攻入紫禁城的義軍三十一人戰死，四十一人被俘。九月十九日，正在黃村等候河南義軍的林清被清朝廷抓獲⑥。
當時嘉慶皇帝不在北京，正在回京的路上，聞變即頒《罪己詔》，指出：“變起一時，禍積有日。當今大弊，在因、循、怠、玩四字，實中外之所同”，“以致釀成漢、唐、宋、明未有之事，較之明季梃擊一案，何啻倍蓰。思及此，實不忍再言矣。予唯返躬修省，改過正心，上答天慈，下釋民怨。”⑦
道口之戰。
清統治者在鎮壓林清所發動的起義後，即調兵遣將，集中全力鎮壓占領滑縣、道口的李文成。嘉慶帝調陝甘總督那彥成為直隸總督，並令其節製山東、河南諸路清軍；調健銳、火器二營清兵及鎮壓白蓮教起義的將領楊遇春、楊芳、穆克登布等各率所部前往河南。
嘉慶十八年十月，楊遇春等率軍兵臨道口，相繼攻克道口附近的據點周潭村、連莊、羅家寨、丁欒集。十月二十一日，義軍設伏於中市，擊敗清軍，“楊遇春所領千總李洪春、外委柯玉皆戰死”⑧。此戰之後，義軍撤回道口“堅閉不出”。
清軍兵分七路圍攻道口，以炮轟城，擊敗滑縣、桃源方麵增援的義軍數千人。未幾，道口城破，義軍傷亡慘重，城內房屋“全行燒毀”，“屍骸枕藉，盈街滿屋”⑨。道口失陷，使得滑縣頓失屏障，那彥成迅速調兵至滑縣縣城，將三個城門圍住，隻有正北門、西北門因兵力不足難以圍困。那彥成惟恐義軍棄滑縣而走，流動作戰，急請朝廷增兵。
司寨之役。
李文成片麵地認為，白蓮教起義失敗的原因是“不據城池無所固守”，在攻陷滑縣後，“高築雉堞”，“以待他郡接援”，使得清朝統治者可以調動兵力，各個擊破義軍的據點。
在清軍攻克道口直撲滑縣後，劉園明率桃源義軍八百救援滑縣，夜入縣城，接李文成出城。李文成已意識到死守滑縣毫無出路，遂調義軍四千西進，奪取輝縣山內的司寨。但李文成等占領司寨，來不及布防，清總兵楊芳等已率兵追至，“進薄司寨，圍之數重”。
司寨“背山臨川，溝深牆固”，內有“民房三百楹，磚石作牆，縱橫高聳，又有碉堡十餘座”。嘉慶十八年十一月二十日晨，清軍向司寨發起攻擊，義軍據險而守，喋血苦戰，“屍如山積”。時至下午，寨牆一角被毀，清軍攻入寨內，義軍“據險擲石，槍炮齊發，官軍死傷甚眾”。直至夜幕降臨，戰鬥仍在繼續，總兵楊芳下令焚寨，“須臾煙焰蔽天，賊屍塞路，有冒煙突火、焦頭爛額而逸者，悉生縛之”。
李文成、劉園明等被困在一碉樓內，楊芳“率眾登樓”，劉園明“持刀躍出，擊殺兵士數人，官軍以長槍刺之，園明死”。當清軍衝入碉樓時，雙腿已殘的李文成“舉火自焚”。待火滅煙熄，清軍衝入碉樓，隻見“李文成頭戴網巾，養長發，兩股刑傷用膏藥敷貼，兩臂被焚，肩膊焦爛，左目有傷，麵帶槍築傷痛。座帳皆毀，惟存方白旗偽書‘大明天順李真主’七字。是役也，寨內之賊數千，無一人得脫者”。
清漪園滑縣陷落。
滑縣為古滑州舊治，“城堅厚，外磚、內土、中沙，大炮攻之，遇沙而止”，義軍“運送口糧峙其中，足支一載”。清軍在攻克司寨後，“齊集滑縣，晝夜環攻”。清軍在“城外連掘地隧十餘”，皆為義軍發覺，“或水灌之，或濠截之”。於是，楊芳令“佯築他柵進攻，而潛挖舊隧滿實火藥”。十二月初十，清軍退至三裏以外，“城西南角雷轟地震，崩裂二十餘丈”，義軍被“燒、震死千百”，入夜巷戰仍在持續。李文成妻張氏“帥（率）兵夜搗官軍，三入三出，官軍被戕者甚眾。滑城破，牛亮臣、徐安國勸張氏“詐作被難婦女出城，張氏雲：‘城亡與亡，不死者非英雄，’乃揮刀巷戰，擊殺數人。闔戶自縊，幼女年十二，亦自刎”。
在此戰中，有兩萬義軍遇難，被俘老幼男女二萬，牛亮臣等被生擒，“檻獻京師”，至此持續三個月的天理教起義陷於失敗。
注釋
①蘭簃外史纂：《靖逆記》卷五。
②《靖逆記》卷三。
③《欽定平定教匪紀略》卷三三。
④《清仁宗實錄》卷二八一。
⑤轉引自林鐵鈞：《嘉慶皇帝傳奇》，第110頁。
⑥林清與被俘義軍、教徒均被清朝廷淩遲處死（即磔刑，以三千六百刀的酷刑處死）。
⑦《清仁宗實錄》卷二七四。
⑧《靖逆記》卷三。
⑨《那文毅公奏議》卷一九。
⑩《嘯亭雜錄》卷六。