早在八十多年前，教育家陶行知就說過：“做一個學校的校長，談何容易！說得小些，他關係到千百人的學業前途；說得大些，他關係到國家與學術之興衰。這種事業之責任，不值得一個整個的人去擔負嗎？”有見於此，蔡元培為北大掌舵，梅貽琦為清華操盤，同為不二人選，乃屬中華民族之大幸。
清華大學有一句成語：“教授是神仙，學生是老虎，辦事人是狗。”這就透露出一個信息，在清華做校長不可能神氣，倒有可能受氣，日子不會太好過。
1931年10月10日，梅貽琦臨危受命，出任清華大學校長。此前，羅家倫在清華園厲行改革，大刀闊斧，內外受困，不得已辭職走人。嗣後，閻錫山派出喬萬選任校長，尷尬人遇尷尬事，他被清華師生拒斥於校牆之外，不得其門而入。繼任者吳南軒深得蔣介石的信任，“黨國”是他的口頭禪，獨斷專行是他的拿手戲，結果激怒清華師生，未能久安其位。清華亂象百出，代校長翁文灝也請求辭職，校政處於真空狀態。這種非常局麵令教育部十分頭疼。當時，梅貽琦任清華學生留美監督處監督，人在美國，南京國民政府教育部長李書華擬舉薦他出任清華大學校長，致電相詢，他婉拒不成，然後表示同意。
1931年12月4日，梅貽琦到校視事。12月8日，他宣誓就職，就職演說字字樸實，句句坦誠，嵌入清華師生的心坎：“本人能夠回到清華，當然是極其愉快的事。可是想到責任之重大，誠恐不能勝任，所以一再請辭，無奈政府不能邀準，而且本人又與清華有十餘年的關係，又享受到清華留學的利益，則為清華服務乃是應盡的義務，所以隻得勉力去作，但求能夠盡自己的心力，為清華謀相當的發展，將來可告無罪於清華足矣。”歸納起來，梅貽琦的“施政方針”有以下四條：（一）辦大學的目的一是研究學術，二是造就人才；（二）“在學術上向高深的方麵去做”；（三）要培養和愛護人才，嚴格避免人才的浪費；（四）要盡全力充實師資隊伍，廣泛延聘第一流學者來校執教。梅貽琦接手的是一個瘡痍未複的爛攤子，他完善舊規，補充新血，隻用一年多時間就使清華大學百廢俱興，煥發出勃勃生機。
清華學生鬧學潮是拿手好戲，品評教授是家常便飯，驅逐校長是保留劇目，很難有哪位校長能夠久安其位。梅貽琦卻創造了一個奇跡，在大陸當了十七年清華校長，受到師生的一致擁戴，地位穩如磐石，他究竟有何秘訣？梅貽琦給出的答案頗為詼諧：“大家倒這個，倒那個，就沒有人願意倒梅（黴）！”
梅貽琦不倒，並非玩弄權術的結果，他以德服人，建設堅實的民主製度才是關鍵。他對教授治校的原則一直奉行不悖，實行“四權分製”，主動削弱自己的權力，教授會、評議會、校務會和校長各司其職，誰也不能取代誰，誰也不能僭越誰。清華大學教授會由校內全體教授、副教授組成，是清華最高權力機構，表決權涵蓋以下幾個方麵：審議改進教學和研究事業以及學風的方案；學生成績的審核與學位的授予；從教授中推薦各學院院長及教務長。教授會由校長召集和主持，但教授會成員也可以自行建議集會。清華大學評議會是學校的立法、決策和審議機構，由校長、教務長、秘書長和各學院院長以及教授會推選的評議員組成，相當於教授會的常務機構。評議會的職權包括“議決各學係之設立、廢止及變更；審定預算決算，議決教授、講師與行政部各主任之任免……”在清華大學，根本不存在外行領導內行的事情，教授會和評議會不僅分了權，也分了責，分了謗，就算有矛盾，有爭端，也會有緩衝的餘地，能夠合情合理的解決。校務會則由校長、教務長、秘書長和四位學院院長組成，相當於評議會的常務機構，處理清華的日常事務。朱自清在《清華的民主作風》一文中不無自豪地寫道：“在清華服務的同仁，感覺著一種自由的氛圍，每人都有權利有機會對學校的事情說話，這是並不易的。”