蔡元培不憚煩勞，為青年人寫推薦信，除了愛惜人才，也因為他有一個定見：“希望在中年人青年人身上。為這些人挺身請命，披荊斬棘，是老年人的義務！”然而，有大力有高位的人與蔡元培同調的並不多，“坎坎伐檀”者倒是不少。
在那個時代，最難做到的無疑是男女平等，對此一端，蔡元培頗為留意。早在1901年冬，蔡元培與知書達理的黃仲玉女士在杭州結為伉儷，舉行文明婚禮。正堂設孔子的神位，代替普通的神道，如果說這還算中規中矩，那麼以演說會代替鬧洞房，就著實有點新鮮了。首先，由陳介石引經證史，闡明男女平等的要義，然後由宋平子辯難，他主張實事求是，勿尚空談，應以學行相較，他的原話是：“倘若黃夫人的學行高出於蔡鶴卿，則蔡鶴卿當以師禮待黃夫人，何止平等呢？反之，若黃夫人的學行不及蔡鶴卿，則蔡鶴卿當以弟子視之，又何從平等呢？”在場的人覺得很有興味，都想聽聽新郎倌的高見，於是蔡元培折衷兩端：“就學行言，固然有先後之分；就人格言，總是平等的。”此言一出，皆大歡喜，舉座欣然。蔡元培平日給夫人寫信，信封上從來都是寫明夫人的姓字，絕對不寫“蔡夫人”，或在夫人姓字上加一個“蔡”字。世上多有新派言論、舊派做法的大人先生，蔡元培主張男女平等，乃是言行如一。1920年底，黃仲玉不幸病逝。其時，蔡元培在歐洲考察，他含淚寫下祭文《祭亡妻黃仲玉》，一往而情深：“嗚呼仲玉，竟舍我而先逝耶！自汝與我結婚以來，才二十年，累汝以兒女，累汝以家計，累汝以國內、國外之奔走，累汝以貧困，累汝以憂患，使汝善書、善畫、善為美術之天才，竟不能無限之發展，而且積勞成疾，以不能盡汝之天年。嗚呼，我之負汝何如耶！”蔡元培一生有三段婚姻，與王昭的結合是包辦婚姻，彼此能夠相敬相惜，與黃仲玉和周峻的結合是自由婚姻，彼此能夠相愛相知。蔡元培的家庭教育非常成功，他讚成兒女各自發展個人興趣，崇尚實學，不以做官為目標，他的兒女多有出息，女兒蔡威廉是國內有名有數的畫家，兒子蔡無忌是畜牧獸醫專家，兒子蔡柏齡是物理學家，女兒蔡睟盎是社科院上海分院的研究員。
蔡元培有一種超然的態度，平日集會，其言訥訥，如不能出諸口，但與人交接，則侃侃如也，他最愛談論的話題並非時事，而是教育、思想和文化。當教育部長也好，當北大校長也好，當大學院院長也好，當中央研究院院長也好，蔡元培偏於理想，始終隻負責確立宗旨，製定方針，他並不羈縻[jīmí，束縛]於行政。很顯然，蔡元培知人善用，他總能擢選到好搭檔，如範源濂、蔣夢麟、楊杏佛、丁文江、傅斯年，個個都是治學的高才，治事的能手，為他打理實際事務，充當大護法。對此，胡適在1935年7月26日致羅隆基的信中有一段恰如其分的評價：“蔡先生能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全權，不再過問；遇有困難時，他卻挺身負全責；若有成功，他每嘖嘖歸功於主任的人，然而外人每歸功於他老人家。因此，人每樂為之用，又樂為盡力。亦近於無為，而實則盡人之才，此是做領袖的絕大本領。”誠然，蔡元培無為而治，治績有目共睹。原因隻有一個：那些大名鼎鼎的學者無不發自內心地敬重蔡元培，樂於為他效命，他的凝聚力和向心力是最大的。無論在哪兒，蔡元培都能聚攏人才，提攜人才。
蔡元培唯一受到外界詬病和攻訐的就是他在1927年至1931年這四年間立場堅定地反共，甚至是“清黨運動”的前台主將。一個向來主張“兼容並包”的藹藹仁者怎麼會旗幟鮮明地反共清共呢？對於這個問題，蔡元培的女兒蔡睟盎提供了一個非常接近事實的答案：“蘇聯共產黨派來的鮑羅廷說，中國要完成社會主義革命，需要付出五百萬人的生命。我父親認為中國是個很虛弱的國家，經受不起大吐大瀉，所以他反對暴力革命。”但蔡元培反共與強硬派代表吳稚暉不同，他並不主張以暴易暴，以殺人的方式鏟除異端，這從來都不是他心目中的優選方案。大陸出版的《蔡元培全集》有意為賢者諱，將蔡元培這四年的反共言論悉數剔除，這就未免違反了全集“兼容並包”的原則。