1540年，西班牙貴族羅耀拉·依納爵創建耶穌會，得到羅馬教皇的承認，該宗教團體在資本主義不發達的南歐地區影響很大①。由於麥哲倫、哥倫布的航海事業得到西班牙的支持，在東、西之間海上通道開辟之後，耶穌會便成為首批向亞洲地區派遣傳教士的宗教團體。
自利瑪竇②在明萬曆初期來華傳教③，耶穌會傳教士陸續來華，其中留有著述者七十餘人。在清代影響大的有湯若望④、南懷仁⑤、張誠⑥、徐日升⑦、戴進賢⑧等人，開始了中國曆史上第一次中西文化的交融。
傳教與禁教。
傳教是耶穌會士來華的宗旨。自利瑪竇以來，陸續開辟的傳教地點有肇慶、韶州、南昌、南京、北京、上海、杭州、西安等地。至十／＼世紀二十年代（康熙晚年）建立教堂三百餘座，受洗教徒三十萬；翻譯、編寫的關於基督教教義、基督教哲學的書籍，有《超性學要》⑨、《複活論》⑩、《西學凡》、《窮理學》、《靈言蠡勺》、《聖經直解》、《靈魂道體說》等等。
耶穌會傳教士所宣揚的以西方基督教文明為中心的神學體係，同中國的傳統文化格格不入。安文思、利類思在康熙三年（1664年）所發表的《天學傳概》，甚至斷言伏羲係亞當子孫，中國最初也是信奉基督教的。這種把中國文明視為西方文明分支的觀點，既與史實相悖，亦成為釀發教案的導火線。
自順治十六年起（1659年），徽州官生楊光先相繼撰寫《摘謬論》、《辟邪論》、《正國體呈》等，對基督教教義、西洋曆法進行抨擊，指責傳教士“呼朋引類”，是“國家莫大的危險”，“如厝火於積薪之下”。《天學傳概》刊行後，楊光先又對該書予以批駁，名曰《不得已》。楊光先在《不得已》一書中，指責“基督是一叛徒”，“傳教士俱為搗亂分子”，“被由歐洲驅逐了出來，才到中國來的，他們在中國依然煽惑民眾”。同年七月二十六日，楊光先向禮部上《請誅邪教疏》，禮部遂將此疏呈四輔政大臣鼇拜等人，四輔政下令傳訊湯若望等人並令將各省傳教士押解來京一同受審。由此而引發的便是清代第一次禁教，至結案時所有傳教士被押往廣東，驅逐出境。
康熙八年（1669年），康熙帝為湯若望等昭雪，解除禁教。康熙中葉以後，由於羅馬教廷強令在華傳教士改變利瑪竇、湯若望等人，所開創的允許入教中國人保留祭孔、祭祖的習俗，致使清朝廷同羅馬教廷關係惡化。一向對耶穌會傳教士優容的康熙帝已有禁止傳教之意。雍正即位後，把曾替胤禟傳遞密信的傳教士穆經遠處死，又於雍正元年十二月（1724年初），批準閩浙總督覺羅滿保之奏，“將各省西洋人除送京效力外，餘俱安插澳門”，“天主堂改為公所，誤人其教者，嚴行禁飭”。
梁啟超清朝廷再行禁教後，“西洋神父之潛入內地者，陸續不絕”，乾隆、嘉慶時期厲行禁教之策。乾隆十一年（1746年），在福建福安縣秘密傳教的白祿多被處斬立決，華若亞敬、費若若、施方濟格、德方濟格被處以斬監候。乾隆令地方官將關押在獄的四名傳教士秘密處死，以“瘐斃”上報。兩年後（乾隆十三年），又令江蘇巡撫安寧將在該省傳教的意大利人談方濟、葡萄牙人黃安多秘密處死，以“瘐斃”奏聞。乾隆在密諭中強調不得泄秘，“以致泄漏”，參與“監斃”傳教士的官員，“免其議處”。嘉慶十年（1805年），江西查獲傳教士德天賜遣人去澳門送秘密地圖，立即將德天賜逮捕“圈禁”。嘉慶十六年（1811年），清朝廷又一次下達清查傳教士的命令，除在欽天監供職者外，俱“遣令歸國”。
修定中西合璧的曆書。
自從漢武帝時期的五經博士董仲舒創建天人感應的神學體係以來，曆代封建統治者都非常重視天意與人事的合諧統一。為了表明受命於天，任何一位當權者都需要一份準確無誤的曆書。一旦曆書上所標明的日月交食、星體運行等情況與實際不符，就不免產生“天象示警”的危機。自明代中葉以來，“交食往往不驗，議改曆者紛紛”，至萬曆年間“時差九刻”，“節氣差一日”，“置閏差一月”，“閏差一月，則時差一季，時差一季，則歲差一年”。為表明上天依舊眷佑明廷，修曆的呼聲愈高。利瑪竇抵華不久，即向羅馬教廷建議“火速派遣天文學家、懂得曆算學的人到北京來”。明崇禎二年（1629年），詔開曆局。在華傳教士鄧玉函、湯若望等均予修曆。崇禎十四年（1641年）按照西洋推算的中西合璧的曆書製成，上報明廷。兩年後（崇禎十六年），崇禎帝詔令自明年起使用新曆，但新曆未及實行，明廷就已覆滅。