張格爾係大和卓波羅尼都之孫。波羅尼都敗亡之後，其子薩木克翻過巴達克山逃往浩罕汗國①。薩木克生有三子，長子名玉素普，次子即張格爾。張格爾“以誦經祈福，傳食諸部”，以傳播伊斯蘭教（白山派②）擴大其影響，並時刻覷視天山南麓的局勢，以求一逞。張格爾乘機起兵。
自烏什之變後。清朝廷對於派往南疆的官員慎重選擇，維民得以安居。迨至嘉慶年間以後，吏治敗壞日甚，派往天山南北的參讚大臣及其所屬員司的“服食日用，無一不取於阿奇木伯克”，各城伯克亦藉以此苛斂“氈裘、金玉、緞布”③，大飽私囊。嘉慶末年，駐喀什噶爾參讚大臣斌靜荒淫無道，民怨沸騰。張格爾見有機可乘，便率數人從浩罕赴布魯特，煽動數百布魯特人襲喀什噶爾近邊。
布魯特頭人蘇蘭奇入邊告警，竟被斌靜手下員司綏善驅逐，蘇蘭奇一氣之下與張格爾合兵一處。斌靜反以蘇蘭奇勾結逆裔張格爾擾邊滋事上奏於朝。清朝廷遂令駐伊犁將軍慶祥前往喀什噶爾調查此事。未幾，慶祥便將斌靜倚勢婪索等罪狀上聞朝廷，詔奪斌靜職治罪，時為道光二年（1822年）。
張格爾占據那林河源，招兵買馬，又勾結白山派教民充當耳目，提供情況，屢屢騷擾，一旦清軍出動則遠逃。道光五年（1825年）九月，清軍追剿張格爾，出寨四百餘裏仍不見蹤跡，掩殺布魯特百餘人而還。布魯特首領統兵二千追擊清軍，襲殺殆盡。道光帝聞知此事，以大學士長齡代慶祥守伊犁，令慶祥前往喀什噶爾，籌劃進兵之事。
西四城之陷。
張格爾欲侵西四城——喀什噶爾、葉爾羌、和田、英吉沙爾，又恐伊犁援軍，遂遣使赴浩軍乞師，“約破西四城，子女玉帛共之，且割喀什噶爾以酬其勞”④。
道光六年（1826年）六月，張格爾率眾五百穿越開齊山路，竄至距喀什噶爾百餘裏的阿爾圖什拜謁祖陵。七月，浩罕國王穆罕默德·阿利汗率兵萬餘抵喀什噶爾。守城清軍“盡力抵禦”，浩罕軍傷亡慘重，穆罕默德·阿利汗率軍撤退，張格爾派人追之，複誘浩罕軍三千歸，“張格爾置為親兵”⑤。喀什噶爾被圍攻兩個月，勢窮力竭，城破，慶祥自縊身亡。張格爾在占領喀爾噶爾後，自稱蘇丹，“宣布為當地的統治者”⑥。未幾，英吉沙爾、葉爾羌、和田三城相繼陷落。
激戰柯爾坪。
西四城陷落後，清朝廷任命長齡為揚威將軍，調陝甘總督楊遇春統兵五千馳赴哈密，又發吉林、黑龍江、甘肅、四川等省軍隊從征，共計三萬六千，會師阿克蘇。此時張格爾軍已抵距阿克蘇僅八十裏的渾巴什河。清軍擊退企圖過渾巴什河的張格爾軍，並在阿克蘇西部的柯爾坪與叛軍展開激戰。柯爾坪“東南通巴爾楚克，西南通喀什噶爾，為大兵進剿必經之路”⑦。柯爾坪之戰的勝利，不僅保拄了東四城（阿克蘇、烏什、庫車、辟展），也打通了收複西四城之路。
收複西四城。
道光七年（1827年）二月，清軍二萬餘自阿克蘇出師西進，二十三日抵洋阿巴特，與叛軍二萬餘遭遇，時清軍已跋涉半月有餘，且攜糧將盡，以疲駝、贏馬充饑。長齡、楊遇春等惟恐叛軍遠循，行堅壁清野之策，遂在洋阿巴特同叛軍展開激戰。清軍兵分三路進擊，擒斬過半，盡奪敵糧糗以濟軍。
二月二十五日，清軍進抵叛軍重點設防的沙布都爾莊，該地“多樹葦，決水如沮洳”⑧，泥濘難進，城後林中亦有伏兵。長齡令士兵冒險越渠，衝入敵陣，時值叛軍營中火藥爆炸，叛軍大潰。清軍乘勝追擊，斬殺萬餘。二月二十六日，清軍抵達距喀什噶爾僅十餘裏的渾河北岸，張格爾集中城內兵民十餘萬阻河列陣，亙延二十餘裏，穴壘列銃，勢甚囂張。會大風驟起，飛沙走石，天氣晦霾。長齡欲待風過天明進軍，楊遇春卻以“霧晦中賊不辨多少”，“是天讚我也”，又以“客兵利速戰”，“時不可失”⑨，力勸進兵。清軍乘風沙蔽日渡河，占據上風位置，炮聲與風聲會合，令敵膽寒，張格爾率先出逃。三月初一，攻克喀什噶爾，擒叛軍四千。