疑被捕，劉自認行竊，後又翻供，雲銀錢係表兄劉之協令其販貨所給。
③《清仁宗實錄》卷七八。
④高廷瑤：《宦遊紀略》卷上。
⑤《清史稿·穀際岐傳》。
⑥《勘靖教匪述編》。
⑦《軍機處錄副奏折》。
⑧據張正謨口供；“初上山時，計同教家眷並擄來人口共有二萬以外，不習教的約有一半。”（軍機處錄副奏折）
⑨《軍機處錄副奏折》。
⑩周凱：《紀邪匪齊二寡婦之亂》。