在左右為難的年代，誰擔任大學校長，都會領教到學生運動的厲害。蔡元培性情溫厚，為了保護教員，也曾被鬧事的學生逼急了，不禁怒從心頭起，捋袖出拳，要與鬧事者決鬥。蔣夢麟同樣遭遇過學生的多次圍攻，甚至在校長辦公室裏被鬧事學生關了近兩個小時禁閉。北大學生最發飆的一次，從天津運來三顆炸彈，要炸掉“豬仔議員”成窩的國會大樓，蔣夢麟勸阻學生的過激舉動後，長時間心有餘悸。後來，北大學生將這三顆炸彈偷偷地丟入城外的小河裏，其中一顆要了某位漁夫的性命。有一次，辜鴻銘對蔣夢麟說：“你相信民主，這實在是民狂！”這位老爺子性情怪僻，他並不是站在“豬仔議員”那邊講話，隻說明他對學生運動非常反感。抗戰前夕，全北平各校的學生代表還做了一件特別出格的事情，他們抬了一口棺材放在北大三院開大會，蔣夢麟氣壞了，卻無可奈何。
在回憶錄《西潮·新潮》中，蔣夢麟分析“學生勢力這樣強大而且這樣囂張跋扈”的原因，見解相當明晰：“這些學生多半是當時統治階級的子女。學生的反抗運動，也可以說等於子女對父母的反抗……學生運動在校內享有教師的同情，在校外又有國民黨員和共產黨員的支持，因此勢力更見強大。”蔣夢麟曾赴總統府為教師討取欠薪，親眼看到武裝憲警動槍動刀的可怕場麵，馬敘倫教授被槍托打得額頭紅腫，鼻孔流血，住進醫院。蔣夢麟說，他當大學校長，經常會做惡夢，輾轉難以安枕，不是夢見青年男女橫屍北京街頭，就是夢見武裝憲兵包圍北京大學要他交出學生領袖。那時風潮迭起，當大學校長絕非美差，真是傷透了腦筋。
1926年，北平學界為三一八慘案的遇難者舉行追悼會，北大代校長蔣夢麟擔任主祭，他痛心疾首地說：“我任校長，使人家之子弟，社會國家之人才，同學之朋友，如此犧牲，而又無法避免與挽救，此心誠不知如何悲痛！”言至於此，蔣夢麟潸然淚下，全場為之動容。在追悼會上，他將個人安危置之度外，義正詞嚴地抨擊軍閥暴行：“處此人權旁落，豺狼當道之時，民眾與政府相搏，不啻如與虎狼相鬥，終必為虎狼所噬。古人謂‘苛政猛於虎’，有慨乎其言矣！”追悼會一結束，蔣夢麟的名字就上了通緝名單。
1931年，九一八事變之後不久，蔣夢麟、梅貽琦聯合北平各大學校長發表《告同學書》《第二次告同學書》，大聲疾呼，“赤手空拳的群眾活動隻有荒廢學業，絕非有效的救國方法”，“馬上複課吧！先盡我們的責任”。不用說，這些呼籲效果甚微。蔣夢麟是中華民國國立大學校長，不得不服中央的命令，他打擊過進步教授許德珩、馬敘倫，開除過學生領袖韓天石，但這些權宜之計、無奈之舉都是做給政客們看的，一俟局勢稍稍緩和，他就親自向馬敘倫道歉，送還聘書，他還出麵與北平市長秦德純交涉，保釋因反日遊行被捕的二十八名學生。