在多事之秋，梅貽琦寡言，但並不寡謀，更不寡斷，他的“慢”既表現為豐沛的靜氣，也表現為充足的勇氣。即使兵戎相見，軍隊開進了清華園，也休想擾亂他的方寸。
抗戰前夕，北京高校學生的抗日激情空前高漲，冀察政委會委員長宋哲元對學生運動警惕性相當高，但他明令部下：巡查清華園，不許動粗。清華大學的學生對軍人入校抱有敵意，竟做出過激之舉，不僅繳下士兵的槍械，扣留領隊的團長，還掀翻軍用車輛。這樣一來，事態迅速升級。當天晚上，軍隊荷槍實彈，進駐清華園，引起師生極大的恐慌。為了應付岌岌危局，清華校務會議的幾位成員（葉公超、葉企蓀、陳岱孫、馮友蘭）齊聚梅貽琦家，商量萬全之策，以求度過眼前的難關。每個人都說了話，提了建議，唯獨梅貽琦向隅靜默，未發一言，不吱一聲。最後，大家停下來，等他表態。足足有兩三分鍾的時間，梅貽琦抽著煙，仍舊默無一詞。文學院長馮友蘭說話有些結巴，他問梅貽琦：“校長，你……你……你看怎麼樣？”梅貽琦還是沒表態，葉公超忍不住了，用催促的語氣問道：“校長，您是沒有意見而不說話，還是在想著方案而不說話？”
這時候，每隔一秒鍾，都仿佛隔了半個月。麵對幾位同仁焦急的目光，梅貽琦從容作答：“我在想，現在我們要阻止他們來是不可能的，我們現在隻可以想想如何減少他們來了之後的騷動。”他要教務處通知有嫌疑的學生，叫他們處處小心，盡可能隱蔽起來。然後他打電話給北平市長秦德純，此人曾是宋哲元的重要幕僚，請他出麵說服宋哲元撤退軍警。秦德純應承下來。不久，宋哲元果然下令撤退了包圍清華體育館的士兵。
1936年2月29日，北平警察局到清華大學搜捕，逮走了十幾個人。有些學生懷疑清華大學教務長潘光旦向當局提供了花名冊，於是群起而攻之。潘光旦是殘疾人（早年因為跳高弄斷了右腿），學生搶走他的雙拐，扔在地上，這位著名學者隻得用一條左腿勉強保持身體平衡，狀極難堪。梅貽琦見此洶洶之勢，並不退縮，他是一校之長，怎忍讓同事和朋友代己受過？他對那些不肯善罷甘休的學生說：“你們要打人，來打我好啦。如果你們認為學校把名單交給外麵的人，那是由我負責。”他還用沉痛的語氣告誡大家：“青年人做事要有正確的判斷和考慮，盲從是可悲的。徒憑血氣之勇，是不能擔當大任的。做事尤其要有責任心。你們領頭的人不聽學校的勸告，出了事情可以規避，我做校長的是不能退避的。人家逼著要學生住宿的名單，我能不給嗎？我隻好很抱歉地給他們一份去年的名單，我告訴他們可能名字和住處不太準確的……你們還要逞強稱英雄的話，我很難了。不過今後如果你們能信任學校的措施與領導，我當然負責保釋所有被捕的同學，維持學術上的獨立。”