在收複喀什噶爾後，清軍兵分兩路奪取英吉沙爾、葉爾羌及和田。
生擒張格爾。
張格爾從喀什噶爾出逃後，自木吉出邊，逃回浩罕。為擒獲張格爾，長齡令楊遇春、楊芳率兵八千分道出塞搜尋。楊芳一路在帕米爾高原以北的阿頓嶺遭到浩罕軍隊的襲擊，傷亡慘重。清朝廷遂下令撤軍，留兵八千駐喀什噶爾，任命楊芳為該城參讚大臣。
道光七年九月，清朝廷任命直隸總督那彥成為欽差大臣，處理善後事宜。長齡因張格爾未獲，建議清朝廷將在京為奴的波羅尼都後裔阿布都哈裏赦歸，令其總轄西四城，“愚回崇信和卓，猶西番崇信達賴喇嘛，已成不可移之錮習。即使張逆就擒，尚有兄弟之子在浩罕，終留後患”④。長齡的建議，並未被清朝廷所采納。
張格爾在得悉清朝廷撤軍後，又思大舉。該年十二月二十七日，張格爾率步騎五百入阿爾古城。楊芳率軍迎擊張格爾，張格爾逃至喀爾鐵蓋山，全軍覆滅，隻帶殘兵三十逃入布魯特。布魯特人遂執張格爾以獻，張格爾被解往北京處死。
與浩罕議和。
沈陽故宮張格爾被擒後，長齡等遣使浩罕，要求擒獻張格爾家屬，浩罕以伊斯蘭經典從無獻和卓子孫先例而加以拒絕，清朝廷遂令斷絕同浩罕的貿易關係。浩罕國王穆罕默德·阿利汗為報複清朝廷，便將張格爾之兄玉素普抬出，為其拚湊一支流亡隊伍（喀什噶爾人逃至浩罕者），並派將領協助彼等人犯。道光十年（1830年）八月，和卓後裔的軍隊再次入犯，奪取喀什噶爾、葉爾羌、英吉沙爾等城周圍的村莊，為此清朝廷詔令楊遇春、長齡、楊芳等調兵赴援，待清軍抵達喀什噶爾時，浩罕及玉素普早已引軍而還。
道光十一年（1831年）七月，清朝廷派長齡去喀什噶爾同浩罕議和，簽訂如下條款：
浩罕為清朝廷監管和卓家族；
清朝廷恢複同浩罕的貿易；
浩罕放回所擄維、漢民眾；
清朝廷歸還抄沒的浩罕資產。
注釋
①浩罕、亦稱霍罕，烏茲別克人在十八世紀初所建立的汗國，以農業為主，兼營畜牧業、商業，1876年被沙皇俄國吞並。
②十七世紀初，伊斯蘭教分裂為白山派、黑山派，俗稱白帽回、黑帽回。大小和卓的先人即為白山派首領。
③《清代通史》卷中，第893頁。
④《清史稿·屬國傳四》。
⑤《聖武記》卷四。
⑥包羅傑：《阿古柏伯克傳》。
⑦《平定回韁剿擒逆裔方略》卷三四。
⑧《清史稿·長齡傳》。
⑨《清代通史》卷中，第896頁。
⑩《清代通史》卷中，第897頁。