當年，梅貽琦南下，國民政府行政院長孫科極力邀請他入閣，擔任教育部長，但他堅守一以貫之的中間立場，反複婉謝。他向新聞界的告白相當簡單，卻出乎至誠：“（我）不出來，對南方朋友過意不去；來了就做官，對北方朋友不能交代。”這句話隱約透露了他離開北平甚至離開大陸的苦衷，他重情重義，既然那些最誠摯最值得信賴的朋友多半要走，他怎麼好意思留下呢？但他不願做官，始終隻屬意於教育。
當然，有一個答案比較靠譜：梅貽琦對水木清華一往情深，清華基金是他的命根子，他從來不肯亂花一分錢，有人罵他“守財奴”，他毫不介意。梅貽琦離開大陸，正是為了保住清華基金。因為清華基金會規定，必須由清華大學校長和國民黨政府的教育部長二人聯署，才能動用清華基金的款項，如果梅貽琦留在北方，國民黨政府很可能會更換清華大學校長，這筆寶貴的教育基金就可能被挪作他用。1951年，梅貽琦主持清華紐約辦事處，專心管理這筆基金。他隻有一間辦公室，隻聘一位半時助理，自己給自己定月薪美金三百元。台灣當局過意不去，令他將月薪改為一千五百元，梅貽琦不同意，他說：“以前的薪水是我自己定的，我不情願改。”為了給公家省錢，他不住公寓，搬進一處很不像樣的住所，小得連一間單獨的臥室都沒有。
葉公超每次到紐約去，準定拜訪梅貽琦，話題總離不開勸他到台灣辦學，把清華基金用於台灣的教育事業。梅貽琦照例回答（並非敷衍）：“我一定來，不過我對清華的錢，總要想出更好的用法我才回去。”他不願將這筆寶貴的經費拿到台灣去撒胡椒麵，討喝彩聲，他的想法十分長遠。1955年，梅貽琦由美赴台，用清華基金的利息籌辦清華原子科學研究所，這就是台灣新竹清華大學的前身。
當然，我們也不應該把梅貽琦視為百分之百的苦行僧。他跟梁啟超一樣，喜歡打麻將。據其日記記載，從1956年到1957年，將近兩年時間，他共打麻將八十五次，約摸每周玩一次雀戲。觀其戰績，勝少負多，贏二十五次，輸四十六次，平十四次，共輸掉一千六百五十元。當年的陽春麵每碗一元錢，算起來，破費不小。為了與朋友晤言一室，這筆錢（純粹是私款）輸出去也就值了。
1962年5月19日，梅貽琦病逝於台大醫院。他逝世後，秘書遵從遺囑，將他病中仍帶在身邊的那個手提包封存了。
兩個星期後，在各方人士的見證下，這位秘書揭去封條，打開手提包，裝在裏麵的全是清華基金的明細賬目，每一筆支出清清楚楚。眾人唏噓不已，讚佩不絕。
梅貽琦是清華校史上唯一的終身校長，他的墓園建於台北新竹清華大學校園內的山頂上，取名為“梅園”，園內有校友集資栽植的花木，取名為“梅林”。梅貽琦紀念獎章是台灣新竹清華大學畢業生的最高榮譽。
1989年，梅貽琦誕辰一百周年，由中央美術學院雕塑家王克慶設計的梅貽琦銅像安放於清華圖書館老館校史展覽室內。這座胸像唯妙唯肖，麵容清臒[qú，消瘦]，神色堅毅，活脫脫就是老校長涅槃重生。“生斯長斯，吾愛吾廬”，梅貽琦對清華的熱愛無物可以隔斷，他對清華的貢獻也是有目共睹的。他曾為清華大學題寫校訓——“自強不息，厚德載物”，這八個字，他終身踐行，給清華學子樹立了完美的典範，他饋贈給清華大學的精神遺產必定與母校相始終。
羅家倫曾為梅貽琦的畫像題詞，“顯顯令德，穆穆清風，循循善誘，休休有容”，這十六個字絕非溢美的恭維話。1962年，梅貽琦溘然病逝，羅家倫撰寫的紀念詞可謂推崇備至：“種子一粒，年輪千紀，敬教勤學，道在斯矣。”誠然，一粒壯碩的種子能夠長成一棵參天大樹，其示範作用是不可估量的。
梅貽琦曾告誡莘莘學子：“要有勇氣做一個平凡的人，不要追求轟轟烈烈。”這個世界如此奇妙，隻要你踏踏實實做人，踏踏實實做事，持之以恒，終身不懈，就絕對不會平凡，甚至能夠名垂青史。謂予不信，請看“寡言君子”梅貽琦。