要讓那些血氣方剛的青年學生掐滅怒火，恢複理性，很不容易，但梅貽琦的耐性臻於極致，在軍事當局和學校師生之間，他艱難地找準了一個平衡點。都說要快刀斬亂麻，他卻是慢工出細活。多方的體麵、利益均須顧及，這豈是急性子能夠頃刻辦妥的事情？
梅貽琦常常告誡青青子矜“不忘國難”，從不反對青年學生參加抗日救亡運動，但他也在多種場合表明自己一以貫之的救國觀和愛國觀，“救國方法極多，救國不是一天的事，各人在自己的崗位上，盡自己的力，則若幹時期之後，自能達到救國的目的了”，“我們做教師做學生的，最好最切實的救國方法，就是致力學術，造成有用的人才，將來為國家服務”。清華大學稍微懂事的學生個個能夠體諒梅貽琦的苦衷，每次鬧學潮，他們都擔心自己的過激舉動會動搖梅校長的地位，因此必先貼出堅決擁護梅貽琦校長的大標語。為了嗬護學生，營救學生，梅貽琦與警察局長多有周旋，學生們的感激方式很特別，他們摹仿梅校長的口吻，編成一首順口溜：
大概或者也許是，不過我們不敢說。
傳聞可能有什麼，恐怕仿佛不見得。
這首順口溜將梅貽琦在警察局慢條斯理、大打太極拳的意態神情活畫得絲絲入扣。
抗戰期間，梅貽琦是國立西南聯合大學三位“當家人”之一，由於北京大學校長蔣夢麟和南開大學校長張伯苓常在重慶，國民政府對他們另有任用，西南聯大的校務完全倚賴梅貽琦主持。雖然蔣夢麟亮出“對聯大事務不管即是管”的超然姿態，亦能苦心維係大局，但涉及到經費分配等切身利益時，北大與清華難免會有齟齬，每當這種時候，最有力又最有效的彌縫者就是梅貽琦。應該說，與北大相爭，清華是吃了不少虧的。如果清華不肯吃這些虧（有的還是啞巴虧），西南聯大早就崩盤了。在雞鳴風雨的亂世，辦教育亦如駕船行駛於怒海狂濤之中，一位勇敢睿智的掌舵人絕對是其他船員的保護神。黑雲壓城，炸彈如雨，西南聯大依然弦歌不輟，為國家保存元氣，培養出遠勝於和平年代所能培養的高級人才，梅貽琦的功德可謂大矣。
抗戰初期，物力維艱，西南聯大經費奇絀，但為了使梅貽琦行動方便快捷，校方給他配備了一部小汽車。梅貽琦視小汽車為奢侈品，將它毅然封存於車庫中，辭退司機，安步當車。若要外出應酬，他就坐人力車代步。若要去重慶出差，隻要時間允許坐郵車，他就不坐飛機。坐郵車豈不是要比坐飛機慢得多也累得多嗎？梅貽琦卻舍快求慢，舍舒適取勞頓。“慢”與“累”後麵當然還有一個字，那就是“省”，艱難時期，能省則省，梅貽琦節儉慣了。他總是說：“讓我管這個家，就得精打細算。”他講的“家”，不是自己的小家，而是國立西南聯大這個大家庭。
“盡人事而聽天命”，梅貽琦的慢始終是積極的，而不是消極的；是柔韌的太極功夫，而不是剛猛的南拳。
1945年，一二一學潮後，梅貽琦感到非常失望，一度想退避賢路，清華教授會堅決挽留他，使他打消了去意。但他已清醒地意識到，由於“左派”日益坐大，清華教授會已從內部產生裂痕，很難再采取一致的態度和行動，五四以來形成的“教授治校”的原則和權威已喪失殆盡，“民主堡壘”的光鮮麵目騙得了外人，卻騙不了自己。
梅貽琦那手“文火煲靚湯，慢工出細活”的功夫放在抗戰期間尚能足敷所用，然而國共內戰爆發後，全國上下彌漫著急功近利的情緒，他原先的慢半拍變成了慢三拍，很難再利濟清華，走和留的問題就擺到了他麵前。