1922年，蔡元培以北大校長的資格考察歐美教育，乘船到紐約時，紐約的中國留學生去碼頭迎接他，發現他隻有很少的行李，沒帶秘書，也沒帶隨從，竟然是孤身一人，獨往獨來，其本身就像一位老留學生。他沒去驚動中國駐紐約的領事館和大使館的外交人員，就住在哥倫比亞大學的小旅館裏。楊蔭榆看到大家眾星捧月的情景，不禁感歎道：“我算是真佩服蔡先生了。北大的同學都很高傲，怎麼到了蔡先生的麵前都成了小學生了。”在那次歡迎會上，蔡元培先講故事，一個人學到了神仙的法術，能夠點石成金，他對自己的朋友說，往後你不必愁苦了，你要多少金子，我都點給你。那個朋友卻得寸進尺，他說，我不要你的金子，我隻要你的那根手指頭。全場哄然大笑。蔡元培講這個故事，用意是要啟發中國留學生，學習專門知識固然重要，掌握科學方法才是關鍵，他說：“你們掌握了科學方法，將來回國後，無論在什麼條件下，都可以對中國做出貢獻。”老校長的這番諄諄教導已足夠大家歡喜受用了。
唯仁者能愛人，這話是不錯的。蔡元培心地善良，平生不知道如何拒絕別人的求助。晚年，他為人寫推薦信，每日總有數封，多則十餘封，幾乎到了有求必應的地步。傅斯年在《我所景仰的蔡先生之風格》一文中揭示了蔡先生的仁者心法：“大凡中國人在法律之應用上，是先假定一個人有罪，除非證明其無罪；西洋近代法律是先假定一個人無罪，除非證明其有罪。蔡先生不特在法律上如此，一切待人接物，無不如此。他先假定一個人是善人，除非事實證明其不然。凡有人以一說進，先假定其意誠，其動機善，除非事實證明其相反。如此辦法自然要上當，但這正是孟子所謂‘君子可欺以其方，難罔以非其道’（君子可以拿合乎情理的事去欺騙他，卻不可以用不合情理的事去蒙蔽他）了。”
九一八事變後，南京學潮驟然形成巨浪狂濤，身為特種教育委員會委員長，蔡先生嚐到了“自由之精神”的苦頭。1931年12月14日，蔡元培在國府做報告時提醒學生，國難期間，開展愛國運動決不能以荒廢學業為代價，他強調：“因愛國而犧牲學業，則損失的重大，幾乎與喪失國土相等。”這樣的話，左派學生是不愛聽的。翌日，數百名學生齊集國民黨黨部門口請願，蔡元培和陳銘樞代表中央與學生交涉，結果話不投機，蔡元培先生還沒說上兩句話，即被學生拖下台階，陳銘樞則被學生團團圍住，木棍擊頭，當場昏厥。對於當天的突發事件，報紙上是這樣記載的：“蔡年事已高，右臂為學生所強執，推行半裏，頭部亦受擊頗重。”其後蔡元培被警察解救，旋即送往醫院，所幸並無大礙。一位是杏壇元老，一位是國軍上將，當眾受此折辱，在亂哄哄的20世紀30年代，這並不是孤立的個案，國民政府外交部長王正廷還曾被衝進辦公室的學生連抽兩記耳光，為此他憤然辭職。蔡元培對局勢深感憂慮，但學生運動已經失控，他愛莫能助，三天後，“珍珠橋慘案”死傷學生三十餘人。
抗戰初期，蔡元培因病滯留香港，有位素不相識的青年不嫌路途遙遠，竟從重慶寄來快信，自稱是北大畢業生，在重慶窮困潦倒，無以為生，請求蔡元培伸出援手，將他推薦給適當的用人單位。蔡元培當即致函某機關負責人，稱那位青年學有所成，這封推薦信不久即發生效力。然而那位青年到差時，所出示的畢業證書並非北大簽發。某機關負責人趕緊寫信詢問蔡元培，是否真的了解那位青年的底細。蔡元培回複對方：不必在意那位青年是不是北大生，隻要看他是不是人才。如果他徒有北大畢業證書而不是人才，斷不可用；如果他沒有北大畢業證書而是人才，仍當錄用。你有用人之權，我盡介紹之責，請自行斟酌。結果那位青年得到了這份差事，他來信向蔡元培道歉，感謝蔡元培對他的再造之恩。蔡元培回信時，沒有隻字片言責備對方蒙騙欺罔，反而勉勵對方努力服務於社會。從這件事情，我們不僅能見識蔡元培恢弘的器局，也能見識他善良的心地。當年，外間議論蔡元培的推薦信寫得太濫，有的官員收到他的推薦信後，一笑置之。殊不知蔡元培助人為樂，體現了一種難得的服務於社會的精神。