喇嘛教，即藏傳佛教，流行於蒙、藏地區。喇嘛係藏語譯音，意譯為上師。喇嘛教分為格魯派（黃教）、寧瑪派（紅教）、噶舉派（白教）、薩迦派（花教）等派別。自明朝末年顧實汗出兵青海、西藏，擊敗支持紅教的卻圖汗、藏巴汗，即由黃教創始人宗喀巴的兩大弟子達賴、班禪分別治前藏與後藏。
喇嘛寶塔的建立。
天命年間，去蒙古傳教的喇嘛斡祿打兒罕囊索應邀到後金，天命六年（1621年）圓寂。天聰四年（1630年）清朝廷為之修建寶塔，立碑撰文：“法師斡祿打兒罕囊者，烏斯藏人（西藏），誕生於佛境，道演真淨，既已演通大法，複急於普度眾生，於是不憚跋涉，東曆蒙古諸部，闡揚聖教，廣散佛惠，蠢動含靈之類，鹹占佛性。及至我國家（指後金），太祖皇帝（努爾哈赤）敬謹尊師，倍加供給。天命辛酉年八月七日，法師示寂歸西，太祖敕令修建寶塔，斂藏舍利。緣累代征伐，未建壽域①。今天聰四年，法弟白喇嘛奏請，欽奉皇上敕旨，八王府敕旨，乃建寶塔，事竣刻石而誌其勝。”②
西黃寺的興建。
順治九年（1652年），達賴五世③應清朝統治者之邀前往北京，帶隨從三千。該年三月從西藏起程，顧實汗、班禪四世親到藏北達木（今當雄）為之送行。清順治帝特賜達賴五世金頂黃轎乘坐，又派承澤親王碩塞前往代噶迎接。為接待達賴五世，清政府在安定門外修建西黃寺作為達賴喇嘛的下榻，故該廟又稱為達賴廟。
該年十二月十五日，達賴一行抵達北京，順治帝在南苑獵場接見達賴，賜銀九萬兩。達賴五世也向清朝廷貢獻馬匹等禮物。翌年二月初二達賴因水土不適，提出回藏。十八日清帝在太和殿賜黃金五百五十兩，白銀一萬一千兩，大緞一千匹，並賜其滿、漢、蒙、藏四種文字的金冊、金印，封達賴五世為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。
雍王府改為雍和宮。
雍王府建於康熙三十二年（1693年）係雍正帝的藩邸。雍正即位後，雍王府的一半改作喇嘛廟；另一半留作行宮。雍正三年（1725年）行宮失火後，在原址上重建，遂改名為雍和宮。雍正帝死後，靈柩停在以前的寢宮永佑殿。乾隆九年（1744年）將雍和宮改為喇嘛廟。
法輪殿是雍和宮內最大的殿宇，係喇嘛舉行法會、誦經的場所，殿內正中供奉黃教創始人宗喀巴的銅像（三丈多高），殿內的五百羅漢均用紫檀木雕成。殿內保存著兩部重要的藏文經典：一是藏經（一百零八部）；一是續藏經（一百零七部）。
萬佛閣（亦稱大佛樓）供奉著木雕巨佛，佛身高五丈四尺（另有二丈四尺埋在地下），雕刻大佛的木料係達賴七世進貢的一棵大白檀香樹，該樹產於尼泊爾。大佛兩旁還有兩根一丈二尺高的巨香，稱為“鳳眼香”，這兩柱香實際是海底藻類化石，亦係西藏所進貢品。
永佑殿內供奉著無量壽佛（阿彌陀佛），永佑殿東側為藥師殿，係喇嘛習醫之處；西側為數學殿，係喇嘛學習天文、地理之處。
密宗殿，是喇嘛學習密宗經典的處所，講經殿係探討佛教哲理的處所。在清朝統治者的大力提倡之下，雍和宮已經成為北京最大的喇嘛廟。
興建普寧寺。
普寧寺又稱大佛寺，該寺建於乾隆二十年（1755年），時值清朝廷出兵準噶爾、生擒達瓦齊之後。乾隆在避暑山莊宴賞厄魯特四部首領，依照康熙“定喀爾喀”，“建彙宗寺於多倫諾爾”之例，令在避暑山莊之北建普寧寺。普寧寺仿西藏三摩耶廟而建，寺內大乘閣高十一丈，閣內千眼千手觀音像六丈七尺，該觀音像用鬆、柏、榆、杉、椴五種木材雕成。寺內聳立著禦製《普寧寺碑》。