1882年6月24日，馬寅初出生於浙江紹興。有人想當然地推測他是回族人，純屬誤會。有人費力勞神考證他是虞世南的後裔，也未必確切。在嵊縣浦口鎮，馬寅初的父親馬棣生是一位小作坊主，釀酒的手藝有口皆碑，他名下的酒店“馬樹記”生意興隆。家中嫡親五兄弟，馬寅初排行老幺，他天資聰穎，最得父親看重，但馬家老爺子認定一點：子承父業才是正路，學會管賬經營就算出息。因此他隻讓馬寅初上私塾識文斷字，不讓他去大城市的洋學堂裏繼續深造，偏偏這位強哥兒要頂撞家長意誌，聲稱“打死也不做生意”。馬家父子的衝突達到白熱化，馬寅初的抗爭極其勇烈，他縱身跳入黃澤江，險些做了龍王三太子。少年時期，這種決絕之舉足見他性格倔強，一旦認準目標，就九牛拉不回頭。
馬棣生的老友張江聲回鄉省親訪友，聽說這件四鄰皆驚的奇事，不禁對讀書種子馬寅初油然而生憐惜之心，他出麵勸說馬店主讓兒子出遠門上洋學堂，為此他樂意解囊相助。馬寅初盼得救星下凡，遂拜張江聲為義父。
極想讀書的人，通常也極會讀書。1903年，馬寅初考入天津北洋大學礦科，學校因陋就簡，居然沒有任何標本和資料可供研究，學生以實習為主，下礦井，鑽坑道，苦不堪言。當時土法開礦，既沒有安全措施，也沒有衛生條件，馬寅初弄得一身髒臭，心知此路不通，出了礦井，他就決意改修經濟學。1907年，馬寅初受益於北洋大學總辦丁唯魯與教務提調丁家立（美國公理會教士）鬧矛盾，尚未畢業即留學美國，先在耶魯大學拿到經濟學碩士學位，然後在哥倫比亞大學獲得經濟學、哲學雙料博士學位。1914年，在新大陸，他初顯身手，就技驚四座，畢業論文《紐約市的財政》得到美國學術界的高度認可，被哥倫比亞大學列為一年級新生的教材。
1915年，馬寅初學成歸國。各路軍閥出高薪請他理財，差不多說盡了好話，踏破了門檻，他卻不為所動，對官場習俗，不願遷就，對外宣稱“一不做官，二不發財”。他抱定“強國富民”的理想，踏入的卻是教育界。1917年，應蔡元培誠邀，馬寅初出任北京大學經濟研究所主任，兩年後，他榮升為北京大學首任教務長。
早在1928年，馬寅初就被國民政府聘任為立法委員、立法院經濟委員會委員長、財政委員會委員長。他誠心誠意要幫國民政府的忙，並且將幫忙視為自己義不容辭的責任。問題是，他理解的幫忙（興利除弊）被文過飾非的當局認定為添亂和添堵，這讓他既憤懣又失望。
1932年，蔣介石故作“禮賢下士”的姿態，意欲轉學多師，請馬寅初教會他經濟學的常識。有道是，伴君如伴虎，“帝王師”並不好做。馬寅初將傳道授業解惑視為正經的分內事，這固然沒錯，但經濟之失即為政治之失，二者不可能撇清瓜葛，就看他從何講起。誰也沒料到，馬寅初哪壺不開提哪壺，他在“委座”麵前批評“攘外必先安內”的現行政策，這顯然是蔣介石不愛恭聽的話題，也沒有任何可以探討的餘地。
在民族危機日益加深的當口，欲發國難財的肉食者無不蠢蠢欲動。1934年冬，國內物價飆漲，通脹失控，孔祥熙主理的國民政府財政部卻倒行逆施，大幅調低外彙比價，放水救澇，貽笑大方。在立法院會議上，馬寅初當麵嚴詰孔胖子：“你這哪叫為國理財？這叫借寇兵而齎盜糧，禍害國人！”輿論隨之跟進，國民黨當局有些吃不消了，竟惱羞成怒，責怪馬寅初亂捅馬蜂窩，“不符合黨國利益”。既然“黨”在“國”前，“黨國利益”自然就是少數人的利益優先於多數人的利益，這等於不打自招。1935年2月3日，馬寅初在《武漢日報》上發出辯駁文章，剖明心跡：“鄙人每以黨員之地位，對於危害黨國、藉便私圖之流，不得不以正言相責。雖得罪於人，在所不計。”同年8月，馬寅初勇揭黑幕，將洋人所辦的“萬國儲金會”的騙局公之於眾，告誡國人不要輕信其利誘而貿然上當，並且呼籲當局依法取締此會。為了表明自己決不與銀行界的蛀蟲同流合汙，他毅然辭去浙江興業銀行的高薪兼職。
1936年，馬寅初擔任浙江省財政廳長、省府委員。某日，一位不速之客登門造訪，正巧馬廳長不在家。這人先在雜工老潘身上下足了工夫，送上三百塊銀洋給他吸煙，另有兩千塊銀洋則是送給馬廳長喝茶。誰會平白無故扮演送財童子？來人是馬寅初的德清老鄉，想打通馬廳長的關節，弄個縣長當當。他可找錯了人。馬寅初回家後，聽聞此事，仿佛蒙受了奇恥大辱，他怒罵道：“此人真是無恥之尤！蚊子叮菩薩——也不看清對象是誰。他今天能拿出兩千多塊光洋走門路，日後當上縣長，就會盤剝民脂民膏。這種貪官汙吏的爛胚胎，一身汙濁氣，我會瞎了眼保舉他！”
通常情況下，正直的經濟學家與當局發生激烈衝突，也不至於擦“槍”走火。但馬寅初確實是個不折不扣的例外。郭沫若曾稱讚他是“蒸不爛、煮不熟、捶不爆的響當當的一枚‘銅豌豆’”，這回倒不算巧諛。馬寅初抨擊蔣宋孔陳“四大家族”橫征暴斂，趁火打劫，大發國難財，他剖析官僚資本積累的過程就是權貴們對中華民族敲骨吸髓的過程，建議蔣介石對那些豪門巨族征收“戰時過分得利稅”。蔣委員長也是局中人，如何肯對自家親朋戚友下毒手？馬寅初狠揭瘡疤，不留餘地，能言人之不能言，敢罵人之不敢罵（他罵孔祥熙和宋子文是“豬狗不如的上上等人”）。他的演講和文章均以事實為依據，令朝野為之震驚，也使當軸者（身居要職的人）極為頭痛。蔣介石深知人才難得，但他除了許以高官（財政部長或中央銀行總裁）厚祿，別無羈縻駕馭之術，馬寅初平生就不愛吃這種“敬酒”，這次當然也不例外。在特務橫行的地區，馬寅初的生命恒處於危險之中。他曾收到兩封匿名信，寄信人先禮後兵，一封裝派克金筆，另一封裝手槍子彈。這意思太再清楚不過了：要麼你筆下留情，要麼我子彈兌現。馬寅初的態度會不會轉彎？你隻要聽聽他的原話錄音就知道了：“二萬裏江山已盡落胡人之手，何敢再惜此區區五尺之軀！”