馬寅初主理北大，乍看去，是眾望所歸，但也並非沒有異議。當時，化學係教授傅鷹就認為馬寅初的學問不夠服眾，而且涉足政治太深。馬寅初並不煩惱，他毫不謙虛地擺起老資格來：“五四時期我就是北大的教務長，現在還不能當校長？”此言一出，萬喙息響。馬寅初肩上的擔子並不輕鬆，他的頭號急務就是配合共產黨對知識分子進行思想改造，政務院總理周恩來親自領導這項工作，可見其重要性。馬寅初本人腦筋急轉彎是毫無問題的，但北大那些學貫中西的名教授就未必個個想得通。法學教授周炳琳就很難過關，馬寅初親自登門示範，挖空心思幫助他。有一次，他靈機一動，站在室內的台階上，做出躍躍欲跳的動作，對周炳琳說：“隻要下決心改造，就如同這一跳，轉眼間就能改造過來。”思想改造運動為期一年，不少海內外知名學者都在這場運動中自砸金字招牌，自拆莫須有的爛汙。1951年10月底以後的《人民日報》，成了諸多名家“鳳凰涅槃”的火場，那些檢討文章不僅標題大同小異，內容也如出一手，自我譴責、自我貶損、自我折辱的言詞寓目皆是，蔚為大觀。馬寅初的積極表現得到了領袖的肯定，在這段蜜月期，他真有無往而不利的感覺。馬寅初心目中的新北大該是什麼樣子？他沒有具體描繪過，偶爾談及也是語焉不詳，他坦承自己沒有“建校方針”，一切唯黨中央的馬首是瞻，這樣輪廓模糊的新北大自然與蔡元培主校時期目標明確的老北大相去萬裏。有人評論，馬寅初是一個有良知的學者，卻不是一個有良能的校長，此論應屬持平。但考慮到當年的政治形勢，換上誰去當北大校長，也不可能打上自家鮮明的烙印，畢竟形勢強於人，改造思想的洗腦機一旦開動，就鮮有例外漏脫，這才堪稱人間奇跡。
早在耶魯大學就讀時，馬寅初就已學會遊泳（耶魯的必修課），還養成了洗冷水澡的習慣，此後半個多世紀他一直堅持不懈，鍛煉出強健的體質。1958年，馬寅初的《新人口論》遭到一些禦用文人集中火力的點名批判，有位朋友對這種逢迎權貴、罔顧學理的做法怒了，為他抱不平：“你提出的逆耳忠言，竟有人潑冷水。”馬寅初倒是樂了，他的話很逗：“我是最不怕冷水的，近五十年來，我洗慣了冷水澡，天天洗，一日洗兩次，春夏不分。因此冷水對我來說非但無害，反而有益。”說到馬寅初洗冷水澡，還有一件趣事，他曾將自己的經驗之談寫成文章，交給北大學報發表，孰料學報主編、北大曆史係主任翦伯讚不肯簽發，理由是：這種經驗之談不算學問，很難與北大學報的水準相匹配。馬寅初碰了個硬釘子，也不用權壓服，而要以理說服，他認為，自己的經驗之談源自實踐，其顯效又反複為實踐所檢驗，這難道還不算學問嗎？翦伯讚在校務會議上常打瞌睡，他以此為例，指為“不鍛煉身體之過”。老輩學人如赤子，如此較真，更增可愛。
馬寅初的幽默並非無往而不利，他也曾有過“失口”的時候。某日，馬寅初跟毛澤東討論人口問題，領袖隻認一個理：“人多力量大”，“眾人拾柴火焰高”，這個紅利怎麼可以輕易刨掉？高祖問馬寅初中國人口為何增長得這麼快，後者化繁為簡，將中國人口激增歸咎於農村晚上沒有電，這話雖幽默，卻令高祖很不滿，他揶揄道：“你馬寅初生了七個子女，是不是你家晚上也沒有電啊？”馬寅初當即鬧了個大紅臉，無詞以辯。極力主張節製生育的人自己卻兒女成行（共有七個子女），這確實有點說不過去。
胡適在1922年8月10日的日記中涉及到馬寅初的私生活，有這樣一句：“寅初身體很強，每夜必冼一個冷水浴，每夜必近女色，故一個婦人不夠用，今有一妻一妾。”言語之間並無褒貶。在當年學貫中西的名教授中，像馬寅初這樣安享“齊人之福”的確實罕見，找不出幾個來。