三月十三日，順治帝在瀛台複試江南舉人，“每舉人一名，命護軍二員持刀夾兩旁”，“試官羅列偵視，堂下列武士，鋃鐺而外，黃銅之夾棍、腰市之刀，悉森布焉”，“與試者悉惴惴其栗，幾不能下筆”。迨至未刻（下午一點至三點）交卷時，江南一代才子吳兆騫竟然“曳白”（交白卷）。吳兆騫因曳白被逮入獄。
直至順治十五年（1659年）十一月，江南鄉試案經過近一年的審理，並未能審出考生行賄考官的細節。方拱乾在回奏中也斷然否認同方猶聯宗，且以“丁亥（順治四年）、己醜（順治六年）、甲午（順治十一年）三科齒錄為證”。在順治帝的敦促下，刑部參照對順天鄉試一案的處理作出如下判決：“正主考方猶擬斬，副主考錢開宗擬絞，同考官葉楚槐等擬責遣尚陽堡，舉人方章鉞等俱革去舉人”。順治卻認為刑部的擬處“甚輕”，遂下令將：“方猶、錢開宗俱著立即正法，妻子家產籍沒入官。葉楚槐、周霖、張晉、劉廷桂、田俊民、郝惟訓、商顯仁、朱祥光、文銀燦、雷震聲、李上林、朱建寅、王熙如、李大升、朱菃、王國楨、龔勳俱著即處絞，妻子家產籍沒入官。已死盧鑄鼎，妻子家產亦籍入官。”幾位主考與十八位同考無一幸免。“方章鉞、張明薦、伍成禮、姚其章、吳蘭友、莊允堡、吳兆騫、錢威，俱著責四十板，家產籍沒入官，父母、妻子、兄，弟俱流徙寧古塔。程度淵在逃，責令總督郎廷佐、亢得時等速行嚴緝獲解回。
康熙己卯科場案。
康熙三十八年（1699年，己卯年）順天鄉試，“所中大臣子弟居多”，落第者抨擊主考李蟠、副主考薑宸英“納賄營私，逢迎權要”，遂將李蟠、薑宸英革職。翌年正月二十七，康熙對己卯科舉人進行複試，親自命題，並令諸皇子、重臣、禦前侍衛等嚴加監視。“及閱各卷，俱能成文”，皇帝這才意識到“落第者在外怨謗，勢所必有”。薑宸英此時已病死獄中，成為康熙己卯科場案的犧牲品。
康熙辛卯科場案。
康熙五十年（1711年，辛卯年）九月九日，江南鄉試發榜後，輿論大嘩，所中多為揚州鹽商子弟，其中旬容知縣王日俞所薦吳泌、山陽知縣方名所薦程光奎，俱不通文墨。九月二十四日，蘇州生員千餘人在玄妙觀集會，將財神像抬入府學明倫堂，譏諷正副主考左必蕃、趙晉愛財不愛才，甚至將“貢院”之匾改為“賣完”。兩江總督噶禮將蘇州生員丁爾戩等拘禁，擬治誣告之罪，江蘇巡撫張伯行、主考左必蕃，亦將發榜後情況上奏朝廷，康熙派戶部漢尚書張鵬翮會同兩江總督噶禮、江蘇巡撫張伯行、安徽巡撫梁世勳在揚州審理此案。
在審訊中發生督、撫互參，張伯行參劾噶禮得銀五十萬兩“賣官賣法，複賣舉人，可謂惡貫滿盈”，噶禮則參劾張伯行在進剿海賊時“違旨逗留”，“縱盜殃民”，“徇私作弊”。張鵬翮之子張懋誠時為懷寧知縣，係噶禮下屬，故有所顧忌。康熙遂派戶部滿尚書穆和倫、工部漢尚書張廷樞前往審理，務將趙晉私收賄賂暗通關節之事查明。
經一年多的審訊，歙縣貢生吳泌供認求餘繼祖賄買舉人，定價八千。餘先把黃金一百兩、白銀二千兩帶給安徽巡撫葉九思的門生員炳。員炳見葉九思，稱吳泌係其表弟，求其提拔。葉九思遂與員柄、餘繼祖等約定，在首場第一篇破題內寫上“其實有”三字。同考官涇縣知縣陳天立是趙晉親戚，葉遂托陳天立轉知趙晉，說吳泌係其友，中後許銀五百兩。吳泌卷分在句容知縣王日俞手中，陳天立往見王，稱是趙晉所托，王遂將吳泌試卷推薦給主考。另據程光奎供認，素與山陽知縣方名往來，是以得中，發榜後方名向程索取酬謝，程代方還借銀八百兩。